בצמוד לקרבנות התמיד שהיו מקריבים בכל יום על המזבח החיצון, אחד בבוקר ואחד בין הערביים, היו הכהנים מקטירים קטורת על המזבח הפנימי, פעם בבוקר ופעם בין הערביים. קרבן התמיד נועד לבטא את הקשר הגלוי שבין ישראל לה', ועל כן היו מזים את דמו ומעלים את איבריו על המזבח החיצוני הגלוי לכל, ובכך היו מקשרים את כל הברואים בצידם המוחשי אל ה'. הקטורת באה לבטא את הקשר הפנימי העמוק שבין ישראל לה', ועל כן היתה רוחנית דקה לבטא את קשר הנשמות לה', והיו מקטירים אותה על המזבח הפנימי שבתוך המקדש.
אחד עשר סממנים היו בקטורת, והיו שוחקים את כולם היטב היטב, כדי לאחדם לגמרי, שעל ידי כך ריחם הטוב היה עולה יפה. והרמז בזה, שעל ידי האיחוד הגמור של כל הכוחות שבישראל למען מטרה קדושה – נעשה העולם מתוקן. עשרה סממנים היו בה כנגד עשר מדרגות הקדושה, שבהם נברא העולם. ועוד סממן אחד מרכזי היה בקטורת, הוא החלבנה שריחו היה רע, כנגד הצדדים השליליים שבעולם. אולם לאחר שהיה נשחק ומתערב יחד עם שאר סממני הקטורת, לא זו בלבד שלא קלקל את הקטורת אלא שהיה משביח את ריחה. ללמדנו, שכאשר כל הכוחות שבישראל מתאחדים למען מטרה קדושה, מתגלה סגולתם הפנימית של פושעי ישראל, ואף הם מצטרפים ומועילים לתיקון העולם (עי' עולת ראיה ח"א עמ' קלו-קלח).
ביום הכיפורים נוספה לכהן הגדול מצווה מיוחדת, להקטיר בשם כל ישראל מלא חופניו קטורת בקודש הקודשים, ורק בזכות המצווה היקרה הזו היה רשאי להיכנס לקדש הקודשים. שנאמר (ויקרא טז, ב): "וַיֹּאמֶר ה' אֶל מֹשֶׁה: דַּבֵּר אֶל אַהֲרֹן אָחִיךָ, וְאַל יָבֹא בְכָל עֵת אֶל הַקֹּדֶשׁ מִבֵּית לַפָּרֹכֶת אֶל פְּנֵי הַכַּפֹּרֶת אֲשֶׁר עַל הָאָרֹן וְלֹא יָמוּת, כִּי בֶּעָנָן אֵרָאֶה עַל הַכַּפֹּרֶת". רק לאחר העלאת הקטורת בקודש הקודשים היה רשאי להביא את דם הפר ודם השעיר ולהזותו אל מול הכפורת, לכפר על קדשי ישראל.
כדי להבין את משמעות ענן הקטורת, צריך לדעת שכך הוא סדר הגילוי האלוקי לישראל – בעב הענן, שנאמר (שמות כד, טו-טז): "וַיְכַס הֶעָנָן אֶת הָהָר. וַיִּשְׁכֹּן כְּבוֹד ה' עַל הַר סִינַי וַיְכַסֵּהוּ הֶעָנָן שֵׁשֶׁת יָמִים, וַיִּקְרָא אֶל מֹשֶׁה בַּיּוֹם הַשְּׁבִיעִי מִתּוֹךְ הֶעָנָן". הענן מבטא גילוי אלוקי עליון ונשגב שמעבר לתפישה האנושית, ומתוך הענן והערפל יכול האדם לקלוט ולהבין את העניין האלוקי בהדרגה כפי כוחו. וכן נאמר לאחר גמר הקמת המשכן (שמות מ, לד-לה): "וַיְכַס הֶעָנָן אֶת אֹהֶל מוֹעֵד וּכְבוֹד ה' מָלֵא אֶת הַמִּשְׁכָּן. וְלֹא יָכֹל מֹשֶׁה לָבוֹא אֶל אֹהֶל מוֹעֵד, כִּי שָׁכַן עָלָיו הֶעָנָן וּכְבוֹד ה' מָלֵא אֶת הַמִּשְׁכָּן". בתחילה הגילוי עליון ונשגב עד שאין אדם יכול לעמוד בפניו, ורק לאחר מכן מתוך הענן והערפל יתגלה העניין האלוקי בהדרגה כפי כוחם של הכהנים. וכן מצינו בעת הקמת בית המקדש הראשון (מלכים א' ח, ו-יא): "וַיָּבִאוּ הַכֹּהֲנִים אֶת אֲרוֹן בְּרִית ה' אֶל מְקוֹמוֹ אֶל דְּבִיר הַבַּיִת אֶל קֹדֶשׁ הַקֳּדָשִׁים אֶל תַּחַת כַּנְפֵי הַכְּרוּבִים… וַיְהִי בְּצֵאת הַכֹּהֲנִים מִן הַקֹּדֶשׁ וְהֶעָנָן מָלֵא אֶת בֵּית ה'. וְלֹא יָכְלוּ הַכֹּהֲנִים לַעֲמֹד לְשָׁרֵת מִפְּנֵי הֶעָנָן כִּי מָלֵא כְבוֹד ה' אֶת בֵּית ה'".
הקטורת שהקטיר הכהן הגדול ביום הכיפורים בקודש הקודשים, ביטאה את ההתקשרות של כל ישראל אל האמונה השלימה, שיסודה במה שמעבר לכל השגה, ותחילת גילויה כמוס ונסתר בעב הענן, ומתוך הערפל היא הולכת ומתבהרת בהדרגה כפי יכולת הקליטה שלנו. מתוך ההכרה הזו יכול היה הכהן הגדול להיכנס לקודש הקודשים לכפר על ישראל.
