נוהגים לערוך שבע הקפות בליל שמחת תורה ושבע הקפות ביום שמחת תורה. וכל מקום שבו עושים הקפות רומזים לאור המקיף, היינו להארה גבוהה שחופפת עלינו ומרוממת אותנו ומעניקה לנו השראה, אבל מפני רום מעלתה אין ביכולתנו להשיג אותה באופן מוגדר בשכלנו (לעיל א, ז; ה, ט). שכל הלימודים שלמדנו וזכינו להבין במשך השנה הם בבחינת אור פנימי, שנקלט באופן מוגדר בתוך שכלנו, ומתוך כך בעת סיום התורה, אנחנו זוכים לקלוט משהו מן האור המקיף שעולה מכלל התורה. וההתחזקות בשמחת התורה מועילה לזה מאוד.
לקראת ההקפות נוהגים להוציא את כל ספרי התורה ובכללם גם את הספרים הפסולים. למנהג יוצאי אשכנז נוהגים לשאת את כל הספרים ולרקוד עימהם במשך כל ההקפות, ואם יש שם הרבה ספרי תורה יותר מכפי כוח הרוקדים, מוציאים רק את הספרים שיש מי שיישא אותם בריקודים. ולמנהג יוצאי ספרד, ברוב משך זמן ההקפות מניחים את ספרי התורה על הבימה, ואדם אחד אוחז באחד מספרי התורה, ושאר הציבור מקיף אותם ורוקד סביבם. ועל פי האר"י נהגו להקיף את הבימה עם ספר תורה אחד הקפה אחת לכל אחת משבע ההקפות (עיין בא"ח וזאת הברכה יז). וכל המנהגים טובים.
מצד מנהג ההקפות די בשבע הקפות בלבד, אבל מצד שמחת התורה וכבודה, שזה עיקר עניינו של יום 'שמחת תורה', יש להרבות בריקודים. ואין צורך ששאר הריקודים יהיה דווקא בצורה של הקפות. נוהגים לשורר פיוטים בעת ההקפות, כל עדה לפי מנהגה, אך אין אמירתם מעכבת.
את ההקפות של הלילה נוהגים לקיים לאחר סיום תפילת ערבית. ולגבי היום, יש נוהגים לקיים את ההקפות לאחר סיום תפילת מוסף, ויש נוהגים לקיימן לאחר סיום הקריאה בתורה (חיד"א לדוד אמת סו"ס כו). וזמן ההקפות הרווח ברוב הקהילות, לאחר תפילת שחרית ולפני הקריאה בתורה.
במקומות רבים נוהגים לערוך קידוש בתוך ההקפות, ומרבים בשתיית יין, עד שנעשים מבושמים, אבל מקפידים שלא להשתכר. וכן צריך לשים לב שעד שיתפללו מוסף ומנחה יפוג יינם ודעתם תהיה צלולה, שאסור לשתוי להתפלל תפילת עמידה (שו"ע צט, א; פ"ה תפילה ה, יא). וכן אסור לכהן שתוי לעלות לדוכן (שו"ע קכח, לח).
לכתחילה צריכים כל הנמצאים בבית הכנסת לעמוד בכל עת שמקיפים ורוקדים עם ספרי התורה, ומי שקשה לו לעמוד, רשאי לשבת, ורק בעת שמתחילים כל הקפה והקפה – יעמוד.[3]
יש נוהגים על פי מנהג המקובלים מתקופת האר"י, לקיים הקפות במוצאי 'שמיני עצרת', וקוראים להן 'הקפות שניות'. ואף הן לכבוד התורה, ולכן יש בהן מצווה. והורה מרן הרב קוק זצ"ל לנגן בהן בכלי שיר, כדי שיהיה ניכר שכבר מוצאי יום טוב, ולא יֵראו כמוסיפים יום טוב שני של גלויות בארץ ישראל (אורח משפט קמב).