שמירת המנהגים כוללת, בנוסף לנוסח התפילה, גם את צורת ההגייה, תימנים בהגייה תימנית, ספרדים בהגייה ספרדית, ואשכנזים בהגייה אשכנזית, כל קהילה לפי הגייתה המיוחדת. וכן ראוי לכתחילה שכל עדה תמשיך להתפלל במנגינותיה המסורתיות (עי' רמ"א או"ח תריט, א). כמובן שאפשר להוסיף ולחדש מנגינות, אולם הכוונה היא, שבעיקר התפילה ישמר הניגון המסורתי שנתקדש במשך דורות. לשם כך צריך אדם להתפלל לכתחילה בבית כנסת שבנוסח אבותיו (ראו פניני הלכה תפילה ו, 5).
כיום ישנם בישראל עשרות מנהגים. מנהגי עולי ספרד בהלכה ובתפילה מתחלקים לכמה גוונים. בענייני הלכה השינויים העיקריים הם בין הנוהגים על פי 'שולחן ערוך' לנוהגים על פי 'בן איש חי'. בענייני נוסח השינויים אמנם קטנים, אולם במנגינות התפילה השינויים גדולים יותר. ואף בין עולים מארצות סמוכות, כדוגמת העולים מצפון אפריקה יש הבדלים במנגינות, עד שבאוזני עולי מרוקו נשמעים עולי אלג'יר כמזייפים, וכן להיפך, ולאוזני עולי לוב שניהם כמזייפים. כדי לשמור על המנהגים באופן מושלם, צריך שיהיו בתי כנסת מיוחדים לעולי טריפולי, לעולי תוניסיה, לעולי אלג'יריה, לעולי מרוקו, וכן לעולי עיראק, סוריה, פרס וטורקיה. ואף בין העולים מארץ אחת, פעמים שיש הבדלי מנהגים ומנגינות.
וכן בין עולי אשכנז ישנם מנהגים שונים. ההבדל הגדול הוא בין החסידים לשאר יוצאי אשכנז. אבל ישנם עוד הבדלים בצורת ההגייה ובמנגינות. מנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז ממערב אירופה שונות ממנגינותיהם של מתפללי נוסח אשכנז מליטא. לגבי ההגייה, יש לפחות ארבעה סוגי הגיות, של עולי ליטא, עולי פולין, עולי גליציה ועולי הונגריה. וכן יש הבדלים בין החסידויות השונות בכמה מנהגים ומנגינות. וכן בין התימנים ישנם שני נוסחים עיקריים, בלאדים ושאמים.
אלא שאם ההקפדה על שמירת המנהגים תגרום לפירוק הקהילה, עדיף לוותר על הדקדוק שבשמירת המנהגים. מפני שבדרך כלל, כאשר הקהילה מגובשת, ומקיימת שיעורי תורה לגברים, לנשים ולילדים, ויש בה פעילות של גמילות חסדים, היא מצליחה לקשר את כל חבריה לתורה ומצוות. ולעומת זאת, כאשר הקהילה נחלשת, גם חבריה נחלשים, ובמיוחד הדבר משפיע לרעה על הילדים.
לכן, אף שלכתחילה טוב שכל אחד יתפלל לפי מנהג אבותיו, מכל מקום, אם לשם כך יצטרכו להקים עשרות בתי כנסת קטנטנים, שבקושי יצליחו לקיים בהם מניין, ולא יהיה בכוחם לארגן שיעורי תורה, אזי עדיף שבני עדות הקרובים זה לזה במנהגיהם יתאחדו כדי להקים קהילה חזקה יותר. לדוגמה, כל יוצאי צפון אפריקה יתפללו ביחד. ואם גם זה לא יספיק, אז מוטב שכל מתפללי נוסח ספרד יתפללו ביחד.[4]
לפיכך, צריך בכל מקום ומקום לשקול את כל הערכים יחד, ערך שמירת המנהגים מול הערך של הקמת קהילה חזקה ומגובשת. וכאשר יש מספיק משפחות מעולי אותה עדה, עד שיש בכוחם לקיים בית כנסת גדול כמסורת מנהגיהם, מה טוב. אבל כאשר אין להם מספיק משפחות, מוטב שיתלכדו עם עדה הקרובה למנהגיהם, ובלבד שיקימו קהילה חזקה. ואם התלכדות העדות הקרובות לא תספיק לבניית קהילה חזקה, מוטב שבני כל העדות, ספרדים, אשכנזים ותימנים, יתלכדו לקהילה אחת. לעיתים צריך להורות שכל מי שעולה להיות חזן יתפלל כפי נוסח אבותיו, וכך יינתן מקום לכל העדות. סוגיה זו צריכה להישקל בכובד ראש, ובמקום שיש מרא דאתרא, הוא צריך להכריע בשאלות אלו יחד עם ראשי הקהילה (ראו פניני הלכה תפילה ו, ט).
[4]. בנוסף, אף שמלכתחילה היה ראוי שכל אחד ישמור את כל מנהגיו ונגינותיו, בדיעבד, יש גם צד חיובי במיזוג הגלויות. וכיוון שאדם אינו בוחר לעצמו את מקום מגוריו לפי עדתו, ממילא נוצר מצב שהנוסחים הקרובים הולכים ומתלכדים. וכך כבר נוהגים רוב יוצאי אשכנז, שבעלי המסורות השונות מתפללים ביחד.