מצווה להתנהג בבית הכנסת ביראה, שכן נאמר לגבי בית המקדש: "וּמִקְדָּשִׁי תִּירָאוּ" (ויקרא יט, ל), וקדושת בית הכנסת היא מעין קדושתו של בית המקדש.
וכל המשתמש בבית הכנסת לשימוש של חול, מבזה את קדושתו, שייעודו היחיד של בית הכנסת הוא לעניינים שבקדושה, לתורה, תפילה והתחזקות בשאר מצוות. ולכן אין לשוחח בו בענייני מסחר וכלכלה, וקל וחומר שאסור להתלוצץ ולשחוק בתוכו. אבל מותר לערוך בבית הכנסת אסיפות לצורך מצווה, כגון לשם איסוף צדקה לעניים, או להתרמה לישיבות.
מצווה לכבד את בית הכנסת ולשמור על ניקיונו תמיד. ומי שיש בוץ על נעליו, צריך להסירו לפני שייכנס לבית הכנסת (שו"ע קנא, ו-ט).
אין להיכנס לבית הכנסת שלא לצורך תורה או תפילה. ואפילו כשיורד בחוץ גשם, אסור להיכנס לתוכו כדי להינצל מהגשם. וכן בקיץ אסור להיכנס לתוכו כדי לשבת בצל כתליו. ואם הוא מתכוון לנצל את זמן שהייתו בבית הכנסת כדי ללמוד או להתפלל, מותר לו להיכנס.
אדם שמוכרח להיכנס לבית הכנסת כדי לקרוא לחבירו לצורך דחוף, רשאי להיכנס לשם, אבל לפני שיקרא לחבירו ישב מעט ויאמר איזה פסוק, כדי שלא יכנס אך ורק לצרכיו האישיים (מגילה כח, שו"ע או"ח קנא, א).
בבית כנסת שאין רגילים לערוך בו סעודות מצווה, עדיף לכתחילה להחמיר כדעת ה'מגן-אברהם', שלא לקיים בו סעודות מצווה גדולות שמגישים בהן יין, כדוגמת סעודת ברית מילה, פדיון הבן, בר מצווה ושבע ברכות. אבל להגיש בו כיבוד קל בשמחת סיום מסכת וכדומה – מותר. ואם מתחילת הקמת בית הכנסת נהגו לערוך בו סעודות מצווה, מותר לכל הדעות לערוך בו סעודות מצווה. וכל זה כמובן, בתנאי שיזהרו מאוד לשמור על קדושת בית הכנסת, ויימנעו מכל שיחה בטלה וקלות ראש, ויזהרו שלא להשתכר. וכן יזהרו מעירוב גברים ונשים בבית הכנסת. והרוצים להקל, רשאים לערוך סעודות מצווה גם בבית כנסת שלא נהגו מתחילה לערוך בו סעודות מצווה גדולות, שכן דעת הרבה פוסקים (ע' פניני הלכה ליקוטים א' ו, ח. וע"ש בכל הפרק).
