מצווה להקריב בכל שנה, ביום שלמחרת חג ראשון של פסח, בט"ז בניסן, את ראשית התבואה החדשה כמנחה לה', כדי שראשית תבואת כל שנה תהיה לה'. בנוסף לכך, אסור לאכול מהתבואה החדשה לפני הקרבת העומר, ואף אסור לקצור מהתבואה החדשה לפני קצירת השעורים לקרבן העומר. שנאמר (ויקרא כג, ט-יד): "וַיְדַבֵּר ה' אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר. דַּבֵּר אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וְאָמַרְתָּ אֲלֵהֶם: כִּי תָבֹאוּ אֶל הָאָרֶץ אֲשֶׁר אֲנִי נֹתֵן לָכֶם וּקְצַרְתֶּם אֶת קְצִירָהּ, וַהֲבֵאתֶם אֶת עֹמֶר רֵאשִׁית קְצִירְכֶם אֶל הַכֹּהֵן. וְהֵנִיף אֶת הָעֹמֶר לִפְנֵי ה' לִרְצֹנְכֶם, מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת יְנִיפֶנּוּ הַכֹּהֵן. וַעֲשִׂיתֶם בְּיוֹם הֲנִיפְכֶם אֶת הָעֹמֶר כֶּבֶשׂ תָּמִים בֶּן שְׁנָתוֹ לְעֹלָה לַה'. וּמִנְחָתוֹ שְׁנֵי עֶשְׂרֹנִים סֹלֶת בְּלוּלָה בַשֶּׁמֶן אִשֶּׁה לַה' רֵיחַ נִיחֹחַ וְנִסְכֹּה יַיִן רְבִיעִת הַהִין. וְלֶחֶם וְקָלִי וְכַרְמֶל לֹא תֹאכְלוּ עַד עֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה עַד הֲבִיאֲכֶם אֶת קָרְבַּן אֱלוֹהֵיכֶם, חֻקַּת עוֹלָם לְדֹרֹתֵיכֶם בְּכֹל מֹשְׁבֹתֵיכֶם".
זמנו של קרבן העומר למחרת חג ראשון של פסח, שכך היא מסורת חכמים בפירוש הכתוב מִמָּחֳרַת הַשַּׁבָּת – ממחרת שביתת יום טוב ראשון של פסח. שביתת יום זה נועדה להתחזקות באמונה על ידי זיכרון יציאת מצרים ואכילת המצה בליל הסדר, ומתוך כך נצטווינו להקריב את התבואה החדשה, כדי שכל אכילתנו במשך השנה הבאה תהיה מתוך כוונה זו. כיוון שיום קרבן העומר קבוע, גם אם הוא חל בשבת, קצירתו, הכנתו והקרבתו דוחות את השבת.
ואף שהחיטה היא המין המשובח שבחמשת מיני דגן, קרבן העומר מן השעורים, שכך קיבלנו במסורת ממשה רבנו, וכך הוא גם טבע הארץ, שהשעורים מקדימות להבשיל לפני פסח, ואילו החיטה לאחר הפסח. ויש בזה רמז, שגם השעורה, שהיא מאכל בהמה, ומבטאת את הצד הבסיסי והנמוך שבאדם, ולכן היא צומחת תחילה, צריכה להתקשר לקדושה. מליל קציר העומר סופרים שבעה שבועות, ארבעים ותשעה ימים, ובכך מתכוננים ומתעלים עד חג השבועות זמן מתן תורתנו, שבו נצטווינו להקריב את 'שתי הלחם', שהוא הקרבן הראשון שהיו מקריבים מהחיטים של השנה החדשה. נמצא שהעומר התיר לכל ישראל לאכול מהתבואה החדשה, וקרבן 'שתי הלחם' התיר להקריב במקדש מנחות מהתבואה החדשה (מנחות סח, ב; עי' פנה"ל מועדים יג, ז).
זמן מצוות קציר העומר בליל ט"ז בניסן, וכל הלילה כשר לקציר. מצווה להביא שעורים שגדלו קרוב לירושלים, ואם השעורים שבקרבת ירושלים עדיין לא הבשילו, היו מביאים שעורים ממקומות רחוקים, ובלבד שיהיו מארץ ישראל. נהגו לקצור את העומר ולהביאו לעזרה בטקס מכובד ובקהל רב, כדי לחזק את מסורת חכמים במצווה. לאחר שהשעורים הובאו לעזרה, גרגירי השעורים הוצאו מהשיבולים ועברו קלייה עדינה וטחינה. את הקמח שנוצר ניפו בשלוש עשרה נפות. למחרת, לאחר סיום סדר הקרבת התמיד והמוספים, לקחו מתוך הקמח שיעור עשירית האיפה, ובללו אותו בלוג שמן, ונתנו עליו קומץ לבונה, והכהן היה מניפו לפני ה' ונוטל ממנו קומץ ומקטיר אותו על גבי המזבח. לאחר שהקומץ הוקטר, הותר לכל העם לאכול מהתבואה החדשה (מנחות סג-סח; רמב"ם תמידין ומוספין ז, ג-יב).
