אולם ישנו חיסרון בהנהגת הטבע, שהיא עלולה להשכיח את שם ה', וכדי לתקן חיסרון זה נועדו הניסים. ניתן לתאר את החיסרון שבהנהגת הטבע בשלושה אופנים:
האחד, חוקי הטבע שעל פיהם העולם מתנהל נראים לאדם מסודרים ואיתנים עד שכביכול כוחם מעצמם ואין להם בורא שבראם. וכאשר הסדרים מתמוטטים, על ידי ניסים שפורצים את חוקי הטבע, כמו גם התפרצות של איתני הטבע, כברקים ורעמים, רעידת אדמה ושריפה – האמונה שיש מי שברא את העולם חוזרת ועולה לתודעתו (ראו ברכות נט, ב).
השני, גם כאשר האדם זוכר שיש בורא לעולם, החכמה והעוצמה שבחוקי הטבע עלולים לגרום לו לחשוב שמעת הבריאה הטבע מתנהל לעצמו בלא שה' ממשיך להחיות אותו ולהשגיח עליו. המשמעות העולה מתודעה כזו, שהאדם צריך להילחם על הישרדותו כשהוא כלוא בתוך חוקי הטבע ובתוך היצרים הגסים השולטים בו, בלא יכולת לשנות את עצמו ואת העולם לטובה. לפיכך, פורץ ה' לעיתים את גבולות הטבע ומחולל ניסים ומלמד את בני האדם שהוא זה שמקיים את חוקי הטבע, כדי להשפיע דרכם את אורו וטובו לבני האדם. מתוך כך יכול האדם להבין שתפקידו ללכת בדרכי ה', ולגלות את הצפונות שבחוקי הטבע ולהשתמש בהם לטובה, וככל שיגלה אותם, יוכל להפוך את העולם לטוב יותר.
השלישי, גם צדיקים שזוכרים תמיד שה' ברא את העולם ומנהיגו, עלולים לשכוח שהטבע שבו הם חיים אינו מושלם. הם מתרגלים לעובדה שההנהגה האלוהית נסתרת מהעולם, ופעמים רבות רע לצדיק וטוב לרשע, ובתוך המסגרת הזאת הם מנסים לעשות את הטוב ביותר כפי הדרכת התורה. על ידי הניסים שבאים מעולם גבוה ומתוקן יותר שיתגלה בעתיד, אנו זוכרים את הכיסופים שלנו לתיקון העולם, ומסרבים להתפשר עם החסרונות והקלקולים, וחותרים ביתר שאת לגאולת העולם (עוד על כך להלן כא, א).
נמצא שהנס נועד לגלות ולפרסם שה' הוא מנהיג העולם כולו, וראוי לכל בני האדם ללכת בדרכיו. פירוש המילה 'נס' הוא פלא וגם דגל מתנוסס. הנס הפלאי הוא כמו דגל שמתרומם ומתנשא לגובה רב כדי שיראו אותו למרחקים, ועל ידו ידעו שה' מנהיג את העולם וכל הכוחות בידו. וכפי שנאמר (תהלים ס, ו): "נָתַתָּה לִּירֵאֶיךָ נֵּס לְהִתְנוֹסֵס מִפְּנֵי קֹשֶׁט סֶלָה", היינו נתן ה' ליראיו נס כדי לאמת ולקשט את דבריו. כיוצא בזה, גם משמעות המילה 'אות' היא סימן וגם מופת פלאי, שנאמר (שמות ד, יז): "וְאֶת הַמַּטֶּה הַזֶּה תִּקַּח בְּיָדֶךָ אֲשֶׁר תַּעֲשֶׂה בּוֹ אֶת הָאֹתֹת". שהאות הוא סימן להנהגה הכוללת של ה' בעולם.[2]
