כפי שלמדנו, זמנה של ספירת העומר מתחיל במוצאי חג ראשון של פסח, בליל ט"ז בניסן, הוא ליל קציר העומר. זמן הספירה בלילה, מפני שנאמר לגבי ספירת העומר (ויקרא כג, טו): "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה", תְּמִימוֹת פירושו שלימות. וכיוון שהיממה מתחילה מהלילה, צריכים להתחיל לספור בלילה כדי לכלול בספירה גם את הלילות (מנחות סו, א).
כמו כן, כדי שהספירה תכלול את כל שעות היממה, מצווה להקדים לספור בתחילת הלילה. במיוחד מקפידים בזה בתחילת הספירה ביום הראשון, כדי שהספירה תכלול את כל השעות של שבעת השבועות. אולם גם בשאר הימים מצווה להדר ולספור בתחילת הלילה, כדי שספירת כל יום תהיה תמימה ותכלול את מלא היממה. אמנם אין זו חובה, ולכן מי שעומד להתפלל , צריך להקדים את תפילת ערבית לספירה, מפני שהכלל הוא שיש להקדים את המצוות התדירות לשאינן תדירות, ומצוות קריאת שמע ותפילה של ערבית נוהגות כל השנה, והן תדירות יותר מן הספירה (חק יעקב, ועי' באו"ה תפט, א, 'אחר').
הרגיל להתפלל ערבית בכל השנה בשעה מאוחרת, מוטב שיספור לאחר תפילתו הקבועה, כדי שלא לשנות מהסדר שהוא רגיל בו, מפני שכל שינוי עלול להביאו לידי טעות או שכחה. ועוד, שיש מעלה בקיום המצווה בציבור.[4]
אבל מי שמפני טרדותיו אינו יכול להתפלל ערבית אחר צאת הכוכבים, ומתכוון להתפלל אח"כ ערבית ביחיד, מוטב שיספור את ספירת העומר מיד אחר צאת הכוכבים, כדי להזדרז בקיום המצווה בתחילת הלילה.[5]
רבים ממתפללי נוסח ספרדי נוהגים לספור אחר 'עלינו לשבח', כדי לסיים תחילה את כל מה שרגילים לומר בתפילת ערבית. מנגד, כדי שלא לאחר את הספירה, רבים כתבו לספור מיד אחר קדיש 'תתקבל' שבו מסיימים את סדר תפילת עמידה, ולפני 'עלינו לשבח', שהוא תפילה נוספת. וכ"כ במ"ב תפט, ב, ונהר מצרים, וכך מנהג רוב ישראל, וביניהם כל יוצאי אשכנז ורבים מיוצאי צפון אפריקה. וכך עדיף לנהוג, מפני היוצאים לפני 'עלינו לשבח' שעלולים לשכוח את ספירת העומר.
[5].. המבקש לספור בתחילת הלילה ביחיד, צריך להיזהר שלא ישכח, ולשם כך יכול לקבוע תזכורת בטלפון, ויזהר להזכיר לעצמו שלא לספור שוב בברכה לאחר שיתפלל ערבית ביחיד.