מותר ואף מצווה לערוך ניסויים מדעיים בבעלי חיים לצורך הבנת המחלות ומציאת תרופות לבני האדם. וגם כאשר הניסויים כרוכים בסבל רב, אין בכך איסור, הואיל והם נעשים לשם תועלת ולא לשם אכזריות. ואפילו מצד מידת חסידות אין להימנע מהם, הואיל ועל ידם ניתן למצוא מזור למחלותיהם של אנשים רבים, והחובה המוסרית העליונה היא לדאוג לחייהם ובריאותם של בני האדם (עי' שבות יעקב ג, עא; שרידי אש ג, ז). לא זו בלבד, אלא גם בני האדם מוכנים לייסר את עצמם ולסכן את נפשם כדי להציל את ילדיהם או חבריהם ולרפא אותם, וככל שהסכנה נוגעת לאנשים רבים, כך יותר אנשים מוכנים לעבור ייסורים קשים ולהיכנס לסכנות כדי להציל את חבריהם. על אחת כמה וכמה שמותר לאדם לצער בעלי חיים שברשותו כדי למצוא תרופה למחלות של בני אדם.
אלא שיש לבדוק כל ניסוי לגופו, האם הכרחי לבצעו. וכן כאשר ניתן לנסותו על בעלי חיים שונים, יש להעדיף לקיימו במין הירוד יותר. כגון ניסוי שניתן לערוך על קופים או עכברים, עדיף לערוך על עכברים, מפני שמערכת העצבים והמוח שלהם פחות מפותחים, והם חשים פחות כאב וצער. לעומתם הקופים מפותחים עד שניכר עליהם כשהם שמחים ומאושרים או עצובים וכואבים, ולכן צריך להיזהר יותר שלא לצערם (לעיל הערה 1 סעיף א'). גם לאחר שהוחלט שיש צורך חיוני לערוך מחקר על בעלי חיים, יש להתאמץ למעט את סבלם. למשל, אם מדובר בניתוח, יש להשתדל לעורכו בהרדמה. ואם בעקבות המחקר נפגע גופם, יש להמיתם במיתה קלה כדי לחסוך מהם צער (ציץ אליעזר יד, סח).
מעיקר הדין מותר לתלמידי תיכון לבצע ניסויים על חרקים, לבדוק באיזה חום הם מצליחים לשרוד ובאיזה חום מתים, באיזה קור שורדים ובאיזה מתים. ואף שכל הניסויים הללו כבר התבצעו, יש תועלת מסוימת בכך שהתלמידים יתרגלו לבצע ניסויים. בנוסף לכך, עיקר איסור צער בעלי חיים חל על בעלי חיים שמסייעים לאדם ויש להם תודעה מסוימת, ולא על חרקים שמערכת העצבים שלהם ירודה לאין שיעור. אמנם כיוון שאין בניסויים אלה תועלת מדעית, וגם לא ברור שתלמידים אלה ימשיכו להתפתח כמדענים שחשוב להרגילם בניסיונות כאלה, עדיף שיבצעו ניסויים שאינם מצערים בעלי חיים, שכן ראוי לרחם על כל הבריות, שנאמר (תהלים קמה, ט): "וְרַחֲמָיו עַל כָּל מַעֲשָׂיו".
