שני סוגים של בורר ישנם: האחד נעשה בשדה או במפעל, והוא שלב בתהליך הכנת החיטים לטחינה, שלעיתים מתערבים בערימת החיטים אבנים וגושי עפר, וצריך להוציאם לפני שמכניסים את החיטים לטחינה, וזוהי מלאכת 'בורר' שאסורה ביום טוב. הסוג השני נעשה במטבח, וכיוון שהוא לצורך אכילה באותו יום, הוא אינו 'מלאכת עבודה', ומותר לעשותו ביום טוב ואסור בשבת.
זה הכלל, בשבת כל מלאכה שעוסקת בהפרדת אוכל מפסולת אסורה, ורק כדרך אכילה מותר, ושלושה תנאים נדרשים כדי שהפרדת האוכל תחשב כדרך אכילה: א) שיוציא את האוכל מתוך הפסולת, ב) כדי לאכול לאלתר, ג) יעשה זאת ביד או מזלג ולא בכלי שמיועד לברירה, כמבואר בפניני הלכה שבת (פרק יא). אולם ביום טוב, רק 'מלאכת עבודה' שמתבצעת בשדה או במפעל אסורה, אבל מלאכת 'בורר' לצורך מאכלי היום מותרת.
נזכיר מספר דוגמאות שמותר לברור בהן ביום טוב ואסור בשבת: מי שיש לפניו סלט ובו חתיכות בצל שהוא אינו מעוניין בהן, מותר לו להוציא את חתיכות הבצל, ולאכול את שאר הסלט, ואילו בשבת הדבר אסור, מפני שאסור להוציא פסולת מתוך אוכל (שם יא, ה). וכן מותר להוציא ביום טוב גרעין של לימון שנפל לתוך סלט, או זבוב שנכנס לתוך משקה. וכן מותר לברור אורז ביום טוב.[6]
מי שמונחת לפניו תערובת של אגוזים ושקדים, מותר לו להוציא את השקדים לצורך הסעודה שתתקיים בעוד כמה שעות. וכן מותר לקלף אגוזים מקליפתם לצורך סעודה שתתקיים בעוד כמה שעות. אבל בשבת הדבר אסור, מפני שכל ההיתר להוציא אוכל מתוך פסולת בשבת הוא כדי לאכול לאלתר (פ"ה שבת יא, ו).
מי שיש לו שמרי יין מעורבים ביין, מותר ביום טוב לתת אותם במסננת ביתית, כדי לסנן את היין מהשמרים (שבת קלז, ב; שו"ע תקי, ד). ובשבת הדבר אסור, שכן אסור להשתמש בכלי לצורך הפרדת האוכל מהפסולת (פ"ה שבת יא, ז).
