טעם המצווה, שיש בהנהגה האלוקית שתי מדרגות: הנהגת המשפט כנגד ייחוד תחתון, והנהגת הייחוד כנגד ייחוד עליון (עי' לעיל ז, יב; ו, ד). הנהגת המשפט היא ההנהגה הגלויה על פי חוקי השכר והעונש שטבע ה' בעולם, חוקים שעל פיהם פועלים עולם הטבע ועולם הרוח. וכשם שמי שמתרשל בפרנסתו נעשה עני, כך כאשר הציבור או היחיד בוחרים ברע הם נענשים בעולם הזה ובעולם הבא. לפי חוקים אלה, נראה לכאורה שאין תקנה לבני האדם, הואיל וככלל הם נוטים ללכת אחר יצר הרע. וגם אם ישנם צדיקים, ההנהגה והשלטון נתונים בדרך כלל בידי רודפי שררה ובצע, שהולכים אחר יצרם הרע, ועל כן אין סיכוי שהעולם ייגאל מייסוריו, והמוות שמכלה את כל הברואים יכלה לבסוף גם את העולם.
אולם ישנה הנהגה עליונה נסתרת, והיא הנהגת הייחוד, שעל פיה ה' מסובב את כל המהלכים שבעולם לטובה, כך שגם מכוונתם הרעה ומעשיהם הרעים של הרשעים והשליטים, תצמח לבסוף טובה. הנהגה זו מתקיימת בעולם בזכות ישראל שקשורים בברית נצח לה', ורצונם הפנימי מכוון תמיד לתיקונו של עולם. על פי הנהגה זו נאמר בתורה ובנביאים, שהגאולה מובטחת. אמנם כיוון שהנהגת הייחוד הנסתרת פועלת דרך הנהגת המשפט, הדרך שבה הגאולה תבוא תלויה בבחירתם של ישראל. אם יבחרו בטוב תבוא במהרה ובנחת, ואם ח"ו יבחרו ברע, תבוא מאוחר ותוך ייסורים קשים ונוראים.
הנהגת הייחוד היא נסתרת, ומתגלה ב'קודש הקודשים', במקום שהוא מעל המקומות, שעצם קיומו בעולם הגשמי הוא נס. ועל כן אסור לאדם להיכנס אליו. לא זו בלבד, אלא שהניסיון להעפיל אליו מסוכן, מפני שהמתקשר אל מדרגה עליונה זו, עלול לחשוב שהואיל וממילא הכל לטובה, אין צורך להתאמץ לבחור בטוב ולהתגבר על היצר הרע, ומתוך האור הגדול מדי של קודש הקודשים, ימצא צידוק ללכת אחר יצריו, ועוד יטען שהכל לטובה ולשם שמיים.
ורק עם ישראל ככלל מסוגל להתקשר להנהגת הייחוד, כי על ידו הנהגת הייחוד פועלת בעולם, בכך שמתוך כל הצרות והייסורים הוא צומח ומגלה יסודות נוספים בתורה. אולם גם זה סוד נסתר שהולך ומתגלה לאחר דורות רבים, ולכן רק ביום הקדוש והנורא, שבו כל ישראל שובתים ממלאכה ופורשים מכל ענייני העולם הזה, מאכילה ושתייה, רחיצה, סיכה, נעילת הסנדל ותשמיש המיטה, יכול הכהן הגדול להתעלות ולהיכנס בשם כלל ישראל לקודש הקודשים, ולהמשיך משם טהרה וכפרה לכלל ישראל מהטומאה החיצונית שדבקה בו. ומתוך כך יכול כל יחיד ויחיד לשוב בתשובה שלימה על חטאיו, ועל ידי כך זוכים כל ישראל לשנה טובה, והעולם הולך ומתקדם אל גאולתו.
כשבית המקדש חרב, כל המעלות הללו מתקיימות באופן מצומצם על ידי קדושת היום, ועל ידי הצום והתפילות.[1]
במשכני עליון לרמח"ל כתב על קודש הקודשים שהוא "מקום האורה העצומה והברכה הרבה". ומידותיו "מתפשטות מן הראש אל הסוף ומן הסוף אל הראש, נמצא עשרים לכאן ועשרים לכאן, נמצאת מידת ההיכל הזה עשרים על עשרים. וכלם הם 'ם' אחת סתומה, והיא שיעור מקוה". והרמז לזה בדברי ר' עקיבא במשנה (יומא פה, ב): "אשריכם ישראל, לפני מי אתם מטהרין, מי מטהר אתכם – אביכם שבשמים, שנאמר… (ירמיהו יז, יג) מִקְוֵה יִשְׂרָאֵל ה', מה מקוה מטהר את הטמאים – אף הקב"ה מטהר את ישראל". וגם לאחר החורבן, עיצומו של יום הוא בבחינת קודש הקודשים, והתענית והתפילות הם בבחינת קודש.
