גדולה תשובה שמועילה לכל העבירות שבתורה, והשב בתשובה נחשב כנולד מחדש בלא העבירות שהיו בידו. אמנם התשובה אינה מועילה לפטור אדם מעונשי בית דין, אבל היא מועילה לדין שמיים, לשנות את מעמדו הפנימי של האדם ממצב של חוטא שרחוק מה', למצב של בעל תשובה שרצוי ואהוב אצל ה'. ככל שהתשובה היא על חטאים חמורים יותר, כך היא צריכה להיות עמוקה ומטלטלת יותר, כדי שיהיה ברור שבעל התשובה אכן התחרט על חטאיו וקיבל על עצמו להתחיל לנהוג כיהודי כשר.
לפיכך, עוד מתקופת הגאונים נהגו להלקות את המומרים שחזרו ליהדותם, כדי שיזכו על ידי כך לכפרה, ומתוך כך יוכלו לחזור בתשובה באמת (רב עמרם גאון, טור בשם גאון, רשב"א, שו"ע רסז, ח). לאחר הגזירות הנוראות על יהדות ספרד, שנמשכו מעל מאה שנה, ובעקבותיהן מאות אלפי יהודים המירו דתם תחת איומי רצח וגירוש, היו יהודים שהצליחו לברוח מספרד וביקשו לחזור ליהדותם. כדי לסייע להם לשוב לישראל, רצו רבי יעקב בירב ורבי יוסף קארו, יחד עם עוד רבים מחכמי צפת, לחדש את ה'סמיכה' שנסמכו בה חכמי הסנהדרין מתקופת משה רבנו, ובטלה כאשר הארץ נחרבה. וזאת כדי שכפרתם של האנוסים השבים תהיה שלמה, אחר שהמלקות שיקבלו יהיו בתוקף של בית דין מוסמך, ויועילו לפוטרם מעונשי כרת. אולם רבי לוי בן חביב, רבה של הקהילה בירושלים, התנגד לחידוש הסמיכה, ובין השאר טען שאין צורך בדיינים סמוכים כדי להלקות את השבים ליהדות, אלא די להלקותם על ידי בית דין רגיל (שו"ת מהרלב"ח קונטרס הסמיכה). ויש אומרים, שהמומרים השבים יכולים לתת דמים לצדקה במקום המלקות, כי גדולה צדקה שמצילה ממוות. וכיוון שהרבנים לא רצו להכביד על תשובת המומרים, ככל שעברו השנים כך הוראה זו הפכה למקובלת יותר.
רבים הורו למומר ששב ליהדות לטבול במקווה, מפני שבחזרתו לישראל הוא דומה לגר שנולד מחדש, ועל כן הוא צריך לטבול כדי לשוב ולהיכנס לישראל. מנגד, יש אומרים שרק גר צריך לטבול כדי להיכנס לישראל, אך אדם מישראל, "אף על פי שחטא – ישראל הוא" (סנהדרין מד, א), ולכן אינו צריך לטבול.
כמו כן, יש אומרים שמומר ששב ליהדות צריך לחדש את הברית עם ה' ועם ישראל, ולשם כך עליו לשוב ולקבל את התורה והמצוות בפני בית דין. קבלה זו נקראת 'קבלת דברי חברוּת', כדי שמכאן ואילך יוכלו לסמוך עליו כיהודי כשר. מנגד, יש אומרים שרק גר צריך לקבל עליו תורה ומצוות בפני בית דין, אבל יהודי עבריין נשאר תמיד חייב במצוות, לפיכך עליו לשוב בתשובה אך אין צורך שיקבל מחדש את התורה והמצוות.[12]
מנגד, לדעת רבים השבים ליהדות צריכים לטבול. כ"כ ריטב"א (יבמות מז, ב), שמומר לע"ז ששב בתשובה צריך טבילה מדרבנן "משום מעלה". והביאו נימוק"י (יבמות טז, ב). וכ"כ ריקנאטי סז, בשם רבנו שמחה. וכ"כ רמ"א רסח, יב; מ"א שכו, ח, ועוד רבים. והעיד מהרש"ל ביש"ש יבמות ד, נב, שכך המנהג, "משום מעלה דרבנן". והביאוהו ב"ח (רסז, ח) וט"ז (שם ה), ואף הוסיפו בשמו שנוהגים להצריך את המומרים שעשו תשובה לגלח את שערם. וכ"כ תרוה"ד פו, שהמנהג הוא ש"אין מצרפין אותו לכל דבר שבקדושה עד שיגלח ויטבול". והביאו להלכה בית הלל יו"ד רסח, א.
מעמד 'קבלת חברות': רבים כתבו שעל המומר לקיים 'קבלת חברות', כלומר לשוב ולקבל בפני בית דין עול תורה ומצוות, כעין קבלת המצוות של הגר. כ"כ ריטב"א יבמות מז, ב; נימוק"י טז, ב, בדפי הרי"ף. והביאם רמ"א יו"ד רסח, יב. וכ"כ הגר"א רסח, לא, ועוד. ובתשובות הגאונים שערי צדק ח"ג ו, י, מובא שצריך לקבל עליו דברי חברות בפרהסיא (הובא בשו"ת הרשב"א ז, תיא). מנגד, יש אומרים שהואיל ו"בקל יש לנו לומר ששב אל בוראו", אין צורך לדרוש ממנו קבלת חברות. בנוסף, אין טעם לדרוש ממנו לקבל עליו את המצוות, כיוון שהוא מושבע ועומד על כך מהר סיני. וכ"כ הרשב"א (שו"ת המיוחסות לרמב"ן קפ), בשם רבינו משה גאון; אורחות חיים הל' יין נסך ז, בשם הרי"ט; שו"ת הרשב"ש פט, בשם 'רבני צרפת' לגבי בני אנוסי ספרד; והביאו הב"י בבד"ה יו"ד סו"ס רסח.
מלקות: רבים כתבו שהמומרים השבים ליהדות צריכים ללקות לכפרת עוונם, כמובא בתשובות הגאונים שערי צדק ח"ג ו, ח; ו, יא; רשב"א, טור ושו"ע הנ"ל, ועוד. אולם מנגד, כתבו כמה ראשונים ואחרונים שאין להכביד על מומרים השבים ליהדותם בייסורים וסיגופים, הן מפני שמוכח שתשובתם שלמה, שהסכימו לשם כך לוותר על החיים הנוחים מבחינה חומרית בין הנוכרים ובחרו לשוב להיות נרדפים בגלות. והן כדי שלא לגרום להם להירתע מלשוב. כ"כ רשב"א (שו"ת המיוחסות לרמב"ן קפ), בשם ריצב"א ורבי אליעזר מגרמיזא; תרוה"ד קצח בשם סמ"ג; בנימין זאב עב, ועוד. בנוסף, כבר בשו"ת מהר"י ווייל קמז, כתב לעניין מי שתשובתו כוללת ארבעים מלקות, שניתן לתת ארבעים זהובים לצדקה במקומן. וכ"כ רמ"א חו"מ ב, א, בשמו, ש"מי שנתחייב מלקות, יתן ארבעים זהובים במקום מלקות". אולם הוסיף: "ולאו דינא קאמר, אלא שהם פסקו כך לפי שעה. אבל ביד הבית דין להלקותו או ליטול ממון כפי ראות עיניהם, לפי הענין למגדר מלתא". וביש"ש ב"ק ח, מט, כתב "בשם גדולים" שניתן לפדות את המלקות על הוצאת שם רע בחמישה 'זהובים-ריינוס', ובשו"ת מהרש"ל קא, כתב לתת שמונה זהובים-ריינוס (ועי' חת"ס ה, קפא, שדן בדבר). בשו"ת נחלת שבעה סו, הביא את המנהגים השונים, וכתב "שאין לקבוע מנהג על זה, כי העשיר לפי עושרו – הכל לפי מה שהוא אדם, והעני לפי עניו".
