יש נוהגים לשחוט בערב יום הכיפורים תרנגול ל'כפרות', לרמוז בכך שהדין שהיה ראוי לבוא על האדם יבוא על התרנגול שמכונה 'גבר', והאדם ינצל לחיים. ויש אומרים שאין לקיים מנהג זה מפני שהוא מ'דרכי האמורי', היינו מנהג גויים שמבוסס על אמונות זרות, שאין להן בסיס בתורה. וכן כתב הרשב"א (שו"ת א, שצה), שכאשר בא לעירו, מצא שאנשים רבים נוהגים לעשות כפרות יחד עם עוד מנהגים זרים שלמדו מהגויים, וביאר לקהל את גנות המנהג וציווה לבטלו. וכן נפסק בשולחן ערוך (תרה, א).
אמנם הרמ"א כתב שאין לבטל את המנהג, מפני שהוא מנהג ותיקין מתקופת הגאונים. וכך היתה גם דעתו של האר"י הקדוש. בעקבות האר"י רבים מיוצאי ספרד ואשכנז נוהגים לקיים את מנהג הכפרות. וכך הוא המנהג: בערב יום הכיפורים, באשמורת הבוקר, לוקחים תרנגול לכל אחד ואחד מבני הבית, ומסובבים אותו מעל הראש ואומרים: "זה חליפתי, זה תמורתי, זה כפרתי וכו'", ושוחטים אותו. כשאפשר, לוקחים תרנגול זכר על כל זכר מבני הבית, ותרנגולת נקבה על כל אחת מבנות הבית, ולמעוברת מוסיפים עוד תרנגול ותרנגולת, שאולי תלד בן ואולי תלד בת. אם יש שם תרנגולים לבנים, בוחרים בהם, על דרך שנאמר (ישעיהו א, יח): "אִם יִהְיוּ חֲטָאֵיכֶם כַּשָּׁנִים כַּשֶּׁלֶג יַלְבִּינוּ". בשעה שישחטו את התרנגול, יחשוב בעל התרנגול שכל מה שעושים לעוף הזה, הכל היה ראוי לבוא עליו, ועל ידי תשובתו הקב"ה מסלק הגזירה מעליו, ונתקיים דוגמתו בעוף הזה. לאחר השחיטה נוהגים לתת את הבשר או את שוויו לעניים, כדי שיהיה להם מה לאכול בערב יום הכיפורים ולאחר צאתו. מי שלא מצא תרנגולים, יכול לקיים את המנהג באווזים או דגים, העיקר שיהיו בעלי חיים טהורים שאינם ראויים לקרבן, כדי שלא יֵראה כמקריב קרבן מחוץ לבית המקדש.
במשך הזמן, בעקבות ריבוי המשתתפים במנהג, נוצר לחץ גדול על השוחטים, והתעורר חשש שמא לא יצליחו לבצע את בדיקת הסכין והשחיטה כהלכה. ואזי הורו הפוסקים שעדיף לדחות את השחיטה לאחר תפילת שחרית, או להקדימה לימים שלפני ערב יום הכיפורים, מפני שכל עשרת ימי התשובה ראויים לקיום המנהג.
רבים נוהגים כיום לקיים את מנהג הכפרות על ידי צדקה בשווי של תרנגול לכל אחד מבני המשפחה. ואלה שעושים זאת מפני הקושי לקיים את השחיטה כהלכה, נוהגים לסובב את מעות הצדקה מעל הראש כדרך שנוהגים בתרנגול. ואלה שנמנעים מהמנהג מפני חשש 'דרכי האמורי', אינם נוהגים לסובב את המעות מעל הראש, אלא נותנים צדקה, שכך ראוי להרבות בצדקה לקראת יום הכיפורים.
כל אדם רשאי לבחור את מנהגו, ואם יש למשפחתו מנהג, טוב שימשיך במנהג אבותיו.
