ברא ה' מינים שונים בעולם, ובכמה עניינים צווה אותנו שלא נערבם זה בזה. שנאמר (ויקרא יט, יט): "אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ: בְּהֶמְתְּךָ לֹא תַרְבִּיעַ כִּלְאַיִם, שָׂדְךָ לֹא תִזְרַע כִּלְאָיִם, וּבֶגֶד כִּלְאַיִם שַׁעַטְנֵז לֹא יַעֲלֶה עָלֶיךָ". ונאמר (דברים כב, ט-יא): "לֹא תִזְרַע כַּרְמְךָ כִּלְאָיִם פֶּן תִּקְדַּשׁ הַמְלֵאָה הַזֶּרַע אֲשֶׁר תִּזְרָע וּתְבוּאַת הַכָּרֶם. לֹא תַחֲרֹשׁ בְּשׁוֹר וּבַחֲמֹר יַחְדָּו. לֹא תִלְבַּשׁ שַׁעַטְנֵז צֶמֶר וּפִשְׁתִּים יַחְדָּו". איסור זה נקרא בדרך כלל 'כִּלְאָיִם', שפירושו עירוב. כלומר, אף שמדובר במינים שכל אחד מהם כשר בפני עצמו, עירובם יחד – אסור. לכן גם איסור בישול בשר בחלב מכלל איסורי הכלאיים.
שבעה איסורי כלאיים ישנם: א) כלאי בהמה, שלא להרביע שני מיני בעלי חיים. ב) שלא לעבוד בשני מיני בעלי חיים. ג) כלאי אילנות, שלא להרכיב שני מינים. ד) כלאי זרעים, שלא לזרוע שני מיני זרעים יחד. ה) כלאי הכרם, שלא לזרוע תבואה וירקות ליד גפנים. ו) כלאי בגדים, שלא ללבוש בגדים שמעורבים בהם צמר ופשתים יחד. ז) בשר בחלב.
איסור כלאיים חל על מיני צומח וחי. בחלק מאיסורי כלאיים רק העירוב אסור, אבל בדיעבד התוצאה היוצאת אחר העירוב מותרת באכילה או בהנאה, כמו בכלאי זרעים, בכלאי אילן ובכלאי בהמה בהרבעה ובעבודה. ויש מיני כלאיים שגם העירוב אסור וגם הנוצר מהכלאיים אסור בהנאה, כמו בכלאי הכרם ובישול בשר בחלב. ובכלאי בגדים (שעטנז), האיסור הוא רק ללבוש כלאיים, אבל אין איסור לעשותו עבור גויים או שלא לשם לבישה.
המצוות שתלויות בקרקע, כמו כלאי זרעים וכלאי הכרם, נוהגות מהתורה בארץ ישראל בלבד בכל גבול עולי מצרים (להלן יב, 2), ואילו המצוות שאינן קשורות לקרקע, כמו כלאי בגדים, בשר בחלב וכלאי בהמה – נוהגות גם בחוץ לארץ. גם כלאי אילנות, היינו הרכבת שני אילנות זה על זה אסורים בחוץ לארץ, הואיל והאיסור נעשה מעל הקרקע ולא בקרקע עצמה (להלן ה). כיוון שדין כלאי הכרם חמור, שהם אסורים באכילה ובהנאה, גזרו חכמים לאוסרם גם בחוץ לארץ (להלן ד, ד).
אף שאיננו יכולים להבין את עומק משמעות המצוות, שהן אלוקיות ושורשן מעל ומעבר לשכלו של האדם, יש מצוות שאנו מבינים יותר את טעמן והן הנקראות 'משפטים', ויש שאנו מבינים פחות את טעמן והן הנקראות 'חוקים'. מצוות כלאיים היא מהחוקים, שנאמר עליהם (ויקרא יט, יט): "אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ". וכן פירש רש"י, שהן גזירות מלך שאין להן טעם. אפשר לפרש, שהחוקים הללו הם התכונות המיוחדות שטבע ה' בכל הנבראים, תכונות שמצביעות על הייחוד והייעוד של כל נברא ונברא. והחוק האלוקי שאין אנו יכולים לעמוד על סודו, הוא הבנת משמעותו וייעודו המיוחד של כל מין ומין שברא ה'. והוזהרנו באיסור כלאיים לשמור את מקומו המיוחד והמכובד של כל מין, שלא לטשטש את ייחודו על ידי עירובו במין אחר (רמב"ן ומהר"ל שם; חינוך רמד). וכן אמרו חכמים (קידושין לט, א): "אֶת חֻקֹּתַי תִּשְׁמֹרוּ – חוקים שחקקתי לך כבר (בטבע הבריאה) – תשמרו עתה".
עוד יש בפירוש המילה 'כלאיים' משמעות של כלא, שהעירוב כולא את תכונותיו של המין, שאינו יוצא לפועל כראוי בגלל עירובו עם המין השני (זוהר ח"ג פו, א; רבנו בחיי). ראוי לשים לב שבכלאי זרעים וכלאי הכרם, האיסור כבר בכך שהם גדלים סמוכים זה לזה, למרות שהם עצמם אינם מתערבים ומתלכדים, ואיסורם הוא בארץ ישראל, כי בארץ הקודש מתגלה יותר העניין האלוקי ואחדותו, וממילא ייחודו של כל מין ניכר יותר, וצריך לשמור על מקומו המיוחד והמכובד.[1]
