על החטאים החמורים ביותר, שרובם עוסקים בעבודה זרה, גילוי עריות ושפיכות דמים, קבעה התורה עונש מיתה. ארבעה סוגי מיתות ישנן בתורה – סקילה, שריפה, הרג וחנק, והחמורה שבהן היא 'סקילה', ובה חייב עובד עבודה זרה. כדי לחזק את ההרתעה כלפי החוטאים בעבודה זרה, צוותה התורה להמית את עובד העבודה הזרה בשער העיר שבה חטא. בנוסף, הואיל והיתה בחטאו מרידה פומבית בה', לאחר הוצאתו להורג מצווה לתלותו על קורת עץ. אבל אין מאריכים להשהותו תלוי, משום שהאדם נברא בצלם אלוהים, וכשמאריכים בתלייתו כבוד שמיים מתחלל (סנהדרין מו, א-ב). לפיכך, תולים אותו סמוך לשקיעה, ובשקיעת החמה מסירים אותו מהתלייה. שנאמר (דברים כא, כב-כג): "וְכִי יִהְיֶה בְאִישׁ חֵטְא מִשְׁפַּט מָוֶת וְהוּמָת וְתָלִיתָ אֹתוֹ עַל עֵץ. לֹא תָלִין נִבְלָתוֹ עַל הָעֵץ, כִּי קָבוֹר תִּקְבְּרֶנּוּ בַּיּוֹם הַהוּא, כִּי קִלְלַת אֱלוֹהִים תָּלוּי וְלֹא תְטַמֵּא אֶת אַדְמָתְךָ אֲשֶׁר ה' אֱלוֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ נַחֲלָה" (סנהדרין מה, ב; רמב"ם סנהדרין טו, ב; ו). על עוד עבירה אחת בלבד קבעה התורה עונש סקילה ותלייה, והיא מגדף, שאף בה יש מרידה פומבית בה' (להלן הלכה ח).
הסמכות לקביעת דין מוות נתונה לסנהדרין קטנה, שמורכבת מעשרים ושלושה דיינים סמוכים. ואף שישנן בתורה שלושים ושש עבירות שעונשן מיתה בידי בית דין (רמב"ם סנהדרין טו, י-יג), בפועל, מעט מאוד חוטאים הוצאו להורג. אמרו חכמים על סנהדרין שהוציאה להורג אדם אחד בשבע שנים שהיא נקראת 'חובלנית', ויש אומרים אחד בשבעים שנה (משנה מכות א, י). וזאת משום שבתי הדין שקדו על שני עקרונות במקביל, מצד אחד, כאשר אדם חטא בפומבי ובזדון ונמצא אשם, הענישו אותו במיתה כמצוות התורה, וכך החוטאים התייראו מלחטוא בפומבי. מאידך, נזהרו מאוד מלחרוץ דין, ועל כל ספק קל פטרו את החוטא מעונש מיתה. לדוגמה, אם לא היה ברור בוודאות שהחוטא ידע בעת שחטא שמעשהו אסור ועונשו מיתה, לא היו מוציאים אותו להורג. לפיכך, רק אם התרו בו בסמוך למעשה החטא, וברור לחלוטין שהחוטא שמע את אזהרתם והבין שאם יחטא יומת בבית הדין, ואע"פ כן חטא, חייב מיתה. בפועל, אין כמעט אדם שיחטא לאחר התראה שכזו. לכן רוב המוּצאים להורג היו רוצחים, שמרוב כעסם לא שלטו ביצרם, ולמרות ההתראה רצחו. כך יצא שבפועל, בעם ישראל הוציאו להורג הרבה פחות אנשים מאשר היה מקובל בשאר המלכויות והדתות האליליות.
בנוסף, ישנה סמכות לבית הדין הגדול (סנהדרין גדולה), לבטל את דין הוצאה להורג מישראל, וכפי שעשו בשלהי ימי בית המקדש השני. באותם ימים ראו חכמים שרבו הרוצחים ועונש המיתה כבר לא מרתיע, ואם יקיימו את עונשי המיתה יצטרכו להוציא להורג אנשים רבים מדי בלא שהריגתם תועיל למניעת רציחות נוספות. כדי להימנע מכך גלו ממקומם בלשכת הגזית הסמוכה לבית המקדש לרחוב סמוך, ואיבדו בכך את הסמכות להוציא אדם להורג, שכן רק כאשר בית הדין הגדול יושב סמוך למקדש יש לבתי הדין סמכות להוציא אדם להורג (ע"ז ח, ב, ר"ח).
ואף שבפועל רק במקרים נדירים מאוד בית הדין היה מוציא להורג אנשים על חטאיהם, ובנוסף לכך, עברו דורות רבים מאז שבית הדין גלה מלשכת הגזית הסמוכה למקדש ואיבד בכך את סמכותו להוציא חוטאים להורג, בסדר הלימוד רגילים לקרוא לכל העוברים בזדון על אחד מהחטאים החמורים שעונשם מיתה – 'חייבי מיתה'. שלוש סיבות לכך: א) לבטא את חומרת החטאים, שכעיקרון זה העונש הראוי להם. ב) במקרים נדירים מאוד אכן זה היה עונשם. ג) החוטאים בחטאים החמורים אכן חייבים מיתה בידי שמיים ב'כרת'. שכל העושה בזדון עבירה שבתנאים מסוימים חייבים עליה מיתה בבית דין, נענש בידי שמיים ב'כרת', היינו מיתה בקיצור ימים (מו"ק כח, א). אמנם חייבי כרת שחזרו בתשובה, נמחל להם עוונם והם פטורים מעונש כרת (רז"ה ורמב"ן).[1]
רמב"ן (ויקרא יח, כט) ביאר שיש שלושה מצבים: א' חטא בעבודה זרה או גידוף, כיוון שפגע בכבוד שמיים באופן חמור במיוחד, מת בקיצור ימים בעולם הזה, ונשמתו נכרתת מהעולם הבא. ב' עבר על איסור כרת וחובותיו מרובות מזכויותיו, אינו מת בקיצור ימים אך נכרת מעולם הנשמות. ג' עבר על איסור כרת וזכויותיו מרובות מחובותיו, מת בקיצור ימים ויחיה בעולם הנשמות. הרמב"ם (הל' תשובה פרק ח) כתב שכרת הוא כריתת הנשמה בעולם הבא, ורבים הקשו מדברי הגמרא במו"ק שכרת הוא מיתה בקיצור ימים בעולם הזה. ורדב"ז (ח, ע) ביאר, שגם רמב"ם מסכים שיש כרת בעולם הזה, "והכל לפי משפטו הצדק ושיקול דעתו השלם יתברך".
עוד נחלקו לעניין עונש הבנים. לדעת רבים עונש כרת כולל גם כריתת זרעו (רש"י, ר"ת, רבנו יונה). ומסתבר שילדים גדולים שכבר נשפטים בפני עצמם, נכרתים רק אם הם ממשיכים בדרכי אביהם. (לריב"א כרת כולל עונש לילדים רק באיסורי עריות שלגביהם הדבר נאמר, והם: גילוי עריות עם דודתו או אשת אחיו. וכן נראה מרמב"ן שם).
