כאשר הצעת השלום של ישראל נדחית, פותחים במלחמה. והמלחמה אכזרית. וכמו שנאמר (דברים כ, יב-טז): "וְאִם לֹא תַשְׁלִים עִמָּךְ וְעָשְׂתָה עִמְּךָ מִלְחָמָה וְצַרְתָּ עָלֶיהָ. וּנְתָנָהּ ה' אֱלוֹהֶיךָ בְּיָדֶךָ וְהִכִּיתָ אֶת כָּל זְכוּרָהּ לְפִי חָרֶב. רַק הַנָּשִׁים וְהַטַּף וְהַבְּהֵמָה וְכֹל אֲשֶׁר יִהְיֶה בָעִיר כָּל שְׁלָלָהּ תָּבֹז לָךְ וְאָכַלְתָּ אֶת שְׁלַל אֹיְבֶיךָ אֲשֶׁר נָתַן ה' אֱלוֹהֶיךָ לָךְ. כֵּן תַּעֲשֶׂה לְכָל הֶעָרִים הָרְחֹקֹת מִמְּךָ מְאֹד אֲשֶׁר לֹא מֵעָרֵי הַגּוֹיִם הָאֵלֶּה הֵנָּה. רַק מֵעָרֵי הָעַמִּים הָאֵלֶּה אֲשֶׁר ה' אֱלוֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ נַחֲלָה לֹא תְחַיֶּה כָּל נְשָׁמָה".
לכאורה יש לשאול: מדוע היו צריכים להרוג את כל הזכרים, ומהכנענים כל נשמה? שתי סיבות עיקריות לכך: א) במלחמה צריך לנצח באופן מוחלט, שאם לא כן, בוודאי תבוא מערכה נוספת שתסכן שוב את קיומנו, ומי יודע מה יהיה סופה. לא זו בלבד, אלא שאם הניצחון לא יהיה מוחלט, לא נרתיע אויבים אחרים מלסכן את קיומנו. והכל תלוי במנהג העולם. באותם הזמנים כך נהגו המנצחים, ואם ישראל לא היו נוהגים כמקובל, היו כל העמים שסביבנו יודעים שכדאי להילחם בישראל, שאם ינצחו – מה טוב, ואם יפסידו – לא נורא (עי' אגרות ראיה ח"א עמוד ק'). ב) מצד הצדק יש להעניש את הרשעים שונאי ישראל במידה כנגד מידה, ומה שהם זממו לעשות לנו יש לעשות להם. וכן עשינו בימי המן הרשע.
ואם ישאלו, אם ננהג כך מה יהיה ההבדל בין ישראל לעמים? ההבדל הוא כפול: א' אנו פותחים בשלום, ב' גם לאחר שאנו מנצחים, אנו פוגעים רק כפי הצורך והצדק ולא יותר.
גם בימינו, עלינו לשאוף לניצחון מוחלט, עד כניעתם הגמורה של אויבינו, כדי להרתיע וכדי להעניש. אמנם ברוך ה' היום כבר לא מקובל להרוג כל זכר, וכדרך כלל משתדלים שלא לפגוע באוכלוסייה אזרחית, וממילא הדבר אסור. אבל צריך שהניצחון יהיה חזק וכואב באופן שירתיע את אויבינו, וגם שיהיה בו עונש של מידה כנגד מידה, מה שהם זממו לעשות לנו נעשה להם. אולם מעבר לזה אין לעשות.[12]