נחלקו הראשונים אם השוכח לספור בלילה יכול להשלים את ספירתו ביום. למעשה נפסק שיספור בלא ברכה, כך שמצד אחד יקיים את מצוות הספירה, ומאידך לא ייכנס לספק ברכה לבטלה (שו"ע או"ח תפט, ז). ובימים הבאים יוכל להמשיך לספור בברכה (תרומת הדשן, מ"ב תפט, לד).[6]
אם שכח לספור במשך כל היממה, לדעת בעל הלכות גדולות הפסיד את המצווה ושוב לא יספור בימים הבאים, כי ספירת העומר היא מצווה אחת ארוכה, שנאמר (ויקרא כג, טו): "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת תִּהְיֶינָה", והמפסיד ספירת יום אחד הפסיד את המצווה. אולם לדעת רוב הפוסקים, הספירה בכל יום היא מצווה בפני עצמה, ולכן השוכח לספור יום אחד הפסיד את מצוות אותו היום בלבד, ולמחרת מצווה עליו להמשיך לספור בברכה (תוס', רא"ש, ריטב"א ועוד).
למעשה, השוכח לספור יום אחד חייב להמשיך לספור, כפי דעת רוב הפוסקים. אולם לא יברך, מחשש ברכה לבטלה (שו"ע תפט, ח). אם הוא מתפלל בבית הכנסת, יתכוון לצאת ידי חובה בברכה של החזן, ויספור יחד איתו.[7]
בהלכה זו בא לידי ביטוי המתח שמלווה את ספירת העומר, שכל השוכח יום אחד מנתק במידה מסוימת את השרשרת שמחברת בין חג הפסח לחג השבועות, ומפסיד את הברכה. שכן יש צורך גדול לחבר את חג הפסח שמבטא את הלאומיות הישראלית המקודשת – לחג השבועות שבו קבלנו את התורה, שאין תורה בלא ישראל ואין ישראל בלא תורה.
יש לשאול לפי שיטת בה"ג, אם כל הספירות הן מצווה אחת, מדוע מברכים על כל יום? אלא שמוכרחים לומר שגם לבה"ג בכל יום יש מצווה נפרדת, אך אם שכח יום, פגע בתמימוּת הספירה, ואינו יכול להמשיך לספור. היודע מראש שבאחד מימי הספירה יהיה אנוס ולא יוכל לספור, לדעת החיד"א (עבודת הקודש סי' ז, ריז), כבר מתחילה לא יברך, משום שלבה"ג נמצא שכל ברכותיו הראשונות לבטלה. אבל לדעת רוה"פ, יספור עד אותו יום בברכה, מפני שגם לדעת בה"ג (שרוב מוחלט של הראשונים חלקו עליו) המדלג יום אחד, אין ברכותיו שברך לפני כן לבטלה (קנאת סופרים, רב פעלים או"ח ג, לב). ואין זה דומה לספירת זבה, שביארו התוס' (כתובות עב, א) שאין מברכים עליה כי אם תסתור את ספירתה הכל מתבטל, אבל בספירת העומר, גם אם שכח לספור – הספירה הרי נמשכת, וביום החמישים יגיע חג השבועות. ולכן כל מה שספר ברצף, ספר וברך כראוי. ורק אחר שדילג יום, כיוון שמכאן ואילך הוא עצמו כבר לא יספור ברצף, לדעת בה"ג ספירתו אינה תמימה.
