לנוהגים ליטול מים אחרונים, צריך ליטול רק שני פרקים של האצבעות, ובבוהן די בפרק אחד, משום שלמעלה מזה אין מגיע לכלוך המאכל (שו"ע קפא, ד). ויש מהדרים ליטול את כל האצבעות (באו"ה 'עד', כה"ח טו"ב).
כל הדינים המעכבים את הנטילה שלפני הסעודה אינם שייכים לנטילת מים אחרונים, ולכן אין צורך ליטול את הידיים מתוך כלי אלא אפשר לשפוך עליהן מים ישירות מהברז, וכן נוהגים רבים ליטול ידיים מהברז לתוך הכיור. אין שיעור למים, אלא העיקר שינקו את הזוהמה משני הפרקים של האצבעות.[10]
אין נוטלים במים חמים מאוד, מפני שכשנוטלים במעט מים כפי שרגילים, הם מבליעים את הזוהמא בידיים (עי' שו"ע קפא, ג).
בעת הנטילה צריך להשפיל את האצבעות, כדי שהמים יזלו ויורידו את הזוהמא מהאצבעות (סוטה ד, ב; שו"ע קפא, ה). נכון לנגב את האצבעות לפני שיתחיל לברך (שו"ע קפא, ח, מ"ב יט).
אין נוטלים מים אחרונים על גבי הקרקע, כי אמרו חכמים שיש בהם רוח רעה שעלולה להזיק. לפיכך, כאשר אין נוטלים אותם לתוך כיור, צריך ליטלם לתוך כלי, ואח"כ לשפוך את המים לכיור או למקום שאין הולכים בו. נוהגים לכתחילה לסלק את הכלי מהשולחן או לכסותו לפני הברכה.[11]
אחר נטילת מים אחרונים יש להזדרז לברך ברכת המזון, שאמרו חכמים (ברכות מב, א): "תכף לנטילת ידיים ברכה". לכתחילה אין להפסיק בדיבור ואפילו בדברי תורה בין הנטילה לברכה. גם אין ללכת בחינם יותר ממהלך כ"ב אמה או להפסיק בשתיקה שיעור זמן של מהלך כ"ב אמה (עי' מ"ב קעט, א-ב, באו"ה שם, וקפא, טו, וכד).
[11]. ראו חולין קה, א, שו"ע קפא, ב. וביבי"א ה, ב, ביאר שמותר ליטול לתוך כיור. וראו בבאו"ה 'אלא בכלי' שיש דעות אם לאחר שנטלו לתוך כלי נותרה על המים רוח רעה, שבזה תלויה השאלה האם צריך להקפיד לשפוך את המים שבכלי לכיור וכיוצא בו. ור"ח פלאג'י כתב שטוב לסלק את הכלי מלפניו בעת הברכה (כה"ח ח).