בפתיחת סדר תפילות יום הכיפורים, מוציאים שני ספרי תורה, ושניים מגדולי הקהל נושאים אותם בידיהם והולכים לבימה, ושליח הציבור עומד ביניהם ואומר: "על דעת המקום ועל דעת הקהל, בישיבה של מעלה ובישיבה של מטה, אנו מתירים להתפלל עם העבריינים". ויש שנוהגים להוציא ספר אחד או יותר משני ספרי תורה, ויש שאומרים נוסח שונה במקצת, וכל קהילה תמשיך במנהגה (שו"ע תריט, א, ומפרשים).
פתיחה זו מבטאת את עניינו של יום הכיפורים, שבו מתגלה הנשמה הקדושה שבכל ישראל, ועל כן גם אנשים שבמשך השנה מתנהגים כעבריינים, והרי הם נזופים ומנודים בשמיים ובארץ, ואין ראוי להתפלל עמהם, מוזמנים להתפלל יחד עם כל הקהל. וכשם שאנחנו דנים את העבריינים לכף זכות ומביטים אליהם בטוב ובאהבה, כך נזכה שיגלה ה' אלינו את טובו ואהבתו.
אמרו חכמים (כריתות ו, ב): "כל תענית שאין בה מפושעי ישראל – אינה תענית, שהרי חלבנה ריחה רע, ומנאה הכתוב עם סממני קטורת". והעניין הוא, שכאשר מי שאינו רגיל לקיים מצוות מצטרף לתפילת יום הכיפורים, יש בכך קידוש השם גדול. לא זו בלבד, אלא שבכל יהודי יש ניצוץ מיוחד משלו, וכאשר הוא חסר, כל ישראל חסרים, ולכן כאשר העבריינים מצטרפים לתפילה, כל ישראל מתאחדים ונעשים מיוסדים היטב על הארץ, שנאמר (עמוס ט, ו): "וַאֲגֻדָּתוֹ עַל אֶרֶץ יְסָדָהּ".
לאחר מכן אומרים 'כל נדרי', ומתנקים ומיטהרים בכך מכל כבלי הנדרים וההתחייבויות שלא הספיקו לקיים, כדי שלא יעכבו את תשובת יום הכיפורים.[10]
ואומרים פסוקי סליחה, לבטא את עניינו של היום, ומברכים 'שהחיינו', ומחזירים את ספרי התורה לארון.
כשמוליכים את ספרי התורה, אל הבימה ובחזרה, רבים נוהגים לנשק את ספרי התורה בחיבה, ומכוונים לבקש סליחה ומחילה על כל מה שפגמו בכבוד התורה וקדושתה ובקיום מצוותיה.
בקהילות רבות נוהגים שהרב אומר לפני ערבית דברי מוסר והתעוררות מענייני היום והתשובה (מטה אפרים תריט, ט).
נוהגים שכל מי שרגיל להתעטף בטלית בתפילת שחרית, מתעטף גם בתפילת ליל יום הכיפורים, ומכוונים לזכור על ידי הציצית את כל המצוות, ועל ידי כך תינצל נפשנו, רוחנו ונשמתנו מן החיצוניים, ויפרושֹ ה' עלינו את סוכת שלומו. מתעטפים בטלית לפני השקיעה, כדי שיוכלו לברך עליה. והמתעטפים לאחר השקיעה, יתעטפו בלא ברכה (שו"ע ורמ"א יח, א; מ"ב ז).
נכון לעסוק בתורה אחר תפילת ערבית, שאם בכל יום קדוש ישנה מצווה מיוחדת ללמוד תורה, על אחת כמה וכמה שביום הכיפורים, צריך להשתדל ככל האפשר לקבוע זמן לתורה. וכיוון שכמעט כל היום מוקדש לתפילה, הזמן המתאים ביותר ללימוד תורה הוא לאחר תפילת ערבית (פנה"ל מועדים א, ה-ו; מ"ב תריט, טז).
נמשיך לעסוק בהלכות ובמנהגים שמבטאים את משמעות היום, בלא לפרט את דיני ונוסחי התפילה שמבוארים במחזורים, כל עדה לפי מנהגה.
