מדרגות רבות של רוח הקודש ישנן, והמשותף לכולן הוא שבזכות התעלותו של האדם בתורה ובחכמה, בזיכוך המידות ובמעשים טובים, הוא זוכה להשראה עליונה. לעיתים מדובר בהשראה גלויה, באופן שהזוכה לה מודע לכך שקיבל הארה אלוהית, ועל ידה הבין רעיון או זכה לקבל את ניסוחו, או שהיא העניקה לו תעצומות נפש לעשיית מעשים גדולים למען כלל ישראל.
ולעיתים רוח הקודש שורה בהסתר, היינו מעניקה השראה שבעזרתה תלמיד חכם זוכה להבין ולדייק יותר בתורה, ולהצליח להסביר על ידי רעיון אחד דברים רבים, ורק לאחר זמן מתברר שאותה הבנה היתה בהשראת רוח הקודש. וכן כל הביאורים והחידושים האמיתיים של חכמי ישראל הם בהשראה אלוהית, כעין נבואה ורוח הקודש. וכפי שאמרו חכמים (ב"ב יב, א): "מיום שחרב בית המקדש ניטלה נבואה מן הנביאים… ומן החכמים לא ניטלה… וחכם עדיף מנביא". ביאר רמב"ן: "אף על פי שניטלה נבואת הנביאים, שהוא המראה והחזון, נבואת החכמים – שהיא בדרך החכמה – לא ניטלה, אלא יודעים האמת ברוח הקודש שבקרבם". ועל ידי כך משיגים בשכלם דברים שלא היו משיגים בשכל באופן טבעי (ריטב"א שם). ואף שרק לעיתים נדירות חכמי ישראל היו מודעים בעת לימודם לרוח הקודש שמפעמת בהם ומסייעת להם להבין יותר מכפי שיכלו להבין לפי שכלם, לאחר זמן, כאשר דברי תורתם התיישבו ונכללו בכלל התורה שבעל פה, התברר שדבריהם ברוח הקודש נאמרו. כפי הנראה, גם מעשים טובים שנעשו בגדלוּת מתוך כוונה טהורה, או עצות טובות במיוחד או ניחומים עמוקים במיוחד, גם הם ברוח הקודש הנסתרת.[6]
וכן כתב ר' צדוק (ישראל קדושים ו, נ; נב), שכל מה שתלמיד ותיק מחדש כהלכה הוא בכלל רוח הקודש. ע"כ. וזו רוח הקודש שניכרת רק לאחר זמן, לאחר שהדברים מתקבלים ומתיישבים בכלל דברי התורה. כיוצא בזה ביאר בפרי צדיק (האזינו ה), שתורה שבכתב ניכר שיורדת מהשמיים כמטר, ותורה שבעל פה כטל שירידתו מהשמיים אינה ניכרת, רק כאשר רואים שהארץ לחה מבינים שירד טל מלמעלה (וכן שם כי תצא טו). עוד כתב ר' צדוק (ליקוטי מאמרים יא, י): "רוח הקודש הוא דבורי האדם עצמו מצד עצמו, רק כאשר הוא בכל חיותו – אז הוא רוח הקודש, רוח מההוא קודש עילאה, שהוא חכמה דה' יתברך… והיינו כאשר דיבורו מגיע עד שורש חיותו, וזהו מצד ההעלם… ולנביא יקראו לפנים 'הרואה' שרואה איך הוא דבר ה', ושכינה מדברת מתוך גרונו…". עוד ביאר ששורש הנבואה ממשה רבנו, ושורש רוח הקודש ממידת דוד, על ידי התעוררות בינה שבלב, שממנה התשובה וחכמת תורה שבעל פה (תקנת השבין ו, צג). עוד כתב (ישראל קדושים ו, נז-נח), שהמדרגה העליונה שיכול אדם להגיע אליה בעולם הזה היא רוח הקודש, ולעיתים גם עם הארץ יכול להגיע אליה מתוך התקשרותו לשורש אחיזתו בדברי תורה, שכן לעתיד לבוא "כוּלָּם יֵדְעוּ אוֹתִי לְמִקְטַנָּם וְעַד גְּדוֹלָם" (ירמיהו לא, לג), וזה על ידי קדושת מעשי המצוות.
על היתרון של חכם על נביא, כתב בפרישה (חו"מ סו, כא), שחכם יכול לעיתים לשנות דינים ולפסוק נגד ההלכה על פי אומדנא, וכן יכול לחדש דינים בפלפולו, כדרך שחידש עתניאל בן קנז, ואילו נביא אינו יכול לשנות. ועי' בהעמק דבר בראשית כג, א, שביאר דברי חכמים שאברהם היה טפל לשרה בנביאות, היינו בהשגת רוח הקודש, כי בנבואה היה גדול ממנה. וזה שהיתה גדולה ממנו ברוח הקודש, כי אברהם היה עוסק בהנהגת אנשים, ולא היה יכול להתבודד באוהלו בקדושה ובטהרה כשָׂרה. ע"כ. מכאן הסבר נוסף לגדולים שזכו לרוח הקודש בסתר ולא בגלוי, כי עסקו בהנהגת הציבור ולימדו תורה לתלמידים, ולא התבודדו.
