גם סינון משקים עלול להיות אסור מהתורה, ודינו תלוי במצב המשקה. אם יש במשקה פסולת ובלא הסינון אי אפשר לשתות את המשקה, הרי שהסינון הוא מלאכה שמכשירה אותו לשתייה, והמסנן אותו עובר באיסור תורה. ואם גם בלא הסינון המשקה ראוי לשתייה, מותר לסנן אותו במסננת, ואף שעל ידי הסינון הוא משתפר מעט, אין שיפור זה משנה באופן מהותי את המשקה, ולכן אין בו איסור.
במצב ביניים, שהמשקה עכור, ובלא סינון רוב בני האדם אינם רגילים לשתותו, ורק בשעת הדחק שותים אותו, אסור לסנן אותו במסננת. ונחלקו אם מותר לסנן אותו בבד שלא כדרכו, לדעת רוב הראשונים מותר, ולדעת הרמב"ם אסור. וכתבו האחרונים שראוי להחמיר בזה כדעת הרמב"ם (שו"ע שיט, י; מ"ב מב).
לפיכך, שמרים שמעורב בהם יין, כיוון שאינם ראויים לשתייה – אסור מהתורה לסננם כדי להוציא מהם את היין (שו"ע שיט, ט, מ"ב לב). ואם היין עכור עד שרוב בני אדם אינם רגילים לשתותו, אבל ניתן לשתותו בדוחק, אסור לסננו במסננת, וגם על ידי בד ראוי שלא לסננו. לעומת זאת, יין שראוי לשתייה, מותר לסננו כדי שיהיה צלול יותר, שהואיל וכבר לפני הסינון היה ראוי לשתייה, אין סינונו נחשב למלאכה.
וכן מיץ תפוזים שיש בו חלקיקי פרי, כיוון שרוב בני אדם רגילים לשתותו בלא סינון, אין איסור לסננו במסננת.[12]
וכן מותר לפתוח בשבת ברז שיש עליו מסננת, או להוציא מים דרך כלי שמסנן אותם, שהואיל וגם לפני כן המים היו ראויים לשתייה, אין סינונם נחשב למלאכה.
