בית המקדש השני נבנה בשנת 3,410 למניין שאנו מונים לבריאת העולם, והתקיים במשך 420 שנה, ובמוצאי השנה השביעית חרב (ערכין יא-יב; תענית כט, א).
לדעת רבים, החורבן היה בשנת 421 לקיומו של המקדש, היא שנת 3,830 לבריאת העולם, כלומר השנה הראשונה למחזור השמיטה, לפיכך שנת השמיטה כיום היא תשע"ה (ר"ת, ר"י, רמב"ן, ר"ן, תרומה, ב"י ורמ"א חו"מ סז, א; רמב"ם). ויש אומרים שבית המקדש חרב בשנת 420 לקיומו, היא שנת 3,829 לבריאת העולם, וזו השנה הראשונה למחזור השמיטה, לפיכך שנת השמיטה כיום היא תשע"ד (רש"י, טור).
עוד ספק התעורר, יש סוברים ששנת היובל אינה בחשבון השמיטות, כך שלאחר כל שבע שמיטות, מפסיקים לספור שנה, כנגד היובל, ורק לאחר מכן חוזרים לשבעה מחזורים נוספים של שבע שנים, וכן יש לנהוג גם לאחר חורבן הבית. לשיטתם השביעית חלה בשנת תשע"ב. אולם לדעת הגאונים, מעת שחרב בית המקדש השני הפסיקו למנות יובלות, ונמצא ספירת השביעיות רצופה. וכתב הרמב"ם שדעתו היתה שצריך להמשיך למנות גם יובלות, אלא שהואיל והמסורת כדעת הגאונים, כך יש לנהוג למעשה, "שהקבלה והמעשה עמודים גדולים בהוראה ובהם ראוי להתלות" (רמב"ם שמיטה ויובל י, ד-ו). והראב"ד נותר בדעה שגם בזמן הזה יש למנות את היובלות, והשביעית היתה בתשע"ב.[6]
גם לרש"י (ע"ז ט, ב) הלכה כר' יהודה, אלא שמנו את שנות השמיטה מהשנה השביעית להקמת בית המקדש השני. והחורבן היה בשנת 420 לבניינו, 3,829 לבריאת העולם (69 לסה"נ), ושנה זו היתה הראשונה לשמיטה, נמצא שהשביעית כיום בשנת תשע"ד, וכן סוברים הרא"ש (ע"ז א, ז), והטור (חו"מ סז).
הרמב"ם מסכים עם רש"י שהחורבן היה בשנת 420 לבניינו, אלא שלדעתו הלכה כחכמים (כדלהלן), והחלו למנות מהשנה השביעית לבניין בית המקדש, ושנת החורבן נקראת השנה שלאחר החורבן, והיא היתה מוצאי שביעית. נמצא שלמעשה דעתו כדעת ר"ת, ששנת 3,830 היא השנה הראשונה לשמיטה.
לדעת רמב"ם וראב"ד שמיטה ויובל י, ד; ו, הלכה כחכמים. ולדעתם גם לאחר שנחרב הבית יש להמשיך למנות יובלות, כלומר להוסיף עוד שנה לחשבון כל שבע שמיטות. לפי זה יוצא ששנת היובל האחרונה היתה בשנת תשס"ה והשמיטה שאחריה בשנת תשע"ב. אולם דעת הגאונים שאמנם הלכה כחכמים שהיובל אינו בחשבון השמיטות, אבל לאחר החורבן כבר אין מונים יובלות, ובכך מתאחד חשבונם עם חשבון ר"ת וסיעתו. וכיוון שכך המנהג והקבלה ביד הגאונים, ביטל למעשה הרמב"ם את דעתו. והראב"ד נשאר בדעתו שגם היום צריך למנות יובלות, וסבר שאולי גם הגאונים מסכימים לכך.
נמצא שיש לנו שלוש דעות במניין השמיטות (רש"י – תשע"ד; ראב"ד – תשע"ב; ר"ת והגאונים – תשע"ה), ואף שעד סוף תקופת הראשונים עדיין המחלוקת לא הוכרעה, והטור סבר כרש"י, והראב"ד נותר בדעתו, מ"מ במשך הזמן נתקבל המנהג כדברי ר"ת והגאונים, וכ"כ ב"י ורמ"א חו"מ סז, א. וכן סיכם בשו"ת מהרלב"ח סי' קמג. וכן הכריע בספר חרדים הקדמה למצוות התלויות בא"י. וכ"כ המבי"ט א, נ, בתגובה למי שערער על החשבון.
ואף שהמנהג הוכרע לגבי שביעית, ואין מי ששומרה בשנה אחרת, עדיין יש שהורו מחמת ספק השנים שלא לברך על פדיון מעשר שני שנוהג בשנים א' ב' ד' ה' לשביעית, וכ"כ הרב אלישר (ספר איש אמונים ל, א, סק"ז). אולם למעשה מוסכם לברך כפי שכתבו בשו"ת אבקת רוכל (סי' ד), וברכ"י (יו"ד שלא, כג). ועדיין היו שסברו שנכון מחמת ספק השנים להפריש מספק גם מעשר שני וגם מעשר עני. כ"כ בשו"ת רדב"ז (ב, תשלא); הלכות קטנות (ב, קמג); הרב אלישר (שמחה לאיש יו"ד כו), ושכן נהג מורו בעל ספר בני בנימין; לוח דינים של גאוני ירושלים משנת רס"ט (אות סט). אמנם באבקת רוכל (סי' ד), וברכי יוסף (שלא, כג) לא כתבו שיש להתנות. וכן נוהגים למעשה. ובשו"ת מטה יוסף (יו"ד ט) כתב שהמנהג להתנות הוא מנהג בורות כנגד מנהג ישראל. והובאו הדברים בחזון עובדיה (תרומות ומעשרות עמ' קצא, הערה ה), אבל סיכם למעשה שהרוצים להחמיר ולהתנות רשאים לעשות כן.
