השחיטה צריכה להיעשות בסכין. מעיקר הדין מותר לשחוט בכל דבר תלוש, כאבן צור, זכוכית ועץ, ובתנאי שיהיו חדים וחלקים בלא פגם (חולין טו, ב; שו"ע ו, א-ב). אבל נוהגים לשחוט בסכין מתכת, מפני שחומר המתכת חזק ומתאים לחידוד הסכין.
כל שיש בסכין פגם, השחיטה פסולה, משום שבמקום הפגם הסכין קורע את הסימנים במקום לחותכם. וכל זה בתנאי שהפגימה 'אוגרת', היינו שאם יעבירו על הסכין חוט שערה, היא תתקע במקום הפגם (חולין יז, ב; שו"ע יח, ב). לפיכך צריך לבדוק לפני השחיטה את הסכין משלושת צדדיה. וכך עושים: מעבירים את הציפורן בזהירות על צידו הימני של חוד הסכין לכל אורכו הלוך וחזור, וכן אח"כ על צידו השמאלי, ואח"כ על חוד הסכין הלוך וחזור. נמצאה פגימה, חוזרים ומשחיזים את הסכין עד שתהיה חלקה. מתחילה היו בודקים את שלושת צדדי הסכין גם על בשר האצבע, אבל בדורות האחרונים, בעקבות התפתחות תעשיית המתכת, נעשו הסכינים חדים יותר, וקשה לבדוק אותם על הבשר מחשש שהאצבע תחתך, ולכן נוהגים השוחטים והבודקים להסתפק בבדיקה על חוד הציפורן (חולין יז, ב; שו"ע יח, ט; בית דוד ה).
לאחר השחיטה צריך לחזור ולבדוק את הסכין, ואם נמצא בה פגם, הבהמה אסורה, מפני שחוששים שמא הסכין נפגמה בעור הבהמה, ושחיטת הסימנים שנעשתה אחר כך נעשתה על ידי סכין פגום. כדי למנוע זאת, מסירים את הבוץ והטיט מצוואר הבהמות, ואם יש להם צמר עבה – מגלחים אותו (שו"ע יח, יב).
השוחט בהמות רבות, צריך לבדוק את הסכין בין שחיטה לשחיטה, שאם יבדוק בסוף וימצא פגם בסכין, כל הבהמות שנשחטו מאז הבדיקה האחרונה אסורות. אמנם בשחיטה תעשייתית של עופות, אין בודקים את הסכין לפני כל שחיטה, אלא שוחטים ברצף עופות רבים, ולאחר מכן בודקים את הסכין, ואם ימצא בה פגם, מטריפים את כל העופות שנשחטו מאז בדיקת הסכין הקודמת. מפני שההפסד בעיכוב השחיטה על ידי בדיקת הסכינים גדול יותר מההפסד שייגרם כאשר ימצאו לפעמים סכין פגומה ויצטרכו להטריף הרבה עופות (שו"ע ורמ"א יח, יא; עי' בית דוד יסו"ה יח, ו, ג). יש לציין שבעקבות התפתחות תעשיית המתכות, עושים כיום סכינים ממתכת משובחת, ורק לעיתים נדירות מוצאים בסכינים פגם שפוסל אותם.
