אתרוג שניקב ונחסר ממנו חלק, פסול ביום הראשון, מפני שביום הראשון האתרוג צריך להיות שלם, שנאמר (ויקרא כג, מ): "וּלְקַחְתֶּם לָכֶם בַּיּוֹם הָרִאשׁוֹן", לְקַחְתֶּם – לקיחה תמה – שלימה. אבל בשאר הימים, גם אם נחסר ממנו חלק – האתרוג כשר. וגם ביום הראשון, אם האתרוג נפגע מקוץ, ויש ספק אם נחסר ממנו חלק, האתרוג כשר. וגם כאשר ברור שהאתרוג נחסר, אם האתרוג המשיך לגדול ומקום הפגיעה הגליד ונוצרה עליו כעין קליפה, האתרוג כשר גם ליום הראשון (שו"ע תרמח, ב; הרחבות יא, א-ד).
עלתה על האתרוג חזזית, היינו כעין פצע מוגלתי, ואין אפשרות לקלף אותו בלא להחסיר חלק מבשר האתרוג, אם היה הדבר על רובו של האתרוג – פסול. וכן אם היתה החזזית בשניים או שלושה מקומות שמתפשטים על רובו, למרות שבפועל היא אינה מכסה את רובו, כיוון שהאתרוג נראה מנומר – פסול. וכן אם עלתה החזזית על חוטמו של האתרוג, היינו על מקום השיפוע העליון שבאתרוג, כיוון שהוא המקום הבולט שבאתרוג, גם כשהחזזית קטנה, אם היא בולטת לעיני כל אדם במבט שטחי – האתרוג פסול. כדין חזזית כך גם דין כתם בצבע משונה מאוד, שחור או לבן (שו"ע תרמח, ט-יג, טז). וכל מיני החזזית והכתמים הללו נדירים מאוד, שכן רק תופעות חריגות פוסלות את ארבעת המינים.[7]
אבל כתמים רגילים, שצבעם צהוב אפור או חום, שמצויים באתרוגים (בלאטלעך), אינם פוסלים אותם, כי כך טבעם של האתרוגים. בדרך כלל כתמים אלו נגרמים ממגע של עלים וענפים, שיוצרים באתרוג שריטה קלה שמפרישה נוזל שאח"כ נגלד על קליפת האתרוג. ואמנם יש מחמירים שאם הכתמים הללו בולטים וגבוהים מן האתרוג, ולא ניתן לקלפם בלא להחסיר מבשר האתרוג, רק בשעת הדחק נוטלים אותם (מ"ב תרמח, נ; נג). אולם למעשה, גם אם הם בולטים ואין אפשרות לקלפם, אינם פוסלים את האתרוג, הואיל והם רגילים להיות מצויים בו. אמנם ככל שיש באתרוג יותר כתמים, הוא פחות נאה ומהודר.
יש לציין שגם לאחר שהאתרוג נקטף, אם יקבל מכה קלה, יש חשש שייפצע ויפריש מעט נוזל שקוף שיגרום להופעת כתם חום באותו מקום. ואמנם כתם זה אינו פוסל, אולם הוא פוגם בהידור, ולכן מקפידים לשמור את האתרוג בפשתן או שרוול ספוגי. ואם אירע שהאתרוג קיבל מכה, טוב לשוטפו, כדי להסיר ממנו את הנוזל שהפריש, ולמנוע בכך את הכתמתו.
