כתבו הראשונים שנוהגים לומר לפני 'ברכו' שלושה פסוקים הפותחים ב"והוא רחום יכפר עוון", לבקש כפרה על העוונות שחטאנו במשך היום. ועוד, שבלילה מידת הדין מתוחה וניתנה רשות למחבלים להזיק, ולכן אנו מבקשים "והוא רחום יכפר עוון" (עוד עיין בטור וב"י רלז, וכה"ח רלה, ה). ובשבת וימים טובים אין אומרים 'והוא רחום'.
למנהג ספרדים אומרים לפני כן שלושה פסוקים, "ה' צבאות" וכו', ולמנהג חסידים "שיר המעלות" וכו'. לשני המנהגים אומרים אח"כ חצי קדיש, ואחריו 'והוא רחום'. ואם למדו לפני התפילה, ובסיום הלימוד אמרו קדיש 'על ישראל', אין צורך לומר עוד פעם חצי קדיש, שלא להרבות בקדישים (ילקוט יוסף ח"ג רלו, א).
באמירת 'ברכו' פותחים את ברכות קריאת שמע, ועל כן אסור לדבר אחר 'ברכו' כדין אמצע הפרק (מ"ב רלו, א; נד, יד. ועיין לעיל טז, ד). ולכן מי שלא הספיק לומר 'והוא רחום' לפני 'ברכו', לא יאמר אותו אחר 'ברכו', כדי שלא להפסיק באמצע ברכות קריאת שמע.
למנהג ספרדים אין עונים אמן אחר ברכות החזן, כדי שלא להפסיק באמצע ברכות קריאת שמע, וטוב שיסיימו את הברכה עם החזן או מעט אחריו, וכך לכל הדעות לא יצטרכו לענות אמן (בא"ח פקודי ה). ולמנהג אשכנזים עונים אמן אחר ברכות החזן, ואין זה נחשב הפסק. אמנם אחר ברכת 'אהבת עולם', גם למנהג אשכנז משתדלים שלא לענות אמן, כדי שלא להפסיק בין הברכה לקריאת שמע, ועושים זאת על ידי שמסיימים את הברכה יחד עם החזן או אחריו (לעיל טז, ד. וכל ענייני ברכות קריאת שמע נתבארו בפרק טז).
בסיום ברכת 'השכיבנו' נוהגים יוצאי ספרד לענות אמן אחר ברכת עצמם, מפני שהיא סיום סדרה של ברכות. ויוצאי אשכנז אינם עונים אמן אחר עצמם, ורק בסיום ברכת 'בונה ירושלים' שבברכת המזון – עונים אמן אחר ברכת עצמם (שו"ע רטו, א; רלו, ד).
בין ברכות קריאת שמע לתפילה אומר החזן חצי קדיש, ואחר התפילה אומר קדיש תתקבל. לאחר מכן למנהג ספרד אומרים "שיר למעלות אשא עיני" ואחריו אומרים היתומים קדיש יתום, ואחד מהם אומר 'ברכו' עבור המאחרים שלא זכו לשומעו בתחילת התפילה. לאחר מכן אומרים 'עלינו לשבח', ואין אומרים אחריו קדיש. ולמנהג אשכנז, מיד אחר קדיש תתקבל אומרים 'עלינו לשבח', ואחריו אומרים היתומים קדיש יתום, ואחד מהם אומר 'ברכו'. כשאין יתום שאומר קדיש, החזן אומר 'ברכו'.
