יש סמכות לצה"ל ומפקדיו, הפועלים מכוח נבחרי הציבור, לגייס אנשים ולארגנם במסגרת צבאית כדי לשמור על העם והארץ. לעיתים יש צורך לפתוח במלחמת מגן, והחיילים צריכים לציית לפקודות הקרב, גם כאשר הדבר כרוך בסיכון נפשם. לשם ארגון הצבא והכנתו לקרב, מאמן הצבא את החיילים. גם במשך האימונים צריכים החיילים לציית לפקודות, כדי להתרגל בבניית היחידות הצבאיות והכנתם לקרב.
אך אם יקבל החייל פקודה הסותרת את ההלכה – אסור לו לקיימה. וגם בזמן שהיה בישראל מלך, שנבחר על ידי נביא וסנהדרין, אם נתן פקודה להפר מצווה ממצוות התורה – אסור לשמוע לו. וכן נפסק ברמב"ם (מלכים ג, ט): "המבטל גזירת המלך בשביל שנתעסק במצוות, אפילו במצווה קלה – הרי זה פטור, דברי הרב (הקב"ה) ודברי העבד (המלך) – דברי הרב קודמים. ואין צריך לומר אם גזר המלך לבטל מצווה שאין שומעים לו".
למשל, בשבת, אם נתן המפקד פקודה לנסוע לצורך פיקוח נפש, כגון לצורך שמירה, מצווה לנסוע. אבל אם נתן פקודה לנסוע לצורך אחר – אסור לנסוע. לעיתים יש לחייל ספק, אולי יש צד של פיקוח נפש בפקודה ואולי אין, במצב כזה יש לקיים את הפקודה, מפני שגם ספק פיקוח נפש דוחה שבת (יומא פג, א). אולם אחר השבת יבדוק החייל את הפקודה, ואם יתברר לו שהפקודה ניתנה שלא לצורך פיקוח נפש – עליו להתלונן על המפקד בכל הדרכים האפשריות, כדי למנוע הישנות מקרים של מתן פקודות הכרוכות בחילול שבת קודש.
היה מקרה שחיילים קיבלו פקודה לנסוע בשבת כדי לפנות מאחז יהודי שלא אושר כחוק, וכיוון שלא היה בזה צורך של פיקוח נפש – אסור היה להם לנסוע. ובשעה כזו אסור להיות טיפש או פחדן, וכאשר אין צד של פיקוח נפש, יש לסרב פקודה.
ופעם גדוד היה צריך לבצע תרגיל מלפני עלות השחר ועד חצות היום. במשך התרגיל התקיימה הפסקה ארוכה, אולם המפקד אסר על החיילים להתפלל שחרית במשך אותה הפסקה, מפני שטען כי המח"ט אמור להגיע בכל רגע לקראת השלב הבא של התרגיל, ומיד עם בואו יצטרכו להמשיך בתרגיל. כיוון שהחיילים ידעו שהשלב השני של התרגיל ימשך עד חצות היום, וראו שההפסקה נמשכה כבר חצי שעה, התעקשו והתפללו שחרית. והם אכן נהגו כדין, מפני שלא היה שום הכרח להמשיך מיד בתרגיל ולבטל עקב כך תפילת שחרית. ואם אפשר היה להמתין למח"ט זמן בלתי מוגבל, אפשר היה לתת להם זמן להתפלל שחרית, שאין כבודו של המח"ט חשוב מכבוד שמים.[8]
והיה מספר איך פעם הדפיס בחוברת של הרבנות הצבאית הוראה הלכתית, שבכל עת שיש פקודה לחלל שבת שלא לצורך פיקוח נפש, יש לסרב פקודה. הרמטכ"ל דאז, חיים לסקוב, כעס מאוד, וטען שהצבא מושתת על הציות לפקודות, ועל כן מי שיש לו ביקורת על פקודה כל שהיא, צריך לבצעה תחילה ורק אח"כ אם ירצה יוכל להגיש קובלנה על מפקדו. כעונש על פרסום הדברים, הורה להפסיק את פרסום העלון של הרבנות הצבאית. הרב גורן לא נכנע, והתלונן על הרמטכ"ל אצל בן גוריון שהיה ראש הממשלה ושר הביטחון. בעת הבירור טען הרמטכ"ל, שכל קיומו של הצבא מושתת על ציות לפקודות, ואם חיילים דתיים יסרבו לפקודת מפקדם יפגעו ביסודות קיומו של הצבא. פנה בן גוריון לרב גורן בשאלה, מדוע אם כן לא יקיים החייל את הפקודה ואח"כ יתלונן. הרב גורן ענה שחילול שבת כמוהו כרצח, את מעשה האיסור כבר לא ניתן יהיה אח"כ לבטל. וכמו שמי שמקבל פקודה להרוג אדם חף מפשע, לא יהרוג אותו ואח"כ יתלונן על מפקדו, כך גם מי שמקבל פקודה לחלל שבת לא יחלל ואח"כ יתלונן, אלא עליו לסרב פקודה. נתקבלו דבריו של הרב גורן, ובן גוריון נזף בלסקוב ואף רשם לו הערה בתיקו. וכשהרב גורן הוסיף שלסקוב ביטל את הופעת העלון של הרבנות הצבאית, הורה בן גוריון להמשיך בהוצאת העלון ואף הורה להכפיל את מספר העמודים שבו.
מי יודע מה היה קורה אילו רב אחר היה אז במקומו, אולי מרוב חששות, היה טוען שכל הפרת פקודה תהרוס את הצבא, ולכן על החיילים לציית תמיד לכל פקודה, גם כאשר היא מנוגדת בעליל להלכה. נקווה שהרבנות הצבאית תמשיך בקו שהתווה מייסדה – הרב גורן זצ"ל.
מספרים שעם הידידות שהיתה לרב גורן עם קצינים רבים, כשהגיעו הדברים לידי פגיעה במצוות התורה, לא ויתר. והיו מספר קצינים שהודחו או שקידומם נעצר, בעקבות פגיעה במצוות השבת והכשרות. עמדתו היתה, כי קצין שקדושת מסורת ישראל אינה בראש מעייניו, אינו ראוי להיות מפקד בצה"ל ולשלוח חיילים להילחם למען עם ישראל. מג"ד אחד רצה לבדוק אם חייליו הדתיים יצייתו לפקודתו, והורה להם לטפל בטנקים בשעת סעודה מפסקת שלפני יום הכיפורים, וכך נכנסו לצום בלא שאכלו כראוי. הרב גורן לא הסכים לשום פשרה זולת סילוקו המיידי של אותו מג"ד מהצבא.
