במסגרת הגילויים המדעיים נדחו תפישות שהיו מקובלות על אנשי הדת כמו על שאר בני האדם. לדוגמה, היה מקובל לחשוב שהשמש סובבת סביב כדור הארץ, והתברר למדענים שכדור הארץ סובב סביב השמש. היה מקובל לחשוב שאין בעולם יצורים זעירים שאינם נראים, והתברר על ידי צפייה במיקרוסקופ שהם קיימים. מנגד, אנשי דת שונים ראו בערעור של המדענים על התפישות הישנות פגיעה בכבוד הדת, שכן לא ייתכן שהמדענים יודעים יותר מחכמי הדת הדגולים שחיו בעבר והסכימו למדע שהיה מקובל בימיהם. לא זו בלבד, אלא שלעיתים חכמי ישראל נעזרו במשלים מהמדע שהיה מקובל בימיהם כדי להסביר רעיונות רוחניים, וכאשר המדענים הפריכו את העמדות המדעיות הישנות, היו שראו בכך פגיעה בכבודם ובדברי תורתם, כי חשבו שגם המשלים הם תורה.
יתרה מזו, היה מקובל אצל חכמי ישראל שהעולם נברא לפני פחות מששת אלפים שנה, ואילו מדענים מתחום הגיאולוגיה והפיזיקה טענו שכדור הארץ קיים מיליארדי שנים. בנוסף, פותחו תיאוריות שונות אודות התפתחות הדרגתית, אבולוציונית, של האדם מבעלי חיים נמוכים כקוף, ואילו בתורה אין זכר לכך. כך נוצרה תחושה כאילו המדע עומד בסתירה לתורה.
ניתן כמובן לבאר, שאין סתירה בין התורה לתיאוריות המדעיות, שכן התורה מבארת את רעיון הבריאה ולא את תהליך הבריאה לפרטיו. לכן ששת הימים יכולים להתפרש כששה עידנים שנמשכים מיליארדי שנים. אפשר גם לבאר שתהליך הבריאה התרחש בהדרגה, כפי שמוסבר בתאוריית האבולוציה (אורות הקודש ב, תקלז). ואף חכמי ישראל אמרו ש'מעשה בראשית' הוא סוד, וממילא אין להיצמד לפירושו הפשטי. כמו כן ניתן לבאר שכוונת התורה לתאר את סדר גילוי האמונה לאדם, ולכן היא מתחילה בסיפור על אדם הראשון, שבו נפח ה' נשמה אלוהית, והוא היה הראשון שיכול לשמוע את קולו של ה' ולבחור אם לקיים את ציוויו. ואין זה שולל את האפשרות שאולי לפני כן התקיימו ברואים קדומים שמהם אדם הראשון התפתח.
אולם חכמי דת רבים, מישראל ומאומות העולם, ראו בערעור על המדע שהיה מקובל בעבר – פגיעה בחכמי הדת הגדולים. וכאשר עמדת המדענים סתרה תיאורים שכתובים לכאורה בתורה אודות בריאת העולם, היא נתפשה ככפירה גמורה. כך התפתחה בקרב חלק מהרבנים העמדה, שהמדע מסוכן לדת, ויש להילחם בו או לכל הפחות להחליש את מעמדו. לחיזוק עמדתם, דרשנים שונים החלו לקבץ מקרים שבהם מדענים טעו, מקרים שבהם פיתוחים מדעיים גרמו נזק, ומקרים שבהם 'כל הרופאים' אמרו שפלוני ימות, והוא התפלל ונרפא.
ואף שחכמי ישראל הגדולים למדו מדעים ועודדו את תלמידיהם ללומדם (שבת עה, א); והרמב"ם החשיב את מדעי הטבע כחלק מהחכמה הגדולה שנקראת 'מעשה בראשית' (רמב"ם בפהמ"ש חגיגה ב, א); והגר"א אמר שכפי שיחסרו לאדם ידיעות משאר חכמות, כך לעומת זה יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה, כי התורה והחכמה נצמדות יחד (פנה"ל ליקוטים א' א, טו). למרות זאת, מתוך חשש שמא לימודי המדע יביאו לכפירה, היו רבנים שנלחמו נגדם. כדי לחזק את עמדתם, קמו דרשנים שטענו שאין צורך ללמוד מדעים, הואיל וניתן ללמוד את כולם מתוך התורה. אולם בעזרת המדע המשיכו לפרוץ דרכים להעצמת יכולתו של האדם ליצור מכונות, להאיץ את החקלאות, לפתח את התעשייה, המסחר, אמצעי התובלה והתקשורת, ולצבור עושר לאין שיעור. וככל שנציגי הדת התעצמו ללחום במדע, גברה הביקורת על הדת.
