בזמן שבית-המקדש היה קיים, היו הכהנים מברכים ברכת כהנים לאחר סיום עבודת הקרבנות. וכך נאמר בתורה על היום השמיני של חנוכת המשכן, היום בו התחילו הכהנים לעבוד במשכן: "וַיִּשָּׂא אַהֲרֹן אֶת יָדָיו אֶל הָעָם וַיְבָרְכֵם, וַיֵּרֶד מֵעֲשֹׂת הַחַטָּאת וְהָעֹלָה וְהַשְּׁלָמִים" (ויקרא ט, כב). מכאן שנשיאת כפיים נעשתה בסיום עבודת הקרבנות. וטעם הדבר, שאחר הקרבת הקרבנות, שמבטאים את הנכונות שלנו להתבטל ולמסור את נפשנו לה' יתברך, אנו ראויים לקבל את ברכתו.
שלא במקום המקדש, קבעו חכמים שברכת כהנים תאמר בעת התפילה, משום שהתפילה היא במקום הקרבנות. ויש דמיון בין הקרבנות לתפילה, שבשניהם באה לידי ביטוי ההשתוקקות לקרבת אלוקים. וכמו שאחר הקרבנות ברכו הכהנים, כך תקנו שלקראת סיום תפילת שמונה עשרה הכהנים יברכו.
כדי להדגיש יותר את השייכות של ברכת כהנים לסיום עבודת הקרבנות, קבעו חכמים שהכהנים חייבים לעקור את רגליהם ולהתחיל ללכת לכיוון הדוכן בעת ברכת 'רצה', שהיא הברכה על החזרת הקרבנות. וכל כהן שלא עקר את רגליו בעת ברכת 'רצה', הפסיד את המצווה, ואסור לו לעלות לדוכן באותה התפילה (שו"ע קכח, ח). לכתחילה יעקור את רגליו בתחילת ברכת 'רצה', אולם כל זמן שהחזן לא הגיע לסיום הברכה, עדיין רשאי הכהן לעקור את רגליו ולעלות לדוכן (מ"ב קכח, כה).
כהן שהתאחר, ורואה שלא יספיק לגמור ליטול את ידיו עד לסיום ברכת 'רצה', יפסע פסיעה קטנה לכיוון הדוכן בעודו עומד ליד הכיור, ועל-ידי פסיעה זו יחשב כמי שהתחיל לפסוע לכיוון הדוכן בברכת 'רצה', אחר-כך יסיים את נטילתו, וימשיך ללכת לדוכן לשאת את כפיו (עיין מ"ב קכח, כז, כח; שעה"צ ל, ספר נשיאת כפיים כהלכתה ז, ב, הערה ח).
מאחר שברכת כהנים קשורה לעבודת הקרבנות, למדו חכמים שכשם שזמן הקרבנות הוא דווקא ביום, כך גם ברכת כהנים נאמרת ביום, ולכן אין נשיאת כפיים בתפילת ערבית. ולכאורה בתפילת המנחה היה מקום לברך ברכת כהנים, אלא שקבעו חכמים שלא לברך במנחה, מפני שזמן תפילת מנחה הוא לאחר הארוחה, ויש חשש שכהן ששתה יין בסעודה יעלה לאחר מכן לדוכן ויחלל את הברכה. שכידוע, אסור לכהן שיכור לעבוד בבית המקדש, ואסור לו לשאת את כפיו (שו"ע קכח, לח). אבל בתפילת נעילה ובמנחה של תענית ציבור נושאים כפיים, שהואיל והם בתענית, אין חשש שכרות (שו"ע קכט, א). וזאת בתנאי שמתפללים מנחה של תענית אחר פלג המנחה, אבל כשמתפללים מנחה של תענית לפני פלג המנחה – אין נושאים כפיים.[3]
