אחר 'שיר של יום' נוהגים לומר 'פיטום הקטורת', ולפניו אומרים 'אין כאלוהינו'. שני טעמים לאמירתו: האחד, כנגד הקטורת שהיו מקטירים בכל בוקר וערב בבית המקדש. והשני, כדי שכל יהודי יזכה ללמוד בכל יום מדברי חכמים.[5]
בזוהר (ח"ב ריב, ב) שבחו מאוד את מעלת אמירת 'פיטום הקטורת', שעל ידה ניצלים מכל מיני פורענויות. ויש אומרים שצריך להיזהר מאוד שלא להשמיט אף סממן מהקטורת, ולכן לא היו אומרים את הקטורת בימי החול, שמא מתוך שממהרים למלאכתם ידלגו על אחד הסממנים (רמ"א קלב, ב). למעשה, דעת רוב הפוסקים שאין צריך לדקדק בזה כל כך, אלא שלכתחילה טוב לאומרה מתוך הסידור כדי שלא יטעה וידלג (ב"י, מ"ב קלב, יז).
נהגו לומר בסיום התפילה 'עלינו לשבח', כדי לקבוע בליבנו, קודם שניפרד מהתפילה, את האמונה בה' ואת תקוות הגאולה; וכדי שאח"כ, כשהיהודי ייפגש עם הגויים, במסחרו ועיסוקיו, לא יגרר אחר אליליהם ואמונתם (ב"ח או"ח קלג).[6]
מפני חשיבותה של תפילה זו נוהגים לאומרה בעמידה, ונוהגים לכרוע מעט בעת שאומרים "ואנחנו כורעים" (לנוסח יוצאי אשכנז) או "ואנחנו משתחווים" (לנוסח יוצאי ספרד).
[5]. בסידור רב עמרם גאון לא נזכר שאומרים לפני התפילה את פרשת התמיד והקטורת, ועצם התפילה נחשבה במקום קרבן התמיד, ואחר התפילה כתב רב עמרם גאון שאומרים את פרשת הקטורת. בתקופת הראשונים החלו רבים לומר קרבנות וקטורת לפני התפילה, עפ"י הגמ' תענית (כז, ב), לפיה האמירה נחשבת כתחליף להקרבה.
מתחילה היה המנהג להקדים 'פיטום הקטורת' ל'שיר של יום', כמובא בסידור רב עמרם גאון, וכ"כ הטור (או"ח קלג), והרמ"א (קלב, ב). ונשתנה המנהג עפ"י האר"י, שייסד את הסדר על פי השתלשלות העולמות, ולפיו מקדימים 'שיר של יום' ל'קטורת' (עי' לעיל יג, ב). וקשה, הרי הסדר במקדש הוא שהקטורת קדמה לשיר הלויים, ואיך אפשר לשנות? ביאר אשל אברהם קלב, שהואיל וכבר אמרו את 'הקטורת' אחר פרשת התמיד בסדר הקרבנות, שוב אין צורך להקדים את 'פיטום הקטורת' ל'שיר של יום'. ועדיין יש מקום לומר את 'הקטורת' גם לאחר התפילה, כנגד עשנה שהיה ממשיך לעלות זמן רב. עפ"י האר"י ביארו שאמירת 'הקטורת' אחר התפילה מצילה אותה מהחיצונים (מ"ב קלב, יד). והשל"ה כתב עפ"י הקבלה, שנוהגים לומר את כל סדר 'הקטורת' שלוש פעמים ביום, פעמיים בשחרית, ועוד פעם לפני מנחה. והובא במ"ב (קלב, יד), ובכה"ח (קלג, יט). וכבר כתבתי (יג, א, 2) שהרוצים לקצר רשאים לומר בסדר קרבנות את פסוקי הקטורת בלבד, מפני שאומרים את הברייתא של 'הקטורת' בסוף התפילה.
[6]. עיקר מקום תפילת 'עלינו לשבח' הוא בתפילת מוסף של ראש השנה, בפתיחת סדר מלכויות. בתקופת הראשונים החלו לנהוג לסיים את תפילת שחרית באמירת 'עלינו לשבח'. על פי האר"י נהגו לומר 'עלינו' אחר כל שלוש התפילות (מ"ב קלב, ז; כה"ח יא-יב).
בכל-בו מובא שיהושע תיקן נוסח 'עלינו', והובא בכה"ח (קלב, טו), וי"א שעכן בשעה שהודה על חטאו אמר "ועל כן נקוה". בספר נתיב בינה (ח"א עמ' 373-374) מובא כי רב תיקנו.