כלל ידוע שפיקוח נפש דוחה את איסורי התורה, שנאמר (ויקרא יח, ה): “וּשְׁמַרְתֶּם אֶת חֻקֹּתַי וְאֶת מִשְׁפָּטַי אֲשֶׁר יַעֲשֶׂה אֹתָם הָאָדָם וָחַי בָּהֶם, אֲנִי ה'”. דרשו חכמים (יומא פה, ב): “‘וָחַי בָּהֶם’ – ולא שימות בהם”, שמצוות התורה ניתנו כדי שיחיו בהן, ולא שימותו על ידי קיומן. לפיכך, עושים כל תרופה שנצרכת להצלת חולה מסוכן, גם כשהיא כרוכה בחילול שבת או באכילת מאכלים אסורים.
אלא שנחלקו הפוסקים האם מותר לעבור על איסורי תורה גם עבור תרופות סגוליות. כדוגמת אדם שבלע סם מוות, ויש שם מי שיודע לכתוב קמיע שנועד לגרום להקאת סם מוות, והשאלה האם מותר לכתוב את הקמיע בשבת (ראו ברכ”י או”ח שא, ו).
יש אומרים שדין תרופות סגוליות כדין תרופות רגילות שמרפאות בדרך הטבע, ומותר לחלל שבת כדי לרפא בהן. שכן גם תרופה טבעית אינה מרפאה בוודאות ואין ידוע בוודאות כיצד היא מרפאה, ולמרות זאת מחללים שבת עבור הכנתה, מפני שגם ספק פיקוח נפש דוחה שבת ושאר איסורים (יומא פג, א). כיוצא בזה מותר לחלל שבת גם לשם הכנת תרופה סגולית שאולי תרפא חולה מסוכן. וכל תרופה סגולית שהאנשים שם מחשיבים כתרופה בדוקה שיכולה להציל חיים, מצווה לעבור על איסורי התורה כדי להציל על ידה את החולה. לפיכך, מותר לכתוב בשבת קמיע שהניסיון הראה שהוא מסוגל להציל חולה מסוכן (רשב”א).
מנגד, יש אומרים שאין ממש בתרופות הסגוליות, ורק כדי ליישב את דעתו של החולה התירו להשתמש בהן, ולשם כך מותר לעבור על איסורי חכמים, אבל לא על איסורי תורה. ולכן אסור לכתוב קמיע בשבת (רמב”ם).
למעשה, אחר שבדורות האחרונים מדע הרפואה התפתח, נעשו התרופות הרגילות בדוקות מאוד, ולעומתן התרופות הסגוליות לא בדוקות, ועל כן אין לעבור על איסורי תורה עבור תרופות סגוליות.[2]
למעשה בימינו, אחר שמדע הרפואה התפתח מאוד על ידי מחקרים שיטתיים, יש להורות כסוברים שאין לעבור על איסור תורה עבור תרופות סגוליות. שכן מסתבר שגם הרשב”א ודעימיה שהתירו איסורי תורה עבור תרופות סגוליות, לא יתירו אותן כיום. מפני שבעבר גם התרופות הרגילות לא נבדקו באופן מדעי שיטתי, ולכן הם התירו לעבור על איסורי תורה גם עבור תרופות סגוליות שהועילו שלוש פעמים, למרות שמדובר היה בבדיקה פחות טובה מהמקובל בתרופות הרגילות. אולם כיום, שרגילים לבדוק באופן מדעי שיטתי את התרופות הרגילות, תרופות שלא עמדו במחקר המדעי נחשבות הרבה פחות טובות.