בתפילת המוסף מזכיר שליח הציבור את סדר עבודת יום הכיפורים (שו"ע תרכא, ד). ומבואר בתלמוד ששליחי הציבור צריכים לדקדק לומר את סדר העבודה בדייקנות על פי הדעה שנפסקה להלכה (יומא לו, ב; נו, ב), מפני שאמירת סדר הקרבנות נחשבת כתחליף להקרבתם בפועל.
וכן אמרו חכמים (מנחות קי, א): "כל העוסק בתורת חטאת – כאילו הקריב חטאת, וכל העוסק בתורת אשם – כאילו הקריב אשם". וכן אמרו חכמים, שלאחר שנודע לאברהם אבינו שעל ידי הקרבנות ישראל מתקיימים בעולם, מפני שעל ידם הם נשארים קשורים תמיד לה'. שאל את הקב"ה, ומה יהיה אם בית המקדש יחרב? השיב לו הקב"ה: "כבר תקנתי להם סדר קרבנות, כל זמן שקוראים בהם, מעלה אני עליהם כאילו מקריבים לפני קרבן, ומוחל אני על כל עוונותיהם" (תענית כז, ב; מגילה לא, ב). וזאת משום שלכל מעשה יש נשמה, והנשמה של המצוות הם דברי התורה על אותן המצוות. ולכן כשאי אפשר להקריב את הקרבנות, אמירת הקרבנות וקל וחומר אמירתם בציבור בזמן שהיה צריך להקריבם, נחשבת מבחינה מסוימת כהקרבתם. וככל שמבינים יותר את משמעות הקרבן בהלכה ובמחשבה, כך מעלת האמירה גבוהה יותר.
נראה שגם לאחר שיבנה בית המקדש במהרה בימינו, התפילות שנתקנו כנגד הקרבנות, ואמירת סדר עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים לא יתבטלו. כי אחר שבמשך תקופת החורבן התגלתה המעלה שבאמירת התפילות וסדר העבודה, שמכוונת כנגד הצד הרוחני שבעבודת המקדש, מעלה זו לא תסתלק יותר מאתנו. ובכל בתי הכנסיות ימשיכו להתפלל, וחזן המוסף יאמר יחד עם כל הקהל באימה וביראה את סדר עבודת הכהן הגדול בבית המקדש. ותפילתם וכוונותיהם של כל בעלי התפילה יצטרפו לעבודת הכהן הגדול בבית המקדש. והכהנים והעם שיזכו לקבל מקום לעמוד בעזרה, יעמדו שם כנציגים של כל ישראל, ויזכו לחזות בעיניהם בקיום סדר העבודה. והם לא יצטרכו לומר את נוסח התפילות, כי יזכו להיות שותפים בעבודה עצמה, שגם לרואים יש חלק במצווה. וכפי שנהגו ישראל בימי בית המקדש, שהכהנים והעם שעמדו בעזרה לא אמרו את נוסח התפילה.
יהי רצון שיקבץ ה' את כל גלויותינו מארבע כנפות הארץ, וישיב את שכינתו לציון, ויקדשנו במצוותיו וייתן חלקנו בתורתו, וייטהר ליבנו לעובדו באמת. ונזכה שיבנה בית המקדש במהרה בימינו, וקדושת יום הכיפורים תתגלה במלא תפארתה, ויסלח ה' לכל חטאינו ויכפר על כל עוונותינו, ואור האמת והאמונה יבקע מקודש הקודשים ויאיר את כל העולם, ושלום ואהבה יתפשטו בכל בית ישראל ובכל העולם כולו. וינחם ה' את ציון ואת כל חורבותיה, "וַיָּשֶׂם מִדְבָּרָהּ כְּעֵדֶן וְעַרְבָתָהּ כְּגַן ה', שָׂשׂוֹן וְשִׂמְחָה יִמָּצֵא בָהּ, תּוֹדָה וְקוֹל זִמְרָה". "וּפְדוּיֵי ה' יְשׁוּבוּן, וּבָאוּ צִיּוֹן בְּרִנָּה, וְשִׂמְחַת עוֹלָם עַל רֹאשָׁם, שָׂשׂוֹן וְשִׂמְחָה יַשִּׂיגוּן, נָסוּ יָגוֹן וַאֲנָחָה" (ישעיהו נא, ג, יא).
