שמירת המנהגים כוללת, בנוסף לנוסח התפילה, גם את צורת ההגייה, תימנים בהגייה תימנית, ספרדים בהגייה ספרדית, ואשכנזים בהגייה אשכנזית, כל קהילה לפי הגייתה המיוחדת. וכן ראוי לכתחילה שכל עדה תמשיך להתפלל במנגינותיה המסורתיות (ע' רמ"א או"ח תריט, א). כמובן שאפשר להוסיף ולחדש מנגינות, אולם הכוונה היא, שבעיקר התפילה ישמר הניגון המסורתי שנתקדש במשך דורות. לשם כך צריך אדם להתפלל לכתחילה בבית כנסת שבנוסח אבותיו (ע' פניני הלכה תפילה ו, 5).
וצריך לדעת שישנם בישראל עשרות מנהגים. נוסח ספרדים מתחלק לכמה מנהגים. בענייני הלכה, השינויים העיקריים הם בין הנוהגים על פי ה'שולחן-ערוך' לנוהגים על פי ה'בן-איש-חי'. ועוד ישנו נוסח של יוצאי צפון אפריקה, ואמנם בענייני הנוסח וההלכה השינויים בין יוצאי צפון אפריקה לעירק וסוריה קטנים יחסית, אבל במנגינות השינויים גדולים יותר. ואפילו בין עולי צפון אפריקה יש הבדלים במנגינות, עד שבאוזני עולי מרוקו נשמעים עולי אלג'יר כמזייפים וכן להיפך; ולאוזני עולי לוב, שניהם מזייפים. כדי לשמור על המנהגים באופן מושלם, צריך שיהיו בתי כנסת מיוחדים לעולי טריפולי, לעולי טוניס, לעולי אלג'יר, לעולי מרוקו, לעולי עירק, לעולי סוריה, לעולי פרס, לעולי טורקיה לעולי קוקז וכיוצא בזה.
וכן בין עולי אשכנז ישנם מנהגים שונים. ההבדל הגדול הוא בין החסידים לשאר אשכנזים. אבל ישנם עוד הבדלים משמעותיים בצורת ההגייה ובמנגינות. מנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז ממערב אירופה שונות לגמרי ממנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז מליטא. ולגבי ההגייה, יש לפחות ארבעה סוגי הגיות, של עולי ליטא, עולי פולין, עולי גליציה ועולי הונגריה. וכן יש הבדלים בין החסידויות השונות בכמה מנהגים ובמנגינות. וכן בין התימנים ישנם שני נוסחים עיקריים, בלאדים ושאמים.
אלא שאם ההקפדה על שמירת המנהגים תגרום לפירוק הקהילה, עדיף לוותר על הדקדוק שבשמירת המנהגים. מפני שבדרך כלל, כאשר הקהילה מגובשת, ומקיימת שיעורי תורה לגברים, לנשים ולילדים, ויש בה פעילות של גמילות חסדים, היא מצליחה לקשר את כל חבריה לתורה ומצוות. ולעומת זאת, כאשר הקהילה נחלשת, גם חבריה נחלשים, ובמיוחד הדבר משפיע לרעה על הילדים.
ואם כן, אף שלכתחילה טוב שכל אחד יתפלל לפי מנהג אבותיו, מכל מקום, אם לשם כך יצטרכו להקים עשרות בתי כנסת קטנטנים, שבקושי יצליחו לקיים בהם מניין, ולא יהיה בכוחם לארגן שיעורי תורה, אזי עדיף שבני עדות הקרובים זה לזה במנהגיהם יתאחדו כדי להקים קהילה חזקה יותר. למשל, כל יוצאי צפון אפריקה יתפללו ביחד. ואם גם זה לא יספיק, אז מוטב שכל מתפללי נוסח ספרד יתפללו ביחד.[4]
לפיכך, צריך בכל מקום ומקום לשקול את כל הערכים יחד, ערך שמירת המנהגים מול הערך של הקמת קהילה חזקה ומגובשת. וכאשר יש מספיק משפחות מעולי אותה עדה, עד שיש בכוחם לקיים בית כנסת גדול כמסורת מנהגיהם, מה טוב. אבל כאשר אין להם מספיק משפחות, מוטב שיתלכדו עם עדה הקרובה למנהגיהם, ובלבד שיקימו קהילה חזקה. ואם התלכדות העדות הקרובות לא תספיק לבניית קהילה חזקה, מוטב שבני כל העדות, ספרדים, אשכנזים ותימנים, יתלכדו לקהילה אחת. ולעיתים צריך להורות שכל מי שעולה להיות חזן יתפלל כפי נוסח אבותיו, וכך יינתן מקום לכל העדות. וסוגיה זו צריכה להישקל בכובד ראש, ובמקום שיש מרא דאתרא, הוא צריך להכריע בשאלות אלו יחד עם ראשי הקהילה (ע' פניני הלכה תפילה ו, ט).
