את הנטילה יש לבצע מתוך כלי שיהיו בו מים בשיעור של 'רביעית הלוג' לכל הפחות, שהוא כנפח ביצה ומחצה (75 מ"ל, להלן י, 11). הנוטל בפחות משיעור זה לא יצא ידי חובה (להלן בהלכות יא-יב).
המים צריכים להיות שקופים כמראם הטבעי, אבל אם המראה שלהם השתנה – נפסלו לנטילה. לפי זה אסור ליטול ידיים במיץ, מפני שהוא מים שנשתנו מראיהם (שו"ע או"ח קס, א).
מים שנעשתה בהם מלאכה פסולים לנטילה, מפני שנעשו על ידי המלאכה כמי שופכים. ולכן מים ששטפו בהם כלים פסולים לנטילה. וכן מים שהניחו בהם בקבוק חם כדי לצננו ולהגישו לתינוק – נפסלו מנטילה, מפני שנעשתה בהם מלאכה (שו"ע קס, ב).
כדי לבאר מעט את סגולת הטהרה שבמים, יש להקדים, שכידוע הטומאה שייכת למוות ולחידלון, ולכן המת הוא אבי אבות הטומאה. לעומת זאת, המים הם נוזל החיים, שעל ידם כל מיני הצומח והחי מתקיימים. יתר על כן, המים קדמו לכל הבריאה, שעוד לפני תחילת מעשה בראשית נאמר: "וְרוּחַ אֱלוֹהִים מְרַחֶפֶת עַל פְּנֵי הַמָּיִם", נמצא שהמים הם היסוד הקדום. ולכן אולי ציוותה התורה שאדם שנטמא והתרחק ממקור חייו – יטבול את כל גופו במקווה מים – ביסוד החיים הראשוני שבעולם, ומתוך כך יתעוררו שורשי החיים שבקרבו, והנשמה הטהורה שבו תתגבר, והטומאה שדבקה בבשרו תסתלק. בנוסף לכך, תכונתם של המים שהם מנקים את הלכלוך שדבק בבשר, ויש בטבילה סמליות, שכשם שהלכלוך מתנקה ויורד על ידי המים, כך גם הטומאה שנדבקה בחיצוניותו של האדם, עוברת ומסתלקת על ידי הטבילה במים (ראו בפנה"ל טהרת המשפחה א, יא-יב).
טעם זה שייך גם לנטילה שלפני הסעודה. האכילה עלולה להשפיל את האדם לצד החומרני, אבל כאשר הוא מטהר תחילה את ידיו במים, שהם יסוד החיים, הוא מרומם את אכילתו אל המגמה האידיאלית, שהמזון וטעמו הטוב יתנו בו כוח ושמחה לחיים מלאי תוכן.
זו אולי הסיבה, ששבחו חכמים את הנוטל ידיו בשפע מים (שבת סב, ב). והכוונה שנוטל ידיו בהידור, באופן שהמים שוטפים את כל כף ידו. אבל לא התכוונו לעודד את הנוטל לאבד מים רבים בחינם, שיש בזה איסור 'בל תשחית'.
