בעת התפילה ישראל פונים אל ה' אלוהי אבותיהם באופן עמוק ואישי, ועל כן ראוי שהתפילה תתקיים בקהל ישראל בלבד, ובבית המיוחד לכך, בבית הכנסת. וכאשר אדם מישראל צריך להתפלל ביחיד, ראוי שיקיים את תפילתו בחשאי ובצנעה כפי שראוי לקשר עמוק ואישי שבין ישראל לה', שנמשל לקשר שבין איש ואשתו. כיוצא בזה אמרו חכמים שהמחצין את תפילתו במקום פתוח וגלוי – נחשב חצוף (עי' ברכות לד, ב; פנה"ל תפילה ג, ח).
לכן לכתחילה ראוי שלא ייכנסו נוכרים לבית הכנסת בשעת התפילה. בנוסף, כניסת נוכרים שאינם שותפים לתפילה עלולה להפריע לכוונת המתפללים בבית הכנסת (ראו שו"ע או"ח צ, כג). אמנם כשיש בכך צורך, כגון כדי ללוות חולה או כדי לטפל במערכת החשמל של בית הכנסת, אפשר שייכנסו, וכפי שנהגו מדורי דורות (בית אב"י ד, מב).
כאשר מתוך כבוד ורצון להתקרב לה' אלוהי ישראל, נוכרים מבקשים להיכנס לבית הכנסת או לראות את ספרי התורה, רצוי להיענות להם. וכשם שבבית המקדש היו מקבלים קורבן מנוכרי אפילו אם הוא היה עובד עבודה זרה, כך נכון להיענות לכל נוכרי שרוצה להתקרב לאלוהי ישראל. אמנם כאשר נוכרים רוצים להיכנס לבית כנסת ולראות את ספרי התורה מתוך סקרנות בלבד, נכון להימנע מכך, כי בית הכנסת הוא מקום מיוחד לקשר שבין ישראל לה', ואין ראוי לחושפו בפני זרים. אך אם תיגרם מכך אי-נעימות, וקל וחומר אם עלולה להתפתח איבה, אין למנוע מהם להיכנס לבית הכנסת.[11]
בשעת הצורך, כדי להרבות שלום ואמונה בה', מותר לקיים תפילות משותפות עם בני דתות שונות, וכן נהגו רבנים מנהיגי ציבור רבים, ומהם הרבנים הראשיים לישראל. אולם יש להקפיד שהפנייה בתפילה תהיה לה' בלבד, בלא להזכיר שום אליל או איש. כמו כן, אסור להיכנס לשם כך לבית פולחן של דת זרה. אולם כיוון שעניין זה מורכב, ויש צורך לשמור על האיזון בין הערכים השונים, בכל מקום ומקום האחריות להסכמה לתפילה משותפת נתונה לרבני המקום והקהילה, והם שצריכים להכריע בין ערך השלום בין העמים וחיזוק האמונה הכללית לבין ערך שמירת ייחוד אמונת ישראל ומניעת התבוללות.[12]
[12]. באג"מ או"ח ב, כב, כתב שאין איסור בתפילה משותפת עם גויים בעלי אמונה שונה, כאשר מתפללים בנוסח כללי שכל אחד יכול לפרש לאמונתו. אך אם הנוסח חוּבר על ידי כמרים – אסור, כי כוונת חיבורו לאמונתם, אבל אם יזכיר היהודי שם אלוהי ישראל, מותר, כי בכך ניכר שתפילתו לה'. וכ"כ על פיו במראה הבזק ג, קיב, שמותר לקיים תפילות משותפות. בפועל, במקומות שונים השתתפו רבנים רשמיים בתפילות משותפות, וכן נהגו הרבנים הראשיים לישראל. כמו כן, משמע שהרבי מלובביץ' תמך בקיום תפילה קצרה בתחילת יום הלימודים בבתי הספר הציבוריים בארה"ב, עבור הילדים היהודים הלומדים שם, והצטער על ביטולה בעקבות עתירה לבית המשפט העליון, על פי עיקרון הפרדת הדת מהמדינה (ראו מנחת אליהו ח"א עמ' 161; תקנות הרבי עמ' 217).