העמיד את פרו בין האולם למזבח, ראשו לצד דרום ופניו מופנות למקדש שבצד מערב. נעמד הכהן הגדול בצד מזרח של הפר כשפניו לצד המקדש, סמך את שתי ידיו על ראש הפר, ובסמיכתו כאילו אמר, מה שהיה צריך להיעשות בי כעונש על חטאיי, יעשה בפר זה שהבאתי לכפרת עוונותיי.
ווידוי יום הכיפורים היה מיוחד ושונה מכל הווידויים, מפני שהיה מזכיר בו שלוש פעמים את השם המפורש שאין אדם רשאי לאומרו. יש אומרים שהוא שם בן ארבע אותיות ככתוב בתורה, ויש אומרים שהוא שם בן ארבעים ושתיים אותיות (רב האי גאון). בכל פעם שהוציא הכהן הגדול את 'השם' המפורש מפיו, היו הכהנים והעם העומדים בעזרה כורעים ומשתחווים ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד". והיה בזה ביטוי עמוק של התבטלות וחזרה בתשובה. וזה היה נוסח הווידוי: "אנא 'השם' חטאתי עוויתי פשעתי לפניך אני וביתי (אשתי), אנא 'בשם' כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים שחטאתי ושעוויתי ושפשעתי לפניך, אני וביתי, ככתוב בתורת משה עבדך: כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי 'השם' תִּטְהָרוּ".
לאחר שהתוודה על עוונות עצמו, יכול היה הכהן הגדול לכפר על ישראל. תחילה ניגש להטלת הגורל על שני השעירים. האחד לה', כדי לכפר על עוונות ישראל שבמקדש, השני לעזאזל, לכפר על כל שאר העוונות. כשהיה הכהן הגדול מכריז על השעיר שעלה בגורל לה' שהוא "חטאת ל'השם'", היה מזכיר את השם המפורש, והכהנים והעם שהיו עומדים בעזרה, היו כורעים ומשתחווים ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד". על צוואר השעיר לה', וכן על קרני השעיר לעזאזל, היה קושר לשון של זהורית (סרט כתום-אדום).
ועדיין לא היה יכול להמשיך בסדר כפרת ישראל, מפני שעדיין לא כיפר על אחיו הכהנים, שהם האחראים על ענייני הקודש בישראל. לשם כך חזר לפרו, סמך את שתי ידיו עליו, והתוודה עבור אחיו הכהנים: "אנא 'השם' חטאתי עוויתי פשעתי לפניך אני וביתי ובני אהרן עם קדושיך, אנא 'בשם' כפר נא לחטאים ולעוונות ולפשעים שחטאתי ושעוויתי ושפשעתי לפניך אני וביתי ובני אהרן עם קדושיך, ככתוב בתורת משה עבדך: כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי 'השם' תִּטְהָרוּ".
אחר כך שחט את הפר וקיבל את דמו בכלי, אבל עדיין לא היה רשאי להיכנס לקודש הקודשים כדי להזותו, מפני שעוד לא הקטיר שם את הקטורת המיוחדת של יום הכיפורים, שמבטאת את קשר-הברית שבין ישראל לה'. מאידך, לא היה רשאי להיכנס עם הקטורת לקודש הקודשים לפני ששחט את הפר שעליו התוודה את עוונותיו ועוונות אחיו הכהנים. לפיכך, אחר שחיטת הפר נתן את הדם לכהן אחר, ונכנס להקטיר את הקטורת, שנאמר (ויקרא טז, יא-יג): "…וְשָׁחַט אֶת פַּר הַחַטָּאת אֲשֶׁר לוֹ. וְלָקַח מְלֹא הַמַּחְתָּה גַּחֲלֵי אֵשׁ מֵעַל הַמִּזְבֵּחַ מִלִּפְנֵי ה', וּמְלֹא חָפְנָיו קְטֹרֶת סַמִּים דַּקָּה, וְהֵבִיא מִבֵּית לַפָּרֹכֶת (לקודש הקודשים). וְנָתַן אֶת הַקְּטֹרֶת עַל הָאֵשׁ לִפְנֵי ה' וְכִסָּה עֲנַן הַקְּטֹרֶת אֶת הַכַּפֹּרֶת אֲשֶׁר עַל הָעֵדוּת וְלֹא יָמוּת".
לאחר שעשן הקטורת כיסה את הכפורת שעל הארון (כמבואר לעיל ז-ח), יצא מקודש הקודשים והתפלל בהיכל תפילה קצרה. ולא היה מאריך בתפילתו, כדי שלא להבעית את העם בחשש שמא מת בקודש הקודשים.
נטל את דם הפר וחזר ונכנס לקודש הקודשים, ועמד בין שני בדי הארון, והיזה אל מול הכפורת שמעל הארון, אחת למעלה ושבע למטה, שנאמר (ויקרא טז, יד): "וְלָקַח מִדַּם הַפָּר וְהִזָּה בְאֶצְבָּעוֹ עַל פְּנֵי הַכַּפֹּרֶת קֵדְמָה, וְלִפְנֵי הַכַּפֹּרֶת יַזֶּה שֶׁבַע פְּעָמִים מִן הַדָּם בְּאֶצְבָּעוֹ". והיה מונה את הזאותיו (כמבואר בהלכה יא). בסוף ימי בית המקדש הראשון הארון נגנז, ומאז ובמשך כל ימי בית המקדש השני, היה הכהן מזה לכיוון אבן השתייה.
למרות שעוד לא השלים את סדר הזאת דם הפר לכפרתו וכפרת אחיו הכהנים, הניח את המזרק שבו דם הפר בהיכל על כן של זהב, ויצא מהמקדש כדי לשחוט את השעיר לה' עבור ישראל, מפני שכפרת הכהנים וישראל צריכה להיות משולבת, שכל כפרתם של הכהנים למען ישראל, ולא יתכן שהכהנים יסיימו את כפרתם בלא להצמיד אליהם את כפרת ישראל.
