אסור להשתמש בפסוקי התורה כסגולה להתרפא על ידם, כגון לומר על פצע או מחלה את הפסוק (שמות טו, כו): "כָּל הַמַּחֲלָה אֲשֶׁר שַׂמְתִּי בְמִצְרַיִם לֹא אָשִׂים עָלֶיךָ כִּי אֲנִי ה' רֹפְאֶךָ" (שבועות טו, ב). כי התורה ניתנה לישראל כדי שילמדו אותה ויקיימו את מצוותיה, ולא כדי שיעשו אותה כלי שימוש לסגולות. אם בנוסף לכך היה בפסוק או בלחש אחד משמות ה', ורקק לפני אמירתו כדרך הלוחשים שנהגו לרקוק לפני אמירת הלחש, חטאו חמור יותר. וזה הנקרא 'לוחש על המכה' שאמרו חכמים שאין לו חלק לעולם הבא (סנהדרין צ, א; קא, א).
אבל לפני הופעת מחלה או סכנה, מותר לומר פסוקים לשמירה מפניהן, וכפי שאמרו חכמים (שבועות טו, ב), שמותר לומר פסוקים לשם הגנה מפני מזיקים ופגעים, וכדרך שרבים נוהגים לומר לפני השינה את המזמור (תהלים צא): "יֹשֵׁב בְּסֵתֶר עֶלְיוֹן בְּצֵל שַׁדַּי יִתְלוֹנָן". כי באמירת הפסוקים לפני הגעת המחלה או הצרה, יש תפילה כללית לה' שהכל בידו, אבל כאשר אומרים אותם אחר הגעת הצרה או המחלה, משתמשים בהם כלחש סגולי שמפעיל כוחות רוחניים שונים בלא פנייה ותפילה אל ה'.
האיסור להתרפא בדברי תורה הוא דווקא להשתמש בפסוקים מסוימים כלחש סגולי בלא פנייה אל ה' בתפילה, אבל מותר לומר פסוקים במסגרת תפילה לה', שירפא אותו מהמחלה או יציל אותו מהצרה. וכן נוהגים רבים לומר מזמורי תהילים בעת צרתם, שכן בפרקי תהילים כלולים כל סוגי התפילות והתהילות לה'. ויכול המתפלל לבחור פרקים שמבטאים את מצוקתו ותפילתו האישית.
כיוצא בזה, האיסור להתרפא בדברי תורה הוא דווקא כאשר משתמשים בדברי התורה בדרך סגולה. אבל הלומד תורה כדי להבין את דבר ה' והדרכתו, כיוון שהוא מתקשר בלימודו למקור החיים, באופן טבעי הוא ממשיך בכך לעצמו ברכה, ומותר לו לכוון ולייחל שעל ידי מצוות תלמוד תורה תימשך לו גם רפואה או ישועה. וכפי שאמר רבי יהושע בן לוי (עירובין נד, א): "המהלך בדרך ואין עמו לוייה – יעסוק בתורה… חש בראשו – יעסוק בתורה… חש בגרונו – יעסוק בתורה… חש במעיו – יעסוק בתורה… חש בעצמותיו – יעסוק בתורה… חש בכל גופו – יעסוק בתורה, שנאמר (משלי ד, כב): כִּי חַיִּים הֵם לְמֹצְאֵיהֶם וּלְכָל בְּשָׂרוֹ מַרְפֵּא". כלומר, כיוון שהלומד תורה מתקשר לה' מקור החיים, ועוסק בהדרכתו המסודרת לעולם, הוא ניצל על ידה מהסכנות והחוליים (מהר"ל, מהרש"א, תורת חיים). כיוצא בזה אמרו חכמים (ר"ה ד, א), שמותר לאדם שבנו חולה לתת צדקה כדי שבנו יחיה, ולא זו בלבד אלא שאמרו שהוא נחשב ל'צדיק גמור', שהואיל וכוונתו לקיים מצווה, וגם אם בנו לא יתרפא הוא לא יתחרט על הצדקה שנתן, אין איסור בכך שיבקש שזכות המצווה תועיל לרפואת בנו (רש"י שם; חדרי דעה קעט, ח).[5]
מדברי הראשונים והאחרונים עולה שטוב ורצוי לומר תהילים כתפילה על חולה. אמנם יש שלמדו מהרמב"ם ושו"ע שלדעתם אין לעשות כן (משנת יעקב ע"ז יא, יב). אולם יש להשיב, שהרמב"ם החמיר רק כאשר קוראים את הפסוקים כלחש סגולי, אבל מותר ואף מצווה לאומרם כתפילה ובקשת רחמים (עצי לבונה קעט, ח; ועי' ציץ אליעזר יז, ל).