אף שהתורה ציוותה למחות את זרעו של עמלק, אם עמלקי יקבל על עצמו לשמור שבע מצוות בני נח, פקע ממנו דין עמלק ואין להורגו. ואלו הן שבע מצוות בני נח: איסור עבודה זרה, איסור גילוי עריות, איסור שפיכות דמים, איסור גניבה, איסור ברכת ה' (לשון סגי נהור והכוונה לקללה), איסור אכילת איבר מן החי, והחיוב למנות בתי דינים שישפטו צדק בכל הדינים שבין אדם לחבירו.
לא זו בלבד, אלא גם כאשר לא קיבלו על עצמם מרצונם החופשי לשמור שבע מצוות בני נח, לפני שיוצאים כנגדם למלחמה, מצווה להציע להם שלום. היינו להציע להם שיקבלו עליהם לשמור שבע מצוות בני נח, ולהיות משועבדים לישראל ולהעלות להם מס כדי להבטיח שלא יחזרו לסורם ללחום בישראל. אם קיבלו את תנאי השלום – אין נלחמים נגדם, ואם לא קיבלו – נלחמים נגדם עד כלותם. וגם אם ירצו אח"כ לחזור בהם ולבקש שלום – אין מקבלים אותם, שהואיל וכבר התחילה המלחמה – נלחמים בהם עד כלותם (רמב"ם מלכים ו, א-ד, כס"מ שם).
ואם יבוא עמלקי וירצה להתגייר, נחלקו הפוסקים אם יקבלוהו. לדעת רמב"ם (איסו"ב יב, יז) יכול עמלקי להתגייר. וכן אמרו חכמים, שמבני בניו של המן הרשע, שהיה מזרע עמלק, לימדו תורה בבני ברק (גיטין נז, ב; סנהדרין צו, ב), הרי שקיבלו גרים מזרעו של עמלק.
ויש אומרים שאין מקבלים גר מעמלק. וכך היא דעת רבי אליעזר במכילתא, שנשבע המקום בכיסא הכבוד שלו, שאם יבוא עמלקי להתגייר, לא יקבלו אותו. ומה שאמרו חכמים, שמבני בניו של המן הרשע לימדו תורה בבני ברק, ארע מתוך טעות, שבית הדין לא ידע שהבא לפניו הוא מזרע עמלק, וכך קיבלוהו, ובדיעבד גיורו תקף. או שהיה מקרה שעמלקי מצאצאי המן הרשע אנס אשה יהודיה, ובנה שנולד לה ממנו נחשב ליהודי, וממנו יצאו אותם מלמדי תורה בבני ברק.
לסיכום, הדרך הטובה לקיום מצוות מחיית עמלק – בחזרתם בתשובה. אם לא חזרו בתשובה, היתה דרך שאף היא לכתחילה, במחייתם במלחמה. בפועל המצווה התקיימה בדרך של בדיעבד: ברבות השנים צאצאיהם התפזרו והתבוללו בגוים, ואבד מהם זכר מוצאם ופקע מהם דין עמלק בלא שעשו תשובה.[12]
מנגד, יש אומרים שאין לגייר עמלקי, כדעת רבי אליעזר במכילתא. כ"כ ר"י בן יקר (בפירוש התפילות והברכות, עמ' נו), צוף דבש (שער החצר, דף קכה, א-ב), ועוד. וכן עולה מדבריהם של הסוברים שניתן לקבל עמלקי לגר תושב אך לא לגר צדק (אבנ"ז או"ח תקח, והביאו צי"א יג, עא; דובב מישרים ג, סו). יש סוברים שאף בדיעבד אם עברו וגיירו עמלקי גיורו בטל (ר"י פערלא ל"ת רסג, 'אמנם'). ורבים סוברים שבדיעבד גיורו תקף (ישועות מלכו ליקוטים סי' טו; עמק ברכה עמ' קכו; הרב חרל"פ בית זבול ג, כא; נטעי איתן ה, ס, ועוד). וממילא אפשר שמבני בניו של המן לימדו תורה בבני ברק, כי עברו וגיירו עמלקי. עוד אפשר לבאר, שאירע שעמלקי מצאצאי המן הרשע אנס בת ישראל והוליד ממנה בן שנחשב יהודי, ומזרעו לימדו תורה בבני ברק (רסיסי לילה לח, ה). ויש אומרים שרק אם עברו כמה דורות עד שנתגלה שהוא מזרע עמלק – גיורו תקף, אבל אם הדבר התברר מיד – גיורו בטל (שבות יהודה על המכילתא).
ויש דעות ביניים: אם אביו עמלקי אסור לקבלו, ואם אמו עמלקית – מקבלים, ומגיור כזה היו בני בניו של המן שלימדו תורה בבני ברק (גליוני הש"ס גיטין נז, ב, 'מבני'; מהרש"ם ג, רעב; טוב עין נא, ב). ויש אומרים שאפשר לגייר עמלקי אך אסור לו לבוא בקהל (מגילת ספר על הסמ"ג לאוין קטו; קול מבשר ב, מב). ויש סוברים שאמנם אין לבית הדין לגיירו, אך אם התגייר מעצמו – מקבלים אותו (הרב שלמה אלקבץ במנות הלוי, מהד' מנות אי"ש עמ' ריד-רטו).
ונראה שאף לסוברים שאין מקבלים גר עמלקי, אם התערבו עמלקים באומות אחרות, עד שלא נודע שהם עמלקים, בטל מהם דין עמלק. וכעין זה כתב ר"ח פלאג'י, שכך קבלו גר שמבני בניו לימדו תורה בבני ברק, ואח"כ נודע ברוח הקודש שהם מזרעו של המן הרשע ('עיני כל חי' לסנהדרין צו, ב).
