כאמור, למרות כל הביקורות הצודקות על תנועת ההשכלה, כיוון שמבקריה לא עמדו על האמת שבה, לא הצליחו למנוע את הסחף הגדול של המוני האדם שהצטרפו אליה ועזבו את הדת. ביאר מרן הרב קוק (מאמר הדור), שבכל הדורות עד העת החדשה, עוזבי התורה היו אלו שנמשכו אחר יצרם הרע, גנבו וגזלו, בגדו ונאפו. אולם עוזבי התורה של הדור החדש מאמינים בערכי האמת והטוב, ולעיתים אף מוכנים להקדיש את חייהם למען הגשמתם. הם מאמינים שהאדם יכול להתפתח ולהבין יותר, להיות מוסרי יותר, יצירתי יותר ומאושר יותר. אך לפי מה שהיו רגילים לשמוע, תפשו את הדת כמי שעוסקת בהקטנת האדם ובהפיכתו לצייתן ולא יוזם, ומתמקדת בהלכות פרטיות בלא הצבת חזון לתיקון העולם. לכן רבים מהם זנחו את הדת ונגררו אחר רעיונות ששבו את לבבם, בלא שהעלו על דעתם, שדווקא על ידי הדרכת התורה, ניתן היה להעצים את כל הרעיונות החדשים, לזקקם מהסיגים, ולהגשימם באופן הנכון והטוב ביותר.
לכן כתב הרב קוק, שלא ניתן להחזיר את הדור החדש בתשובה על ידי איומים בעונש בעולם הזה או בעולם הבא, ולדכא בכך את הרעיונות החדשים שמעוררים את מחשבתו ולבבו. מפני ש”גם אם ירצה להיות כפוף ושחוח” לא יוכל לעמוד בכך, כי זה נגד טבעו. “הוא לא יוכל לשוב מיראה”, היינו איומי עונש, “אבל מאוד מוכשר הוא לשוב מאהבה” אל החזון הגדול. לכן צריך לפנות אל בני הדור החדש מתוך הערכה לשאיפותיהם ורצונותיהם. “להם אנחנו צריכים ללמד תורת חיים ממקור החיים, דרכי מוסר מלאי אורה וצהלה, דברי חן ושכל טוב, מזוקקים ומצורפים… של אוצר החיים לתורת חיים”. “לא נעשוק ממנו את כל האור והטוב, את כל הזוהר והעוצמה שרכש לו, כי אם נרבה עליהם, נזריח עליהם, באור של חיים, באור אמת, המנהיר ממקור הנשמה הישראלית. ובנינו יביטו אליו וינהרו”. “לא נחפוץ לדכא תחת רגלינו, לא נאבה להגיש לנחושתיים את הכוחות הצעירים והרעננים, המסתערים ומתרוממים. כי אם נאיר לפניהם את הדרך, נתהלך לפניהם בעמוד אש של תורה ודעת קדושים כבירי כוח לב” (אדר היקר עמ’ קטו).
לשם כך לימוד התורה בדורות אלו צריך להיות מתוך מודעות לחזון הכללי של תיקון העולם שבתורה, ומתוך הבנה עמוקה שחזון גדול זה מתגלה על ידי כל כלליה ופרטיה של התורה (אורות התשובה ד, י). וכפי שביאר מרן הרב קוק שצריך לראות בהדרכת התורה כיצד “בתוך כל הפרטים יחד נמצאת הנשמה האלוהית של שכלול העולם, בחיים בחומר ורוח, בחברה וביחיד, וממילא נוקב האור ויורד גם כן בכל פרט ופרט” (אורות התורה ב, ב). על ידי כך לא זו בלבד שכל ההישגים של מדעי הטבע והרוח לא יפריעו לגילוי האמונה ויהיו לה למכשול, אלא יעצימו וירוממו את גילוי האמונה, וכפי שיבואר בהלכה יג.
כדי שתלמידי החכמים יוכלו לגלות את המאור שבתורה, עליהם להפסיק לפחד מרעיונות גדולים וחדשים. וכפי שכתב מרן הרב קוק (עקבי הצאן ‘הפחד’), שכדי לקלוט את האור הגדול שמתחיל להאיר באחרית הימים, בעקבתא דמשיחא, צריך להסיר את הפחד והחולשה שבהם לוקים במיוחד צדיקים וחסידים שחרדים לשמירת המסורת היקרה. “אז תקבע הגבורה במשבצת הקדושה, והמחשבה תפריח”.
למרות שמאז שכתב מרן הרב קוק את דבריו עברו כמה דורות, עדיין הערכים של תנועת ההשכלה הם הערכים שמכוננים את חיי החברה במדינות המפותחות, ועדיין רוב ישראל אינם שומרים תורה ומצוות כראוי, ויהודים רבים, מלאי רצון לעשות את העולם טוב יותר, סבורים שלא ימצאו בתורה מענה לשאיפתם.
