מצווה להתנהג בבית הכנסת ביראה, שכן נאמר לגבי בית המקדש: "וּמִקְדָּשִׁי תִּירָאוּ" (ויקרא יט, ל), וקדושת בית הכנסת היא מעין קדושתו של בית המקדש.
המשתמשת בבית הכנסת לשימוש של חול, מבזה את קדושתו, שייעודו היחיד של בית הכנסת הוא לעניינים שבקדושה, לתורה, תפילה והתחזקות בשאר מצוות. לכן אין לשוחח בו בענייני מסחר וכלכלה, וקל וחומר שאסור להתלוצץ או לרכל בו. אבל מותר לערוך בו אסיפות לצורך מצווה, כגון לשם איסוף צדקה לעניים, או להתרמה לישיבה (פניני הלכה חפצי קודש יב, ד; י).
מצווה לכבד את בית הכנסת ולשמור על ניקיונו תמיד. ומי שיש בוץ על נעליה, צריכה להסירו לפני שתיכנס לבית הכנסת (שו"ע קנא, ו-ט; פנה"ל שם יב, ד).
אין להיכנס לבית הכנסת שלא לצורך תורה או תפילה. וכן כאשר יורד גשם, אסור להיכנס לתוכו כדי להינצל מהגשם. וכן בקיץ אסור להיכנס לתוכו כדי לשבת בצל כתליו. ואם הנכנסת לתוכו מתכוונת לנצל את זמן שהייתה בבית הכנסת כדי ללמוד או להתפלל, למרות שהיא גם רוצה להינצל מהחום או הגשם, מותר לה להיכנס (פניני הלכה שם יב, ו).
מי שמוכרחת להיכנס לבית הכנסת כדי לקרוא לחברתה לצורך דחוף, רשאית להיכנס לשם, אבל לפני שתקרא לה תשב מעט ותאמר איזה פסוק, כדי שלא תיכנס אך ורק לצרכיה האישיים (פניני הלכה חפצי קודש יג, ו).
בבית כנסת שאין רגילים לערוך בו סעודות מצווה, עדיף לכתחילה להחמיר כדעת הסוברים שאסור לקיים בו סעודות מצווה גדולות שמגישים בהן יין, כדוגמת סעודת ברית מילה, פדיון הבן, בר מצווה ושבע ברכות. אבל להגיש בו כיבוד קל בשמחת סיום מסכת וכדומה – מותר. ואם מתחילת הקמת בית הכנסת נהגו לערוך בו סעודות מצווה, מותר לכל הדעות לערוך בו סעודות מצווה. וכל זה בתנאי שיזהרו לשמור על קדושת בית הכנסת, ויימנעו משיחה בטלה וקלות ראש, ויזהרו שלא להשתכר. וכן יזהרו מעירוב גברים ונשים בבית הכנסת. והרוצים להקל, רשאים לערוך סעודות מצווה גם בבית כנסת שלא נהגו מתחילה לערוך בו סעודות מצווה גדולות, שכן דעת הרבה פוסקים (פניני הלכה חפצי קודש יג, ח-ט).