לדעת מהר"ם מרוטנבורג, בשעה שאדם אומר קריאת שמע וברכותיה, לא יפסיק לענות על קדיש וקדושה, שהואיל והוא עוסק כבר בשבחו של מקום, אסור לו להפסיק כדי לענות על שבח אחר. אבל דעת רוב הראשונים (תר"י, רא"ש), שלצורך שבחים גדולים שנאמרים בציבור, רשאי אדם להפסיק אפילו באמצע ברכות קריאת שמע, וכן הלכה (שו"ע סו, ג).
כשיפסיק, יענה רק על הדברים החשובים ביותר. ואלו הם: בקדיש, יש אומרים שיענה רק "אמן יהא שמיה רבה מברך לעלם ולעלמי עלמיא", וכן יענה אמן אחר "דאמירן בעלמא ואמרו אמן", שהוא סיום עיקר הקדיש (מ"ב סו, יז). ויש מוסיפים ואומרים שיענה את כל חמשת האמנים שנוהגים לענות בעיקר הקדיש, שנקרא חצי קדיש, אבל התוספות שאחר כך אינן עיקר הקדיש, ולא יפסיק לענות עליהם אמן (כה"ח סו, כג; ועיין בהמשך כג, 14).
בקדושה, יענה רק את הפסוקים 'קדוש' ו'ברוך', שהם עיקר עניית הקדושה (מ"ב סו, יז; יחו"ד ו ג), ויש אומרים שיענה גם פסוק 'ימלוך' (ערוה"ש סו, ו; כה"ח יח). וכך המנהג הרווח. אבל לא יאמר את הפתיחה שהחזן אומר לפני כל פסוק.
על 'ברכו' יענה כמקובל – "ברוך ה' המבורך לעולם ועד", וב'מודים' של חזרת הש"ץ ישתחווה ויענה "מודים אנחנו לך" ולא יותר.
למנהג אשכנזים, עונים אמן על ברכות 'הא-ל הקדוש' ו'שומע תפילה', שבהן מסיימים את ברכות השבח וברכות הבקשה. ולמנהג ספרדים, דינן כשאר הברכות ולא יענה עליהן.
אין הבדל בדין זה בין אם הוא נמצא באמצע הברכה והפרק או בין ברכה לברכה ובין פרק לפרק.
וכל מה שאפשר לענות הוא באמצע הברכות או אחר סיומן, אבל אחר שאמר "ברוך אתה ה'" של סיום הברכה ונותרו לו עוד מילים ספורות לחתימת הברכה – לא יפסיק, מפני שאם יפסיק – יקטע את הברכה (באו"ה סו, ג). וכן בשעה שיאמר פסוק "שמע ישראל" ו"ברוך שם כבוד" וכו', שבהם מקבלים עול מלכות שמים, לא יפסיק לשום דבר, שדינם כדין תפילת שמונה עשרה, שאין מפסיקים בה לשום דבר (שו"ע סו, א).
כל אימת שאדם מסתפק אם מותר לו לענות או לא, מוטב שלא יענה, שכן לדעת הרבה פוסקים, אף שמותר לענות, אין בכך חובה, ולכן בכל מקום של ספק מוטב שלא לענות.[4]
במ"ב סו, כג, הזכיר דעות אם יענה אמן על ברכות כשהוא בין הפרקים. ואף שהוא נוטה לדעה שיענה, לא כתבתי, עפ"י הכלל שבמקום של ספק שב ואל תעשה עדיף. כתב באג"מ או"ח ד, כא, ב, שיענה אמן על הכהנים האומרים פסוקי ברכת כהנים, מפני שכתב בבאו"ה קכח, שאמן זה הוא מהתורה. הנצרך להתפנות יתפנה ויטול ידיו, ויברך 'אשר יצר' אחר תפילת שמונה עשרה (מ"ב סו, כג). קראו לו לעלות לתורה, לשו"ע סו, ד, לא יעלה, ולפוסקי אשכנז יעלה. וגם למנהג אשכנזים שיעלה, אם חושש שיקראו לו מוטב שיצא לפני כן מביהכ"נ (מ"ב סו, כו). ואם הוא בפסוקי דזמרה הדין יותר קל, ואם קראו לו יעלה, ואם הוא כהן או לוי יחיד, יכולים לכתחילה לקרוא לו, כמבואר יד, ד.
אם לא היו לו טלית ותפילין, והביאום אחר שהתחיל ברכות ק"ש. עד שיגיע ל'שמע', ימתין לסיום הברכה, ולשו"ע יתעטף בטלית ויניח תפילין בברכה. ולרמ"א, יברך על התפילין, אבל בטלית יתעטף בלא ברכה, מפני שאין חייבים להתעטף בה בק"ש. הביאו לו כשכבר הגיע לק"ש, אף שדנו כיצד יניח תפילין באמצע הפרק, כדי שלא יראה כמעיד עדות שקר אפילו בפסוק אחד, נלענ"ד שיכול להחליט בליבו שיחזור לקרוא אותו הפרק מתחילתו, ואזי יחשב בין הפרקים, ויברך על התפילין לכל הדעות. ולרווחא דמילתא יכול להמשיך לקרוא עד סוף הפרק כקורא בתורה, ואז יניח תפילין בברכה כבין הפרקים, ויחזור לקרוא בכוונה מתחילת אותו הפרק. ובזה ימלט ממחלוקת השו"ע והרמ"א, ולא יפסיד את הברכה השנייה למנהג אשכנזים, כפי שיפסיד אם יניח באמצע הפרק (עי' מ"ב סו, מז). הביאום בברכת אמת ויציב, לשו"ע יתעטף בטלית ויניח תפילין בלא ברכה. ולרמ"א יברך על התפילין. וכתב מ"ב סו, מז, שנכון לברך רק 'להניח'. ואם הביאום בין "גאל ישראל" לתפילה, יניח תפילין בלא ברכה, ובטלית לא יתעטף, שלא להפסיק בין גאולה לתפילה (שו"ע סו, ח).
