כאשר רוב תושבי עיר בישראל הודחו לחטוא בעבודה זרה, דינם כדין מורדים במלכות, ומצווה להוציא להורג את כל החוטאים במיתת סייף (חרב), להמית את הבהמות, ולשרוף את כל בתיה ורכושה של העיר, ולהשאירה חרבה לעולם. שנאמר (דברים יג, יג-יח): "כִּי תִשְׁמַע בְּאַחַת עָרֶיךָ אֲשֶׁר ה' אֱלוֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ לָשֶׁבֶת שָׁם לֵאמֹר. יָצְאוּ אֲנָשִׁים בְּנֵי בְלִיַּעַל מִקִּרְבֶּךָ וַיַּדִּיחוּ אֶת יֹשְׁבֵי עִירָם לֵאמֹר נֵלְכָה וְנַעַבְדָה אֱלֹהִים אֲחֵרִים אֲשֶׁר לֹא יְדַעְתֶּם. וְדָרַשְׁתָּ וְחָקַרְתָּ וְשָׁאַלְתָּ הֵיטֵב, וְהִנֵּה אֱמֶת נָכוֹן הַדָּבָר נֶעֶשְׂתָה הַתּוֹעֵבָה הַזֹּאת בְּקִרְבֶּךָ. הַכֵּה תַכֶּה אֶת יֹשְׁבֵי הָעִיר הַהִוא לְפִי חָרֶב, הַחֲרֵם אֹתָהּ וְאֶת כָּל אֲשֶׁר בָּהּ וְאֶת בְּהֶמְתָּהּ לְפִי חָרֶב. וְאֶת כָּל שְׁלָלָהּ תִּקְבֹּץ אֶל תּוֹךְ רְחֹבָהּ וְשָׂרַפְתָּ בָאֵשׁ אֶת הָעִיר וְאֶת כָּל שְׁלָלָהּ כָּלִיל לַה' אֱלוֹהֶיךָ וְהָיְתָה תֵּל עוֹלָם לֹא תִבָּנֶה עוֹד. וְלֹא יִדְבַּק בְּיָדְךָ מְאוּמָה מִן הַחֵרֶם, לְמַעַן יָשׁוּב ה' מֵחֲרוֹן אַפּוֹ וְנָתַן לְךָ רַחֲמִים וְרִחַמְךָ וְהִרְבֶּךָ כַּאֲשֶׁר נִשְׁבַּע לַאֲבֹתֶיךָ".
כאשר אדם חוטא בעבודה זרה שלא במסגרת עיר הנידחת, הוא נענש במיתה החמורה ביותר – מיתת סקילה, אולם רק הוא נענש ואת רכושו הוא מוריש ליורשיו. לעומת זאת, החוטאים במסגרת עיר הנידחת נענשים במיתה קלה יותר – מיתת סייף, אולם כל רכושם נשרף וממילא אינם מורישים אותו לקרוביהם.
לפני שמוציאים לפועל דין חמור זה, הורתה התורה לדרוש ולחקור היטב את הדבר. אם התברר שכך אירע, היה בית הדין הגדול, של שבעים ואחד זקנים, שולח אל אנשי העיר תלמידי חכמים להזהירם ולהחזירם בתשובה. לא חזרו בתשובה – בית הדין הגדול היה מורה לישראל לשלוח עליהם צבא, כדי להביאם לדין בפני סנהדרין קטנה של עשרים ושלושה דיינים. כל מי שהעידו עליו שני עדים שאחר שהתרו בו עבד עבודה זרה בזדון, חייב מיתה. אם התברר שהחוטאים היו מיעוט יושבי העיר, החוטאים נענשים במיתת סקילה וממונם ליורשיהם. ואם התברר שרוב תושבי העיר חייבים מיתה, היה בית הדין הגדול קובע שדינם כדין עיר הנידחת, וכל החוטאים נהרגים במיתת סייף, ורכושם ובתיהם נשרפים. ואלה שלא חטאו, אינם נהרגים אבל רכושם נשרף יחד עם רכוש שאר בני העיר. ואף אם אלה שלא חטאו היו צדיקים, רכושם נשרף, הואיל וממונם גרם להם להישאר לגור עם הרשעים למרות הסכנה שיושפעו מהם לרעה (סנהדרין קיב, א; רמב"ם ע"ז ד, ו-ז).
ירושלים, וכן ערי המקלט, אינן נעשות עיר הנידחת, שנאמר (דברים יג, יג): "בְּאַחַת עָרֶיךָ אֲשֶׁר ה' אֱלוֹהֶיךָ נֹתֵן לְךָ לָשֶׁבֶת שָׁם", הרי שרק עיר רגילה ששייכת לאחד משבטי ישראל יכולה להיעשות עיר הנידחת, אבל ירושלים שלא התחלקה לשבטים, וכן עיר שניתנה ללוויים כדי שתשמש עיר מקלט לרוצחים בשגגה, אינן יכולות להיעשות עיר הנידחת (ב"ק פב, ב; רמב"ם שם ד, ד).
אין עושים עיר הנידחת בסְפר, היינו בגבול ישראל, כדי שלא ייכנסו גויים לארץ ישראל דרך המקום החרב.
כמו כן אין עושים עיר נידחת שנייה באזור שכבר עשו אחת, וזאת כדי שהארץ לא תיעשה 'קורחה' (עם אזור ללא יישוב). הארץ מחולקת לשלושה אזורים: יהודה, גליל ועבר הירדן. בנוסף, גם בדור אחר, אין רשאים לעשות עיר נידחת שלישית, ואפילו באזור שעוד לא עשו בו עיר נידחת, שכן בכל הדורות ניתן לעשות רק שתי ערים נידחות ולא יותר (סנהדרין טז, ב; ראב"ד, יראים, מאירי; פר"ח).[5]
לרמב"ם ע"ז ד, ד, בית דין אחד רשאי לעשות שתי ערים נידחות אך לא שלוש, וכן אינו רשאי לעשות שתי ערים נידחות באזור אחד. וכן בכל דור, רשאי בית הדין לעשות שתי ערים נידחות בשני אזורים. מנגד, רבים סוברים, שבתי הדין שבכל הדורות רשאים לעשות רק שתי ערים נידחות ולא יותר, ואף אסור שיהיו באזור אחד, אלא רק בשני אזורים כגון אחת ביהודה ואחת בגליל. כך דעת ראב"ד שם; יראים רעו; מאירי לסנהדרין טז, ב; מים חיים לפר"ח על הרמב"ם שם; חזו"א סנהדרין כד, יד.
אמרו חכמים בספרי (לדברים יג, טז), שילדי עיר הנידחת אינם נהרגים, כי לא יומתו הבנים בעוון האבות. ובתוספתא יד, ג, מובאת מחלוקת, לתנא קמא ור' עקיבא אין הורגים את הילדים עם הוריהם שעבדו עבודה זרה, ולר' אליעזר הורגים. ביאר ר"ש משאנץ, שלדעת חכמים בספרי ות"ק ור"ע בתוספתא, הילדים – אפילו אם הם בני דעת ועבדו ע"ז עם הוריהם – אינם נהרגים, הואיל והם קטנים מגיל מצוות. ולדעת ר' אליעזר, אם הילדים היו בני דעת ועבדו עבודה זרה, אף הם נהרגים, ואם לא עבדו, וכן קטנים שאין להם דעת – אינם נהרגים. לרמ"ה ופרשת הכסף הלכה כחכמים ור' עקיבא. ולרמב"ם (ע"ז ד, ו), רבנו יונה ומאירי, הלכה כר' אליעזר. לפר"ח ודברי ירמיהו, הכוונה כפירוש ר"ש משאנץ, שרק ילדים בני דעת שחטאו נהרגים. ורבים הבינו ברמב"ם שגם ילדים שלא חטאו ואין בהם דעת – נהרגים, כדי להרתיע, וגם מפני שמסתבר שילכו בדרכי הוריהם (מגדל עוז, אברבנאל). ביד פשוטה ביאר, שלרמב"ם רק אם גם אימם חטאה, ילדיהם נהרגים עמהם, אבל אם אימם לא חטאה, ילדיה אינם נהרגים. (ככלל, בדיני עיר הנידחת הרמב"ם נטה לחומרה, ובמו"נ א, נד, ביאר שמפני החומרה היתרה שבע"ז, גם הטף נענשים עם ההורים, כדי לעקור את החטא הנורא. כך גם בע"ז ד, ד, החמיר לגבי מספר הערים שיכול בית דין לדון כעיר נידחת).
