לדעת מרן הרב קוק אין להוציא מכלל ישראל את הכופרים בעיקרי האמונה בדורות האחרונים, וזאת על סמך שני יסודות מרכזיים.
האחד, רוב הכופרים בעת החדשה אינם עוזבים מבחירה, אלא הרי הם כאנוסים, הואיל ורוח הדור מקשה מאוד על האמונה (אגרות הראי”ה ח”א קלח, עמ’ קע-קעא). יסוד זה מוסכם על רוב ככל הרבנים, ורבים מהם ביססו אותו על הרחבת המושג “תינוק שנשבה בין הנוכרים” (שבת סח, ב), שאינו יודע את יסודות האמונה וההלכה, ולכן בעבירות שהוא עובר דינו כאנוס. וכעין מה שכתב הרמב”ם (הל’ ממרים ג, ב-ג) לגבי ילדי הקראים, שאין להרחיקם, למרות שהקראים כופרים בעיקר השמיני.[3]
היסוד השני עמוק יותר: פעמים רבות הכפירה נובעת מהסבר מוטעה ומקטין של האמונה, ואזי כפירתם מפני שהם מאמינים שיש אמת מדעית ומוסרית גדולה יותר, ולכן אינם יכולים לקבל אמונה בה’ שאינה מתעלה לאמת ולטוב שאליו הם שואפים. וכפי שכתב מרן הרב קוק: “ישנם הרבה אפיקורסים שהם כופרים לפי המדה של (גדרי) ההלכה, אבל כשנבין לחקר נפשם, נמצא בהם קישור לתוכן האלוהי בצורה נעלמה. ומטעם זה רבה היא מאד הנטיה כלפי זכות וחסד בדורותינו, אפילו לאלה הכופרים המוחלטים” (שמונה קבצים א, שכז).
יתרה מזו כתב הרב קוק: “יש כפירה שהיא כהודאה, והודאה שהיא ככפירה. כיצד? מודה אדם שהתורה היא מן השמים, אבל אותם השמים מצטיירים אצלו בצורות כל כך משונות, עד שלא נשאר בה מן האמונה האמיתית מאומה. וכפירה שהיא כהודאה כיצד? כופר אדם בתורה מן השמים, אבל כפירתו מיוסדת רק על אותה הקליטה שקלט מן הציור של צורת השמים אשר במוחות המלאים מחשבות הבל ותוהו”. אבל באמת הוא מאמין בערכי האמת והטוב, ומאמין שיש דרך חיים נכונה שהיא ‘התורה’ מבחינתו. ולכן “הוא אומר: התורה – יש לה מקור יותר נעלה מזה (שנציגי הדת מציגים), ומתחיל למצוא יסודה מגדולת רוח האדם, מעומק המוסר ורום החכמה שלו”. אמנם בפועל “עדיין לא הגיע בזה למרכז האמת”, אך “מכל מקום כפירה זו כהודאה (באמונה) היא חשובה, והיא הולכת ומתקרבת להודאת אמונת אומן”. לכן יחד עם הביקורת הצודקת על הכופרים, יש לדרוש ‘דור תהפוכות’ זה גם למעלה, שכפירתם מפני אמונתם באמת ובטוב שנתפשים בעיניהם כגבוהים יותר (שמונה קבצים א, תרלג). לפיכך, סיכם מרן הרב קוק למעשה, שאין להחשיב יהודים בעלי דעות כפרניות כיוצאים מדת ישראל, אלא רק מי שכפירתו הביאה אותו לעבודת אלילים או להמרת דת נחשב כמי שהוציא את עצמו מכלל ישראל.[4]
[4]. כתב מרן הרב קוק (שמונה קבצים א, ל-לא): “אע”פ שהטעות בדברים האלוהיים היא דבר מזיק עד מאד, מכל מקום אין עיקר ההיזק הנמשך מהמושגים המשובשים יוצא אל הפועל עד כדי להמית את בעליו מיתת נשמה, רק כשהוא מתגלם במעשים, או לפחות כשהוא יורד לתוך דעות ורגשות כאלה שסופן מוכרח להתגלות במעשים. אבל כל זמן שהדבר עומד בצורתו המופשטת, אין כאן עקירה עקרית. ובזה הננו קרובים לסברת הראב”ד, שהשיג על הרמב”ם במה שקרא למי שמאמין ההגשמה באלהות – מין; ונוכל להסכים שכל זמן שאדם המגשם לא יעשה לו פסל ותמונה, הרי לא גמר את מחשבתו, ונשארה היא עדיין בחוג הרוח, שלא תוכל להיות נכללת בשם עקירה ויציאה מן הדת”. כתב הרב קוק על דבריו שהובאו למעלה (שמונה קבצים א, תרלג), בביאורו לכך שיש כופרים בתורה מן השמיים אבל באמת הם מאמינים, שביאור זה הוא בניין אב ומשל “על כל כללי ופרטי האמונות”, שלעיתים ההתבטאות היא של כפירה אבל תמצית העמדה הפנימית היא של אמונה.
עוד כתב מרן הרב קוק, שרק מי שבוגד בכלל ישראל נחשב כמי שפרש מישראל, אבל להוציא מכלל ישראל פושעים וכופרים, ולטעון “שאין האומה כוללת כי אם את הטובים והצדיקים לבדם – הרי היא דרך המינות” (פרק בהלכות ציבור, מאמרי הראיה עמ’ 55-61, ראו שם). ובאגרת תקנה כתב, שהיוצא מכלל סגולת ישראל הוא רק מי שהגיע חס ושלום להיות “שונא את ישראל, ודורש רעה להם בפועל ובצפיית הלב, כמו המינים שמפרש הרמב”ם בהל’ תפילה שהיו מצירים לישראל”.
