מתחילה קיווה מוחמד שהיהודים יקבלו את בשורתו ויכתירו בכך את האסלאם כדת האמת הממשיכה את הגילויים האלוהיים שבתורה. אולם כשסירבו, ראה בסירובם המשך למרד שלהם באל, והפך להיות להם לשונא, וסבר שרצון אללה שיענישום בחומרה וישפילום על שמרדו בו.
ככלל, ההלכה המוסלמית מחלקת בין עובדי אלילים, שאם לא יתאסלמו צריך להורגם, לבין היהודים והנוצרים, שהם עמי הספר המחזיקים בכתבי קודש שניתנו מפי אללה, ולכן אין להורגם אם לא יתאסלמו. אולם יש להענישם ולהשפילם על שלא קיבלו את האסלאם. בכלל זה עליהם לשלם מס גולגולת גבוה כל שנה תוך פעולת השפלה. כמו כן נאסר עליהם לרכוב על סוס, להחזיק חרב ולבנות בתים גבוהים מבתי המוסלמים, ולהחצין את אמונתם ודתם. אף שכעיקרון הנוצרים והיהודים במעמד שווה, יחס המוסלמים ליהודים קשה יותר, הואיל ולדעתם הם מרדו באללה ורצונו שייענשו.[4]
לפי החוק המוסלמי, כל זמן שהיהודים משלמים את מיסיהם ומקבלים את מעמדם השפל, אין להורגם ולבזוז את רכושם. אולם בפועל, מעת לעת, בעקבות התפרצויות של קנאות דתית, אירעו בכל המרחב המוסלמי מקרים רבים של רדיפות קשות כנגד היהודים, ובכללם רצח, שמד, חטיפת נשים וילדים ובזיזת רכוש. בהשוואה לחיי היהודים במדינות הנוצריות, תחת האסלאם אירעו פחות התפרצויות אלימות, שכן באסלאם החוק במעמד עליון, ולכן מצד אחד הקפידו יותר על השפלת היהודים ודיכויים, ומאידך, היו פחות מקרים של התפרצויות אלימות. ואילו בחברה הנוצרית, למרות שהחוק הנוצרי קובע שאין להרוג ביהודים ולהכריחם להמיר את דתם, כיוון שהחוק פחות חשוב, מצד אחד היו הרבה יותר מקרים של התפרצויות קשות של רצח וביזה, ומאידך, גם היו זמנים רבים יותר שבהם איפשרו ליהודים להתבסס, ולתרום מכישרונם לפיתוחה של יבשת אירופה מבחינה כלכלית ומדעית. כך יצא שבסיכום כולל, למרות שבארצות הנוצרים היו יותר רדיפות ופרעות, היהודים שבהן התרבו והתעשרו יותר מאשר היהודים שתחת שלטון הדיכוי וההשפלה בארצות האסלאם.[5]
אחר הכל, בארצות המוסלמים סבלו היהודים במשך דורות רבים מדיכוי והשפלה, ולעיתים מפרעות ורצח, עד שנדמה היה כי אין עוד תקווה לישראל. בעקבות זאת היו יהודים שלא עמדו בניסיון והתאסלמו. אולם רבים המשיכו להאמין בה' אלוהי אבותיהם שלא הפר את בריתו איתם, והאמינו שכל ייסוריהם הם ייסורים של אהבה, כדי לזככם ולעוררם להתחזק בתורה ובמצוות. בכל בוקר וערב זכרו את יציאת מצרים ואת הניסים שעשה ה' לישראל, ומתוך כך התפללו על הגאולה ועל קיבוץ הגלויות, על בניין ירושלים והחזרת מלכות בית דוד. ובבכייה התפללו והתוודו: "בּוֹשְׁנוּ מִכָּל גּוֹי. גָּלָה מִמֶּנּוּ מָשׂוֹשׂ. דָּוֶה לִבֵּנוּ בַּחֲטָאֵינוּ… זְבוּל מִקְדָּשֵׁנוּ חָרֵב בַּעֲוֹנֵינוּ, טִירָתֵנוּ הָיְתָה לְשַׁמָּה, יְפִי אַדְמָתֵנוּ לְזָרִים, כֹּחֵנוּ לְנָכְרִים". "תָּמַהְנוּ מֵרָעוֹת, תָּשַׁשׁ כֹּחֵנוּ מִצָּרוֹת, שַׁחְנוּ עַד לִמְאֹד, שָׁפַלְנוּ עַד עָפָר…". "יָ-הּ שְׁמַע אֶבְיונֶיךָ הַמְחַלִּים פָּנֶיךָ, אָבִינוּ לְבָנֶיךָ אַל תַּעְלֵם אָזְנֶיךָ". "אָבִינוּ אָב הָרַחְמָן, הַרְאֵנוּ אוֹת לְטוֹבָה וְקַבֵּץ נְפוּצוֹתֵינוּ מֵאַרְבַּע כַּנְפוֹת הָאָרֶץ. יַכִּירוּ וְיֵדְעוּ כָּל הַגּוֹיִם כִּי אַתָּה ה' אָבִינוּ אָתָּה… הַבֵּט נָא וְהושִׁיעָה נָּא צֹאן מַרְעִיתֶךָ" (מתוך תפילות התחנון והסליחות).
[5]. נזכיר חלק מהפרעות שעברו על היהודים תחת שלטון האסלאם: כבר בימי מוחמד, בעקבות סירוב היהודים להצטרף לאסלאם, המוסלמים שדדו ורצחו יהודים רבים. בשנת ד'תשצ"ג (1033), נרצחו בפאס שבמרוקו למעלה מ-6,000 יהודים. בט' טבת ד'תתכ"ז (1066), נרצחו למעלה מ-4,000 יהודי קהילת גרָנָדָה, ובראשם ר' יהוסף הנגיד יועץ המלך. משנת ד'תתצ"ב (1132), החלה תנועת אל-מֻוַואחִידוּן לשלוט בצפון אפריקה ובספרד המוסלמית למשך קרוב למאה שנה, הם הניחו בפני היהודים בחירה בין מוות, התאסלמות או גירוש. בעקבות גזירותיהם נחרבו הקהילות היהודיות הרבות והחשובות שתחת שלטונם. במסגרת זו גם נרצחו יהודים רבים, ולא מעט התאסלמו בכפייה. בשנת ה'רכ"ה (1465), נרצחו אלפי יהודי פאס, רק 11 שרדו. בשל"ו (1576), רצחו ובזזו ביהודי מראקש ולבסוף גירשו את כולם. עוד היו פרעות וגירושים רבים בקהילות מרוקו. בעת החדשה, כאשר היה חסר כסף לשלם לחיילים, היו מארגנים פרעות ביהודים ובביזה שילמו לחיילים. המפורסמת שבהן 'התריתל' בתרע"ב (1912), בפאס. גם בתימן היו רדיפות רבות, החמורה שבהן בשנת ת"מ (1680), 'גירוש מַוְזַע', במסגרתו היו צריכים לבחור בין התאסלמות או גירוש, בעקבות סירובם של רובם המוחלט של היהודים להתאסלם, גורשו מעריהם לאיזור שומם. יש מעריכים שבעקבות זאת נספו כשני שליש מיהודי תימן. כמו כן בעת החדשה היו שתי תקופות שבהן נקבע חוק שיתומים ויתומות קטנים יאוסלמו בכפייה. בפרס, תחת רדיפות ורצח אוסלמו בכפייה יהודי אספהאן וחיו כאנוסים בין השנים שפ"ב-שפ"ט (1622-1629), ושוב בתט"ו (1655), כפו את יהודי אספהאן ואחריהם את יהודי כאשאן והמאדן, להתאסלם תוך הריסת בתי הכנסת. באותו זמן יהודי שיראז גורשו מעירם למדבר. הפרעות לוו ברציחות ועינויים של רבנים וזקנים, ילדים ונשים, ובתוך כך רבו הסיפורים על קידוש השם. בשנת תקצ"ט (1839), תחת פרעות של רצח, אולצו יהודי משהד להתאסלם, חלקם ברחו ורובם חיו כאנוסים במשך כמה דורות. ככלל, לפני כחמש מאות שנה נעשו הפרסים שיעים, ומאז סבלו יהודי פרס מרדיפות והשפלות. במקביל, ברחבי המזרח התיכון תחת שלטון האימפריה העות'מאנית, החוקים נשמרו יותר ובעקבות זאת הפרעות פחתו.