המצוות צריכות להיעשות בדרך הטבע, וכפי שביאר הרמב"ן (במדבר א, מה), שעל כן צווה ה' את משה לספור את יוצאי הצבא בישראל לקראת מלחמת כיבוש הארץ, "כי התורה לא תסמוך על הנס שירדוף אחד אלף". לכן גם היו צריכים לשלוח מרגלים לקראת כיבוש הארץ, כי אין לסמוך על הנס אלא יש לקיים את המצווה כדרך הטבע (רמב"ן במדבר יג, ב). כי הנס נעשה כדי להודיע את הנהגת ה' בעולם, כפי שהיה ביציאת מצרים ומתן תורה, או לשם הצלת ישראל כאשר אין דרך אחרת. ורק מצווה אחת ישנה שבה התורה סומכת על הנס, והיא מצוות בדיקת הסוטה על ידי המים המאררים (רמב"ן במדבר ה, כ), כדי ללמדנו את גודל ערך קדושת המשפחה. ואף בדיקה זו היתה מתקיימת בישראל רק בהיותם שומרים עצמם בקדושה ושרתה ביניהם השכינה, אבל מעת שרבו הנואפים, פסקו מי סוטה לבדוק את הנואפות (סוטה מז, א).
כיוצא בזה אמרו חכמים (משנה אבות ה, ה): "עשרה נסים נעשו לאבותינו בבית המקדש". ומהם שלא הסריח בשר הקודש מעולם. אף על פי כן לא הכינו שולחנות זהב או כסף להנחת הבשר שמא יסריח אלא הכינו לכך שולחנות של שיש (משנה תמיד ג, ה; רמב"ם, רע"ב). נס נוסף שהיה במקדש, שלא ראה כהן גדול קרי בליל יום הכיפורים, אולם התאמצו מאוד להשאירו ער כל הלילה, כי אין סומכים על הנס (ירושלמי יומא א, ד). עוד אמרו שעל ידי נס לחם הפנים נותר חם וטרי לאחר שבוע (יומא כא, א), אך טרחו להניחו באופן שמונע את עיפושו (ירושלמי שקלים ו, ג). על עצם העניין שהיו בבית המקדש עשרה ניסים, ביאר המהר"ל (דרך חיים שם), שהואיל ובית המקדש הוא קדוש ומובדל מהטבע, הכרח הוא שיהיו בו ניסים.
אף הניסים הגדולים, שנועדו לגלות את דבר ה' בעולם, הקפיד ה' שיתרחשו לאחר התעוררות של ישראל, כדי שיהיו שותפים בהוצאתם לפועל, ולא יטעו לחשוב שאין ערך למעשיהם. לכן יציאת מצרים התקיימה לאחר שישראל הסכימו לזבוח לה' את אלילי מצרים. וכן אמרו חכמים שקריעת ים סוף התרחשה אחר שנחשון בן עמינדב החל להיכנס לים (סוטה לז, א). וכן מתן תורה היה אחרי שישראל אמרו: "כֹּל אֲשֶׁר דִּבֶּר ה' נַעֲשֶׂה" (שמות יט, ח).
גם בתפילה מתפללים על דברים שיכולים להגיע בדרך הטבע ולא מבקשים ניסים. לכן, גם כאשר נצרכו מאוד למים קבעו תענית לתפילה על הגשמים בזמן שיש עוד סיכוי שירדו, עד חצי חודש לפני חג השבועות, ולא לאחר מכן, כי אז ירידת הגשמים היא בדרך נס, ואין מתפללים "על מעשה ניסים" (ירושלמי תענית ג, ב). וכן בכל העניינים שהאדם נצרך, לא יתפלל שיעשה לו ה' נס שלא כדרך הטבע (ספר חסידים תשצד, גבורת ארי תענית יט, א).[9]
אף נח הצטווה להכין תיבה גדולה להצלת כל החיות, אולם רק בנס התיבה הספיקה לכולם, אלא שהיה צריך להשתדל כפי יכולתו, כדי למעט ככל האפשר בנס (רמב"ן בראשית ו, יט). כמו כן אמרו חכמים (סוטה יב, ב), שהאריך ה' את אמתה של בת פרעה כדי שתוכל להושיע את משה, אך זה היה אחר שהושיטה את ידה לכך. ואף בניסים שנעשו על ידי משה ואהרן, היו צריכים לעשות מעשה תחילה. כך בהשלכת המטה שנהפך לתנין (שמות ז, י), ובמכת דם (שם ז, יט), ובמכת צפרדע (ח, ב), ובמכת כינים (ח, יג), ובמכת שחין (ט, י), ובמכת ברד, (ט, כג), ובמכת ארבה (י, יג), ובמכת חושך (י, כב). וכן בקריעת ים סוף (יד, כא-כז), והשלכת העץ להמתיק את המים המרים (טו, כה), ובהוצאת המים ברפידים (שם יז, ו). וכן החייאת הילד על ידי אלישע (מלכים ב', ד, לד), התקיימה אחר השתדלותו, וכפי שכתב רד"ק שם: "וַיָּשֶׂם פִּיו עַל פִּיו… ואפשר גם כן להנשים על הנער לחממו בחום הטבעי היוצא מפיו ומעיניו, כי רוב הנסים נעשים עם מעט תחבולה מדרך העולם". וכך ביאר בהחייאת הילד ע"י אליהו (מלכים א, יז, כא).
