לעיתים צריך להוליך ספר תורה ממקום למקום, כגון מבית כנסת אחד לבית כנסת שני, באותה העיר או בעיר אחרת. גם בעת שמוליכים אותו יש לשמור על כבודו. בזמן שהיו רוכבים על חמורים, לדעת הרא"ש מותר היה להניחו בתיק שקשור אל החמור מאחוריו, ולדעת הרמב"ם צריך הרוכב לשאת את הספר בחיקו, ורק בשעת הסכנה מותר לשמור על הספר באופן אחר, כדי שהליסטים לא ירגישו בו, וכך נפסק ב'שולחן-ערוך' (יו"ד רפב, ג).
כיום כשנוסעים במכונית, יש להשתדל, אם אפשר, שיהיה נוסע נוסף שיישא את ספר התורה בחיקו. ואם אין שם נוסע נוסף, יעטוף את הספר בטלית ויניח אותו בצורה מכובדת על אחד המושבים, תוך דאגה שלא יפול ממקום מושבו. בשעת הצורך, מותר להניחו בדרך מכובדת בתא המטען, כגון על שמיכה.
יש שכתבו שבעת שמוליכים ספר תורה מבית כנסת אחד לשני, טוב שילווהו עשרה אנשים כדי לכבדו (בית לחם יהודה בשם רקנאטי; והובא בכה"ח או"ח קלה, עד). אבל להלכה אין חובה לעשות כן, ורק כאשר ממילא ישנם עשרה אנשים שהולכים לאותו מקום, מוטב שימתינו וילכו עם ספר התורה.[3]
רבים נוהגים שבשעה שצריכים להוליך את ספר התורה לדרך רחוקה, כגון שטסים ממדינה למדינה, פוסלים את ספר התורה על ידי התרת התפירה שלו באחד המקומות, ועל ידי כך קדושתו החמורה פוקעת, ואין פגיעה בכבוד הספר בשעה שמוליכים אותו (כה"ח קלה, עד, עפ"י פתה"ד וחק"ל).
מפני קדושתו של ספר התורה, אין לנגוע בקלף שלו בידיים חשופות, אלא נוגעים בעמודים שעליהם הספר גלול. וכשצריך לסדר את הקלף בעת שגוללים את ספר התורה, עוטפים את היד במטפחת או בטלית ומסדרים את הקלף. ורק לצורך, כגון סופר שמתקן את ספר התורה, מותר לנגוע בידיים חשופות בקלף, וטוב ליטול את הידיים לפני כן (שו"ע או"ח קמז, א; מ"ב א).
וכל זה דווקא בספר תורה שכתוב בדיו על קלף, אבל בתנ"ך מודפס מותר לנגוע בידיים חשופות, ובתנאי שהידיים תהיינה נקיות.