לאחר חורבן בית המקדש וחורבן הארץ, היה נראה לכאורה שאין עוד תקווה לבניין הארץ וירושלים, ואין עוד טעם להמשיך לברך את ה' "על הארץ הטובה". לפיכך הוסיפו ותקנו את ברכת 'הטוב והמטיב', כדי לחזק את האמונה שהכל לטובה, ואף החורבן, הגלות והייסורים, נועדו לתקן אותנו ולהביאנו מחדש לבניין שלם יותר של הארץ, ירושלים והמקדש.
ביום מיוחד תקנו חכמים שביבנה את הברכה, ביום שבו ניתנו הרוגי ביתר לקבורה. ביתר היתה עיר גדולה ביהודה, והיא היתה בירתו של בר כוכבא, וממנה קיוו להשיב את עצמאות ישראל ובניין המקדש. וכשנפלה ונחרבה – נגדעה קרן ישראל, וגברו הצרות מאוד, וגזרה מלכות הרשעה לחרוש את ירושלים, ולשנות את שמות הארץ וירושלים, כדי לאבד את זכרן מן העולם. ועוד גזרו שלא לקבור את הרוגי ביתר. לאחר זמן, כשנתמנה מלך חדש, הותר לקבור את ההרוגים, ומצאו כי נעשה להם נס שלא הסריחו. אמרו חכמים (ברכות מח, ב): "אותו היום שניתנו הרוגי ביתר לקבורה תקנו ביבנה 'הטוב והמטיב'. 'הטוב' – שלא הסריחו, ו'המטיב' – שניתנו לקבורה". באר מרן הרב קוק (עין איה שם), כי מזה שלא הסריחו למדנו שהחורבן והגלות לא ביטלו את העצמיות הישראלית. ומזה שניתנו לקבורה ישנו רמז להבטחה כי עוד יקומו לגורלם לקץ הימים, וזה סימן לקיום כל הבטחות הנביאים לתחייה וגאולה.
כיוון שחיוב אמירתה שונה, ששלוש הברכות הראשונות הן מהתורה ואילו זו מדרבנן, לפיכך, כאשר מסיימים את שלוש הברכות הראשונות עונה המברך 'אמן' אחר ברכת עצמו: "בונה [ברחמיו] ירושלים – אמן" (שו"ע קפח, א).
וכיוון שבסוף הברכה השלישית נסתיימה סדרת הברכות מהתורה, הרי שהברכה הרביעית שתקנו חכמים היא ברכה בפני עצמה, ולכן היא פותחת ב'ברוך'. שכך הוא הכלל: כאשר ישנה ברכה שסמוכה לחברתה, היא נשענת עליה ואינה צריכה לפתוח ב'ברוך', אבל כאשר מדובר בברכה שעומדת לעצמה, היא צריכה לפתוח ב'ברוך'.[1]
עוד אמרו חכמים (ברכות מו, א), שהאורח יברך את בעל הבית לאחר ברכת המזון, וכך הוא נוסח הברכה (שו"ע רא, א): "יהי רצון שלא יבוש ולא יכלם בעל הבית הזה, לא בעולם הזה ולא בעולם הבא, ויצליח בכל נכסיו, ויהיו נכסיו מוצלחים וקרובים לעיר, ולא ישלוט שטן במעשה ידיו ולא יזדקק לפניו שום דבר חטא והרהור מעתה ועד עולם". ואפשר להאריך ולהרחיב בנוסח זה, וכך נוהגים יוצאי ספרד. והרבה מיוצאי אשכנז נוהגים להסתפק בנוסח קצר: "הרחמן הוא יברך את בעל הבית הזה". אבל לכתחילה נכון לומר את הנוסח שיסודו בגמרא (מ"ב רא, ה, ולהלן ה, ד).
כיוון שכבר זכינו להתקדש על ידי מצוות ברכת המזון, נהגו ישראל להוסיף בקשות אישיות שפותחות ב'הרחמן', ועוד תפילות כלליות על הגאולה. ואף שאין זו תקנה של חכמים, כיוון שכבר נהגו כך מימי הראשונים, המנהג מחייב, כל עדה לפי מנהגה. אלא שאם נצרך אדם להפסיק בדיבור או ללכת, כיוון שסיים את הברכה הרביעית, יכול להפסיק, ואח"כ כשיוכל, ישלים את מה שהחסיר (עי' להלן הערה 13).