רבים נוהגים לקשט את בית הכנסת בענפים וצמחים יפים וריחניים, לכבוד התורה שניתנה לנו בחג השבועות. וכיוון שהתורה מוסיפה חיים, נהגו לקשט את בית הכנסת בענפים מן הצומח שמבטאים חיים, וכשם שגם בזמן מתן תורה הר סיני התעטף בצמחים לכבוד התורה (לבוש). ויש מניחים ענפים שיש בהם ריח, כדי להוסיף עונג ושמחה, ולבטא את מעלתה הרוחנית של התורה, שאמרו חכמים (שבת פח, ב), מכל "דיבור ודיבור שיצא מפי הקב"ה נתמלא כל העולם כולו בשמים". ויש נוהגים להניח ענפי אילן, מפני שבחג השבועות נידונים על פירות האילן, ועל ידי הנחתם יזכרו להתפלל עליהם (מ"א תצד, ה). אבל אין לוקחים ענפים של עצי פרי, כדי שלא לאבדם בחינם.
ראשיתו של המנהג לפני כשש מאות שנים באשכנז (מהרי"ל, רמ"א תצד, ג), ומשם התפשט לרוב עדות ישראל, ספרדים ואשכנזים כאחד. אלא שהגאון מווילנא התנגד למנהג, משום שהוא דומה למנהג הגויים, שמקשטים את בתיהם בעצים לכבוד חגם, והתורה ציוותה שלא לחקות את מנהגיהם, שנאמר: "וּבְחֻקֹּתֵיהֶם לֹא תֵלֵכוּ" (ויקרא יח, ג). ויש נוהגים על פיו (ח"א קלא, יג).
אבל לדעת רוב הפוסקים אין פגם במנהג, מפני שהאיסור ללכת בחוקות הגויים הוא רק כאשר יש במנהג משום פריצת גדרי הצניעות והענווה, או שהוא מנהג שאין בו שום טעם ותועלת, והוא נעשה רק מפני חיקוי מנהגי הגויים שמבוססים על אמונות תפלות. אבל כאן שיש לנו טעמים טובים למנהג, אין לחשוש שמא הוא נראה כהליכה בחוקות הגויים. וכן נוהגים ברוב הקהילות לקשט את בית הכנסת בענפים וצמחים יפים וריחניים. ויש נוהגים גם לקשט את הבתים בענפים ופרחים (רמ"א תצד, ג).[5]
כיוון שהענפים משמשים לנוי, הם אינם מוקצה, אלא שאם חג השבועות חל ביום ראשון, אין להניח את הענפים בשבת, שאין להכין משבת ליום טוב (מ"ב תצד, ט).