בשנת תרס"ד עלה הרב קוק לארץ והחל לכהן כרבה של יפו והמושבות, ובשנת השמיטה תר"ע, עשרים ואחת שנים לאחר הנהגת ההיתר על ידי גדולי הדור הקודם, קיים הרב קוק את היתר המכירה.
במשך השנים שעברו מעת תחילת ההתיישבות החדשה המושבות גדלו והתרחבו, במקום מאות איכרים היו כבר בארץ אלפי משפחות של איכרים שהתפרנסו מחקלאות. מצד אחד עובדה זו הפכה את ההיתר לנצרך יותר, ומנגד, גרמה למתנגדיו להחריף את עמדתם, הואיל והוא נעשה מקיף וכולל הרבה יותר אנשים וקרקעות.
עוד שינוי משמעותי התחולל בינתיים: רוב תושבי המושבות הראשונים, בני העלייה הראשונה, היו שומרי מצוות, שמחויבים לפסקי הרבנים. אולם במשך הדור שעבר, תהליך החילון המואץ שעבר על הקהילות היהודיות באירופה השתקף בהרכב העולים הצעירים שהגיעו לארץ במסגרת העלייה השנייה. כך שבשנת תר"ע, רבים מהאיכרים החדשים לא היו שומרי מצוות בשלימות. רובם היו מוכנים לשתף פעולה עם הרבנים בענייני שבת, ערלה והפרשת תרומות ומעשרות, אבל בשום אופן לא ניתן היה לשכנעם לשבות ממלאכת השדות שנה שלימה. התרחקותם של החלוצים ממצוות גרמה למתנגדי ההיתר להחריף את מאבקם כנגדו וכנגד הרבנים שתמכו בו. ומנגד, חיזקה את עמדת המתירים, שסברו שעל ידי ההיתר ימשיכו החלוצים לשתף פעולה בענייני הכשרות (אגרות הראיה רצא, שיא).
אז כבר התבררו המחנות לגמרי. כל התומכים בהתיישבות החדשה תמכו בהיתר. מנגד, המאפיין הבולט של המתנגדים להיתר, שהם הסתייגו במידה זו או אחרת מהישוב החדש, וקל וחומר שהסתייגו מהתנועה הציונית שהוקמה בינתיים בשנת תרנ"ז. רק לאור זאת ניתן להבין את ההתנגדות הקשה להיתר. מפני שכפי שנלמד בהמשך, גם אם בדור הראשון הרבנים המחמירים יכלו להתעלם מדעת המקילים, מפני שהיה מדובר בסוגיה חדשה, הרי שבדור השני המחמירים כבר הכירו את שיקולי ההיתר, ויכלו לדעת שהוא הרבה יותר מבוסס מהיתרים דומים שמקובל לסמוך עליהם בשעת הדחק, כדוגמת אכילת 'חדש' בחוץ לארץ. אין זאת אלא שהמחלוקת של רובם כנגד עבודת יישוב הארץ והתנועה הציונית, שרבים ממנהיגיה היו חילונים, קלקלה את שורת הדין, עד שהתעלמו מכל המקורות האיתנים של ההיתר תוך שהם מקבצים את כל הטענות האפשריות לחומרא. כפי שנראה, עמדת המתירים היתה שקולה ומאוזנת תוך שהם משתדלים להחמיר עד כמה שאפשר כדי לקיים את מצוות השביעית.
לא היה קל לרבנים המתירים, הם נאלצו לעמוד בהתקפות והשמצות קשות מצד קנאי הדור. אולם הרב קוק, שהיה רבן של המושבות, עמד על דעתו וביסס את ההיתר בספרו 'שבת הארץ', ובתשובות ואגרות רבות. הרב קוק המשיך לשמש כרבה של יפו והמושבות גם בשנת תרע"ז, למרות שלא היה אז בארץ. לאחר מכן בשמיטות תרפ"ד ותרצ"א, שימש כרבה הראשי של ארץ ישראל. היות ובמשך ארבע שמיטות היה הרב קוק אחראי על קיומו של ההיתר, והוא גם ביססו בספריו, נקרא ההיתר על שמו.
ניתן לומר שלא היתה בדורות האחרונים מחלוקת הלכתית גדולה ומקיפה כמחלוקת על 'היתר המכירה', שכמה סוגיות גדולות כלולות בה: א' שביעית בזמן הזה. ב' דין קרקעות של גוים. ג' מצוות יישוב הארץ ו'לא תחנם'. ד' דיונים סביב תוקף המכירה עצמה (על ההיתר כיום להלן בהלכות יא-יד).[1]
