כתב החיד"א בשם האר"י, שתפילת נוסח הספרדים עולה בכל שנים עשר השערים. ולדעתו, מותר לבני אשכנז לעבור לנוסח ספרדי (עי' יבי"א ו, י). אלא שלעומתו החסידים טוענים, שנוסחם (ספרד-חסידי) משובח יותר, שכן גדולי החסידות, בחנו ובדקו נוסחים רבים על פי כוונות הקבלה ועל פי ההלכה, ובחרו את הטוב שבהם. ובעלי נוסח תימן טוענים, שנוסחם מדויק יותר, שכן יהודי תימן במשך כל שנות גלותם לא נדדו ממקומם, וכנגד הרדיפות שרדפו אותם הערבים הגבירו את עקשנותם ושימרו את מנהגיהם בקפדנות יתירה. אכן, ספרי התורה התימנים נמצאו קרובים ביותר בדיוקם לנוסח כתר ארם צובא המדויק. גם מתפללי נוסח אשכנז סוברים שמנהגם הוא המדויק ביותר, שקבלתם איש מפי איש עד שמעון הפקולי. ועוד שיסודו של מנהג ספרד באמוראי וגאוני בבל, ואילו יסוד מנהג אשכנז באמוראי וגאוני ארץ ישראל, שהיו בקיאים יותר באגדה וחכמת הסוד ונוסחי התפילה.
כללו של דבר, לכל מנהג יתרון משלו, ואין בכוחנו להכריע איזה מנהג משובח יותר. וכן כתב בשו"ת 'חתם-סופר' (ח"א, טו), שכל הנוסחים שווים, וזה שהאר"י חיבר את כוונותיו על נוסח ספרד, הוא מפני שהיה רגיל להתפלל בו, אבל באמת אילו היה נמצא באשכנז איש כהאר"י, היה מחבר את סדר הכוונות לנוסח אשכנז.
ואף אם היינו יודעים שמנהג מסוים יותר מדויק, עדיין היה ראוי שבני כל מנהג ימשיכו במנהגם, כי המסורת שהועברה מאבות המשפחה היא בסיס איתן לחיזוק האמונה. בנוסף, גם בנוסח הפחות מדויק, יש ודאי נקודות טובות ייחודיות שצריך להיזהר שלא לאבדן. ורק לאחר שתוקם הסנהדרין, יהיה מקום לתקן נוסח אחיד, הכולל את כל הנקודות הטובות שבכל המנהגים. ועדיין יהיה מקום לדגשים שונים בתוספת תפילות ובמנגינות שונות, כנגד י"ב השערים, כל קהילה לפי עניינה.