שני מנהגים ישנם בלימוד ליל שבועות, ושניהם טובים. המנהג האחד תוקן על ידי המקובלים, לפיו קוראים שלושה פסוקים ראשונים ושלושה אחרונים של כל פרשה מפרשיות התורה, ויש פרשיות שקוראים בשלימות, כמו מעמד הר סיני ועשרת הדיברות. לאחר התורה קוראים שלושה פסוקים ראשונים ושלושה אחרונים מכל ספר בנביאים ובכתובים. אח"כ קוראים משנה ראשונה ואחרונה של כל מסכת, ויש שאין נוהגים לקרוא משניות. אח"כ קוראים תרי"ג מצוות, ואח"כ מדרשים על מתן תורה, ואח"כ 'אידרא רבה' ועוד קטעים מהזוהר. בנוסף לנוהגים תמיד על פי הקבלה, כך נוהגים בעוד קהילות, וכן היה מנהג הגר"א, ה'חתם סופר' והאדר"ת. יש אומרים שטוב לומר את סדר התיקון במניין (של"ה וחיד"א).[2]
המנהג השני, שילמד כל אדם במקום שליבו חפץ, כפי שאמרו חכמים (ע"ז יט, ב): "אין אדם לומד תורה אלא ממקום שליבו חפץ". ורבים מבני הישיבות נוהגים ללמוד גמרא, כפי שהם רגילים בכל הסדרים. ויש שבוחרים ללמוד דברים השייכים לערכה של התורה או לקדושתו של היום. וסיפרו על בעל 'תרומת הדשן' (חי לפני כ-600 שנה), שהיה לומד בספר המצוות לסמ"ק, ולפעמים בהלכות תלמוד תורה לרמב"ם. ויש שנהגו ללמוד את ספר המצוות לרמב"ם, וכך נהג מרן הרב קוק, להעביר שיעור ארוך בליל חג השבועות סביב לספר המצוות. ויש שנוהגים ללמוד נושא שמעניין אותם, כדי שיוכלו להתרכז בו למרות העייפות.
