בברכה השלישית אומרים קדושה. ועיקר הקדושה בעניית הפסוקים: "קדוש קדוש קדוש ה' צב-אות מלא כל הארץ כבודו", ו"ברוך כבוד ה' ממקומו". בתחילה נהגו שהחזן היה אומר לבדו את קטעי הקישור, והקהל היה עונה את הפסוקים 'קדוש' 'ברוך' ו'ימלוך' (שו"ע קכה, א). וכיום נוהגים על פי האר"י ז"ל, שגם הקהל אומר את קטעי הקישור, ואח"כ החזן אומרם בקול רם, והקהל עונה אחריו את פסוקי הקדושה (מ"ב קכה, ב, כה"ח ב).
יש אומרים שפסוק 'ימלוך' אינו מעיקר הקדושה, אלא נחשב כאחד מקטעי הקישור של החזן, ולכן הנמצא באמצע ברכות קריאת שמע, ושמע קדושה, יענה את פסוקי 'קדוש' ו'ברוך' ולא את הפסוק 'ימלוך'. ויש אומרים, שיענה גם את הפסוק 'ימלוך', מפני שאף הוא בכלל הקדושה, וכך המנהג.[6]
בסך הכל אומרים בתפילת שחרית שלוש פעמים קדושה: בברכת יוצר אור, בחזרת הש"ץ, ובפרק 'ובא לציון'. אלא שנחלקו הפוסקים אם על הפעמיים הנוספות חלים דיני קדושה, והאם צריך לאומרם במניין. למעשה נפסק שמותר לאומרם ביחיד, וכדי לצאת מהספק, טוב שהיחיד יאמר אותם בניגון של טעמים, כקורא בתורה (ועיין עוד: טז, ד; כג, ב), אבל קדושה שבחזרת הש"ץ היא עיקר קדושה, ואין אומרים אותה בלא מניין.
טוב לעמוד בקדושה ברגליים צמודות, מפני שאנו אומרים קדושה זו כעין המלאכים שרגליהם צמודות עד שנראות כרגל אחת (שו"ע קכה, ב). יש מהדרים להישאר ברגליים צמודות עד לסיום ברכת 'הא-ל הקדוש' (א"ר קכה, ו). אבל אין בזה חיוב, ואף ישנם רבנים שאינם מקפידים על כך.
נוהגים להגביה מעט את העקבים בעת אמירת "קדוש קדוש קדוש" ו"ברוך" ו"ימלוך", ולשאת את העיניים כלפי מעלה כשהן עצומות, לבטא בזה רצון להתעלות ולהתנשא כלפי מעלה, והמקור לכך מהמדרש (ב"י ורמ"א קכה, ב, מ"ב ו, כה"ח סעיפים: ב, ט).
